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兩岸關係是建構區域與集體安全的重要一環。政府根據中華民國憲法、兩岸人民關係條例處理兩岸事務，致力維持兩岸關係和平穩定的現狀，展現建立一致性、可預測且可持續的兩岸關係之立場，符合兩岸及區域的共同利益。
維繫臺海和平穩定情勢是兩岸共同的責任，也是雙方民眾及國際社會的期盼與最大公約數。面對兩岸情勢發展及中共持續推進對臺統一進程，總統近期多次表示面對兩岸關係，政府不會冒進，也會堅守原則；只要北京當局有心化解對立，改善兩岸關係，在符合對等尊嚴的原則下，願共同促成有意義對話；也期待在疫情受到有效控制的時候，兩岸人民逐漸恢復正常有序的交流。呼籲北京當局應充分理解兩岸制度、價值觀的差異，放棄強加臺灣政治框架、停止軍事威脅；尊重臺灣民意、務實對話解決問題，並為兩岸良性互動作出相對的努力與承擔。未來政府推動兩岸政策將持續落實傾聽民意、決策透明，及依循民主的原則與程序，創造民眾在兩岸互動中的長遠福祉。
近年來本會重要施政績效如下：
一、分析中國大陸內外部動向、兩岸關係及區域情勢，研議政策與應處
二、強化與國內外智庫互動交流合作，多元蒐析情勢資訊及政策建言
三、加強兩岸相關議題研究與資訊研蒐，提供業務支援
四、辦理民意調查掌握民意趨勢，增進中央地方政策之溝通合作
一、開放中國大陸學生來臺就學
二、協助及增進臺商子女對臺灣的瞭解與認同
三、適度採認中國大陸高等教育學歷
四、促進青年學生對兩岸關係及相關政策之瞭解
五、開放中國大陸駐點記者來臺採訪，傳遞臺灣多元民主社會發展資訊
一、配合整體經濟發展政策，持續務實推動兩岸經貿有序交流
二、推動兩岸海、空運直航
三、開放中國大陸旅客來臺觀光
四、開放兩岸郵政機構直接通郵、通匯
五、擴大兩岸金融往來
六、鬆綁海外企業來臺上市之規定、適度開放陸資投資國內股市
七、持續推動兩岸海關合作，加速貨物通關便捷與安全
八、洽簽「兩岸經濟合作架構協議（ECFA）」
九、推動小三通常態化，促進金馬澎地區發展
十、加強對中國大陸臺商之聯繫、輔導及服務工作
一、建立兩岸共同打擊犯罪及司法互助機制
二、賡續落實「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，保障民眾智慧財產權益
三、建立兩岸食品衛生安全處理機制
四、建立兩岸醫藥衛生合作機制
五、完善兩岸人員往來機制與管理
一、推動對於香港、澳門高等院校學歷採認
二、持續鬆綁港澳學生來臺就學規定
三、因應港府修訂「逃犯條例」，向港方表達我方嚴正立場、研提保護國人措施，有效維護國家主權及國人安全
四、審慎因應「港版國安法」造成之香港變局，強化風險控管，捍衛民主自由普世價值
五、因應香港情勢變化，調整港處業務辦理方式，為民服務不中斷