內容：兩岸兩會於99年6月29日第五次兩岸兩會高層會談簽署「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，並於同年9月12日生效。透過本協議，將國內企業及人民在中國大陸遭遇的智慧財產權問題，納入保護合作範圍，重要內容包括兩岸相互承認優先權、著作權認證機制便捷化，並建構制度化執法協處與交流合作之互動機制，強化共同打擊跨境侵權案件力度。有助提升智慧財產權的創新、應用、管理及保護，並強化我產業競爭實力，進而厚植我經濟發展的潛能，增進國人生活福祉。
績效：
1、兩岸相互承認專利、商標及品種權之優先權後，國內權利人就不會因為在兩岸申請時間先後的不同，於前後兩個申請日之間，被第三人不法搶先申請，以確實保障國人的研發成果。迄112年第4季(112.12.31)為止，陸方共受理我方優先權申請案專利62,690件、商標533件、品種3件；我方受理陸方申請案專利47,057件，商標1,889件。
2、兩岸透過「機關對機關」官方溝通平臺，以「機制對機制」的合作協處方式妥善處理智慧財產權保護事宜。迄113年2月底，我方主管部門收到請求協處之案件共884件，其中684件完成協處，20件已通報陸方尚在協處程序中，180件提供法律協助。透過協處機制協處成功的案例，例如「曼黛瑪蓮」、「女人我最大」、「CSBC（臺灣造船公司英文名稱之簡稱）」、「台銀」、「台鹽生技（台塩生技）」、「MSI微星科技」、「新東陽」、「吉園圃」、「歐萊德」等商標，及「CAS」證明標章，其中「女人我最大」及「CSBC」商標還被認定為具有一定影響的商標。
3、我方指定「社團法人臺灣著作權保護協會」於99年12月16日取得中國大陸國家版權局之認可後，已可為我方影音製品進入中國大陸市場辦理著作權認證，大幅縮短臺灣業界進軍中國大陸市場時間由原先3至5個月縮短至2至3日。迄113年2月底，該協會接受請求認證的案件，錄音製品1,452件，影視製品201件。
4、在擴大植物品種保護範圍方面，為保護臺灣具產業競爭力之作物，我方提出請陸方列入公告適用之植物種類，有印度棗、芒果、枇杷、鳳梨、番木瓜、石斛屬等已納入陸方植物新品種保護名錄，而朵麗蝶蘭，陸方同意以蝴蝶蘭屬受理申請品種權。我方向中國大陸提出品種權申請累計169件(蝴蝶蘭品種158件，柑桔類2件，花椰菜2件、芒果2件、紅豆杉、梨、香蕉及棗、茶各1件)其中3件主張優先權；另56件蝴蝶蘭、2件花椰菜及1件梨已取得品種權。