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兩岸關係是建構區域與集體安全的重要一環。政府根據中華民國憲法、兩岸人民關係條例及相關法律，處理兩岸事務；尊重1992年兩會會談的歷史事實及既有政治基礎，致力兩岸關係維持和平穩定的現狀，展現建立一致性、可預測且可持續的兩岸關係之立場。
維繫臺海和平穩定情勢是兩岸共同的責任，也是雙方民眾及國際社會的期盼與最大公約數。兩岸應珍惜過去兩岸協商交流累積的成果，共同努力維護現有機制，包括陸委會與國臺辦溝通聯繫機制與制度化協商機制，透過良性溝通與對話，減少誤判、建立互信、妥善處理爭議，並以和平對等的方式處理兩岸間的歧異。
中華民國憑藉著民主自由體制及和平人權等價值理念，推動相關兩岸政策措施，為兩岸關係發展及各領域交流互動，帶來正面積極的活力。臺灣長期以來致力維護兩岸關係和平穩定發展，符合兩岸及區域的基本利益。中國大陸企圖破壞現狀、消滅我主權之際，蔡總統元旦提示的「四個必須」及「三道防護網」就是維護臺灣利益的重要關鍵。另為因應中共「習五條」，蔡總統3月11日召開國家安全會議，提出因應及反制「一國兩制臺灣方案」指導綱領，包含兩岸、民主法制、經濟、外交、安全、國防及社會七大面向，強化國安作為，以確保國家主權與世代國人對臺灣未來前途的選擇權利。民主是中華民國寶貴的資產，也是2,300萬臺灣人民的共同理念與堅持。未來政府推動兩岸政策將落實傾聽民意、決策透明，及依循民主的原則與程序，遵循臺灣最新的民意和最大的共識，堅守和平原則及利益共享原則，以創造民眾在兩岸互動中的長遠福祉。
近年來本會重要施政績效如下：
一、維護兩岸現有機制，優先妥處人民權益福祉事宜
二、強化蒐集、研判中國大陸與兩岸整體情勢，提供決策參考
三、強化兩岸研究資源，提供決策參考及業務支援
四、辦理民意調查掌握民意趨勢，增進各界對兩岸事務的瞭解與加強協作
一、開放中國大陸學生來臺就學
二、協助及增進臺商子女對臺灣的瞭解與認同
三、適度採認中國大陸高等教育學歷
四、促進青年學生對兩岸關係及相關政策之瞭解
五、開放中國大陸駐點記者來臺採訪，傳遞臺灣多元民主社會發展資訊
一、配合整體經濟發展政策，持續穩建推動兩岸經貿交流
二、推動兩岸海、空運直航
三、開放中國大陸旅客來臺觀光
四、開放兩岸郵政機構直接通郵、通匯
五、擴大兩岸金融往來
六、鬆綁海外企業來臺上市之規定、適度開放陸資投資國內股市
七、持續推動兩岸海關合作，加速貨物通關便捷與安全
八、洽簽「兩岸經濟合作架構協議（ECFA）」
九、推動小三通常態化，促進金馬澎地區發展
十、加強對中國大陸臺商之聯繫、輔導及服務工作
一、建立兩岸共同打擊犯罪及司法互助機制
二、賡續落實「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，保障民眾智慧財產權益
三、建立兩岸食品衛生安全處理機制
四、建立兩岸醫藥衛生合作機制
五、完善兩岸人員往來機制與管理
一、建立臺港合作平臺，有效推動臺港交流與合作
二、促進臺港澳官方往來常態化
三、我駐港澳機構更名及功能地位提升，並促成港澳政府來臺設立辦事機構
四、促成港府給予我國人免費網簽待遇，我政府亦持續推動港澳民眾來臺便利措施
五、推動對於香港、澳門高等院校學歷採認
六、完成「臺灣與澳門間航空運輸協議(簡稱臺澳航約新約）」簽署及生效
七、完成「臺灣與澳門避免航空企業雙重課稅協議」簽署生效以及香港澳門關係條例配套法案
八、持續鬆綁港澳學生來臺就學規定