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兩岸關係是建構區域與集體安全的重要一環。政府根據中華民國憲法、兩岸人民關係條例處理兩岸事務，致力維持兩岸關係和平穩定的現狀，展現建立一致性、可預測且可持續的兩岸關係之立場，符合兩岸及區域的共同利益。
維繫臺海和平穩定情勢是兩岸的共同責任，也是國際社會的共同期待。面對中共持續操作對臺複合性施壓，總統提出「四個堅持」凝聚團結共識。提醒北京當局兩岸共同肩負維持區域和平穩定的責任，軍事絕對不是解決兩岸分歧的選項，應充分理解兩岸制度、價值觀的差異，停止軍事威脅及外交打壓；並以和平方式，共同面對問題、尋求解方。未來政府推動兩岸政策將持續落實傾聽民意、決策透明，及依循民主的原則與程序，堅定捍衛國家主權安全及民主自由，也將與理念相近國家深化合作，共同維護臺海和平穩定。
近年來本會重要施政績效如下：
一、分析中國大陸內外部動向、兩岸關係及區域情勢，研議政策與應處
二、強化與國內外智庫互動交流合作，多元蒐析情勢資訊及政策建言
三、加強兩岸相關議題研究與資訊研蒐，提供業務支援
四、辦理民意調查掌握民意趨勢，增進中央地方政策之溝通合作
一、開放中國大陸學生來臺就學，促進兩岸青年學生互動與認識
二、辦理認識臺灣相關活動，協助及增進臺商子女對臺灣的瞭解與認同
三、適度採認中國大陸高等教育學歷，有利爭取陸方大學畢業生來臺升讀及協助臺生回臺銜接升學或就業
四、辦理研習活動，促進青年學生對兩岸關係與政府政策之瞭解
五、開放中國大陸記者來臺駐點採訪，促進兩岸新聞交流
一、兩岸海、空運直航執行情形
二、中國大陸旅客來臺觀光執行情形
三、兩岸郵政機構直接通郵、通匯執行情形
四、現階段兩岸金融往來執行情形
五、海外企業來臺上市及陸資投資國內股市相關情形
六、兩岸海關合作協議執行情形
七、「兩岸經濟合作架構協議（ECFA）」執行情形
八、推動小三通常態化，促進金馬澎地區發展
九、加強對中國大陸臺商之聯繫、輔導及服務工作
一、持續推促「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」執行，保障民眾權益
二、賡續落實「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，保障民眾智慧財產權益
三、建立兩岸食品衛生安全處理機制
四、建立兩岸醫藥衛生合作機制
五、完善兩岸人員往來機制與管理
一、推動對於香港、澳門高等院校學歷採認，促進高教人才務實交流與良性互動
二、持續鬆綁港澳學生來臺就學規定，吸引優秀港澳學生來臺就學及畢業後留臺發展貢獻所學
三、因應港府修訂「逃犯條例」，向港方表達我方嚴正立場、研提保護國人措施，有效維護國家主權及國人安全
四、審慎因應「港版國安法」造成之香港變局，強化風險控管，捍衛民主自由普世價值
五、因應香港情勢變化，調整港處業務辦理方式，持續維持及精進為民服務業務