本會成立於民國八十年元月卅一日。依據本會組織條例之規定，職司統籌處理政府有關大陸事務，對地方政府執行本會主管事務及對中介團體經政府授權處理兩岸交流事項，有指示及監督之責。自新政府成立以來，兩岸關係一直是各界關注的焦點，本會基於職掌，對大陸政策的規劃與實施，一方面除了尋求政策的延續性外，另一方面更積極地以新的思維，凝聚臺灣內部對大陸政策的共識，使政府施政在新的世紀能充分反映主流民意。
當前大陸政策的首要目標是「穩定兩岸關係」，並在確保國家安全與尊嚴的前提下，積極推動以經貿為主軸的交流，加上文化及社會各層面的互動與往來，逐步建立完整的兩岸交流互動秩序，為兩岸關係的正常化鋪路。據此，本會年度內推動之重要工作，包括：加強整體大陸政策之研究與規劃，協助地方政府辦理大陸工作研習會，積極準備兩岸協商事宜；研擬兩岸經貿政策及規範措施，在金馬地區試辦「小三通」，並審慎規劃推動兩岸「三通」，並審慎規劃推動兩岸「三通」檢討調整「戒急用忍」政策，規劃開放大陸地區人民來臺觀光；推動兩岸文教交流，加強資訊互通，加強民間團體之聯繫與輔導；健全兩岸交流秩序與管理機制，研（修）訂兩岸交流相關法規，強化大陸地區人民來臺管理機制；掌握港澳情勢，擴大交流與互惠關係，完成臺澳航約續約諮商；加強國內外各界大陸政策宣導，凝聚各界共識，辦理海外宣導活動，增進國際社會之瞭解等。
進入新世紀後，政府改善兩岸關係，致力維持臺海和平與安定的政策主軸，將更為明確。推動兩岸經貿關係正常化，逐步建構永久和平與穩定的兩岸關係，將是政府在進入新世紀全力以赴的施政願景。期盼各界先進續予本會指導和支持，使政府大陸工作能彙集各方的力量，共同促成願景的實現。
主任委員 蔡英文 謹識 民國九十年四月