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在兩岸空運部分，依據兩岸兩會97年6月13日簽署之「海峽兩岸包機會談紀要」，於7月4日實施週末包機。依據97年11月4日簽署之「海峽兩岸空運協議」，於12月15日實施平日包機，同日啟動北線空中雙向直達航路。依據98年4月26日簽署之「海峽兩岸空運補充協議」，開通南線及第二條北線雙向直達航路（98年7月29日起生效），並於8月31日起實施兩岸客運及貨運定期航班。 在兩岸海運部分，依據兩岸兩會97年11月4日簽署之「海峽兩岸海運協議」，於12月15日實施兩岸客運及貨運海運直航。