行政院吳敦義院長在立法院書面報告施政方針時指出，將稟持下列原則推動兩岸關係發展：
一、遵循對等尊嚴原則，持續規劃推動兩岸協商互動，鞏固台灣優勢，厚植台灣政經實力；擴大凝聚共識，團結內部力量，促進兩岸繁榮發展，維繫台海和平穩定。
二、秉持「以台灣為主，對人民有利」原則，持續推動兩岸經貿協商，建立兩岸經貿互動新架構，促進兩岸經貿關係正常化；因應全球經濟環境變化，強化對大陸臺商聯繫與服務。
三、檢討現行法制及規劃推動研修工作，完善配套管理機制，提升交流品質，建立兩岸交流新秩序。
四、強化大陸政策整體文宣作為，增進與社會各界溝通工作，擴大宣導對象與層面，透過多元管道強化國際宣導，爭取海內外認同與支持。
資料來源：行政院網站，民國98年9月18日