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兩岸關係是建構區域與集體安全的重要一環。政府根據中華民國憲法、兩岸人民關係條例處理兩岸事務，致力維持兩岸關係和平穩定的現狀，展現建立一致性、可預測且可持續的兩岸關係之立場，符合兩岸及區域的共同利益。
維繫臺海和平穩定情勢是兩岸共同的責任，也是雙方民眾及國際社會的期盼與最大公約數。面對兩岸情勢發展及中共持續推進對臺統一進程，總統近期多次表示面對兩岸關係，政府不會冒進，也會堅守原則；只要北京當局有心化解對立，改善兩岸關係，在符合對等尊嚴的原則下，願共同促成有意義對話；也期待在疫情受到有效控制的時候，兩岸人民逐漸恢復正常有序的交流。呼籲北京當局應充分理解兩岸制度、價值觀的差異，放棄強加臺灣政治框架、停止軍事威脅；尊重臺灣民意、務實對話解決問題，並為兩岸良性互動作出相對的努力與承擔。未來政府推動兩岸政策將持續落實傾聽民意、決策透明，及依循民主的原則與程序，創造民眾在兩岸互動中的長遠福祉。
近年來本會重要施政績效如下：
一、分析中國大陸內外部動向、兩岸關係及區域情勢，研議政策與應處
二、強化與國內外智庫互動交流合作，多元蒐析情勢資訊及政策建言
三、加強兩岸相關議題研究與資訊研蒐，提供業務支援
四、辦理民意調查掌握民意趨勢，增進中央地方政策之溝通合作
一、開放中國大陸學生來臺就學
二、協助及增進臺商子女對臺灣的瞭解與認同
三、適度採認中國大陸高等教育學歷
四、促進青年學生對兩岸關係及相關政策之瞭解
五、開放中國大陸駐點記者來臺採訪，傳遞臺灣多元民主社會發展資訊
一、配合整體經濟發展政策，持續務實推動兩岸經貿有序交流
二、推動兩岸海、空運直航
三、開放中國大陸旅客來臺觀光
四、開放兩岸郵政機構直接通郵、通匯
五、擴大兩岸金融往來
六、鬆綁海外企業來臺上市之規定、適度開放陸資投資國內股市
七、持續推動兩岸海關合作，加速貨物通關便捷與安全
八、洽簽「兩岸經濟合作架構協議（ECFA）」
九、推動小三通常態化，促進金馬澎地區發展
十、加強對中國大陸臺商之聯繫、輔導及服務工作
一、建立兩岸共同打擊犯罪及司法互助機制
二、賡續落實「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，保障民眾智慧財產權益
三、建立兩岸食品衛生安全處理機制
四、建立兩岸醫藥衛生合作機制
五、完善兩岸人員往來機制與管理
一、建立臺港合作平臺，有效推動臺港交流與合作
二、促進臺港澳官方往來常態化
三、我駐港澳機構更名及功能地位提升，並促成港澳政府來臺設立辦事機構
四、促成港府給予我國人免費網簽待遇，我政府亦持續推動港澳民眾來臺便利措施
五、推動對於香港、澳門高等院校學歷採認
六、完成「臺灣與澳門間航空運輸協議(簡稱臺澳航約新約）」簽署及生效
七、完成「臺灣與澳門避免航空企業雙重課稅協議」簽署生效以及香港澳門關係條例配套法案
八、持續鬆綁港澳學生來臺就學規定
九、因應港府修訂「逃犯條例」，向港方表達我方嚴正立場、研提保護國人措施，有效維護國家主權及國人安全
十、審慎因應「港版國安法」造成之香港變局，強化風險控管，捍衛民主自由普世價值