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兩岸關係是建構區域與集體安全的重要一環。政府根據中華民國憲法、兩岸人民關係條例處理兩岸事務，致力維持臺海和平穩定現狀，展現建立一致性、可預測且可持續的兩岸關係之立場，符合兩岸及區域的共同利益。
維護臺海及區域的和平穩定，是兩岸共同的責任，也是所有人的共同期待。面對中共持續操作對臺複合性施壓，總統提出「四個堅持」、「四大韌性」與「四項任務」，凝聚團結共識；呼籲北京當局戰爭從來都不是解決問題的選項，只有對話、合作，共同以促進區域的穩定發展為目標，才能夠讓更多人得到安全和幸福。未來政府將持續堅定捍衛國家主權安全及民主自由，強化自我防衛能力，也將與理念相近國家深化合作，共同維護臺海和平穩定。
近年來本會重要施政績效如下：
一、分析中國大陸內外部動向、兩岸關係及區域情勢，研議政策與應處
二、強化與國內外智庫互動交流合作，多元蒐析情勢資訊及政策建言
三、加強兩岸相關議題研究與資訊蒐整，提供決策支援
四、辦理民意調查掌握民意趨勢，增進中央地方政策之溝通合作
一、開放中國大陸學生來臺就學，促進兩岸青年學生互動與認識，並營造陸生在臺就學與生活的友善環境
二、辦理認識臺灣相關活動，協助及增進臺商子女對臺灣的瞭解與認同
三、適度採認中國大陸高等教育學歷，有利臺生回臺銜接升學或就業及陸方大學畢業生來臺升讀
四、辦理研習活動，促進青年學生對兩岸關係與政府政策之瞭解
五、開放中國大陸記者來臺駐點採訪，促進兩岸新聞交流
一、兩岸海、空運直航執行情形
二、中國大陸旅客來臺觀光執行情形
三、兩岸郵政機構直接通郵、通匯執行情形
四、現階段兩岸金融往來執行情形
五、海外企業來臺上市及陸資投資國內股市相關情形
六、兩岸海關合作協議執行情形
七、「兩岸經濟合作架構協議（ECFA）」執行情形
八、推動小三通常態化，促進金馬澎地區發展
九、加強對中國大陸臺商之聯繫、輔導及服務工作
一、持續推促「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」執行，保障民眾權益
二、賡續落實「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，保障民眾智慧財產權益
三、持續落實兩岸食品衛生安全協議
四、持續落實兩岸醫藥衛生合作協議
五、完善兩岸人員往來機制與管理
一、持續鬆綁港澳學生來臺就學規定，吸引優秀港澳學生來臺就學及畢業後留臺發展貢獻所學
二、審慎因應「港版國安法」造成之香港變局，強化風險控管，捍衛民主自由普世價值
三、因應香港情勢變化，調整港處業務辦理方式，持續維持及精進為民服務業務