民国089年12月15日行政院台89秘字第35051号令订定发布全文36条
民国090年09月19日行政院台90秘字第048385号令修正发布第10条、第12条至第14条、第20条、第26条、第27条条文；并增订第20之1条条文
民国090年12月31日行政院台90秘字第078548号函发布通航试办期间延展一年自91年01月01日起至12月31日止
民国091年07月31日行政院院台秘字第0910038435号函修正发布第10条、第15条、第25条、第26条、第27条条文，增订第10条之1、第10条之2及第35条之1条文；并自91年08月01日施行
民国092年11月18日行政院院台秘字第0920061568号令发布修正「试办金门马祖与大陆地区通航实施办法」第14条条文，并定自中华民国92年11月20日施行
民国093年03月01日行政院院台秘字第0930082484号令修正发布第1条、第5条、第6条、第7条、第10条之1、第10条之2、第11条、第12条、第13条、第15条、第17条、第23条、第35条、第35条之1，增订第12条之1，及附表「自金门马祖邮寄或旅客携带进入台湾本岛或澎湖之少量自用大陆地区物品限量表」，并定自民国93年03月01日施行。
民国094年02月22日行政院院台陆字第0940005612 号令修正发布第10、10条之1、10条之2、12、13、14、15、20条条文；并定自94年02月21日施行
民国094年09月28日行政院院台陆字第0940046720号令修正发布第29条条文；并定自94年10月03日施行
民国095年04月28日行政院院台陆字第0950019133号令修正发布第10条、第10条之1、第10条之2条文；并定自95年05月01日施行
民国095年12月29日行政院院台陆字第0950095723号令修正发布第10条、第10条之1、第10条之2、第12条、第36条
民国096年03月31日行政院院台陆字第0960014012号令修正发布第10条、第10条之1、第10条之2、第12条、第14条、第15条、第17条、第19条，并定自96年03月31日施行（历史条文）
民国097年03月31日行政院院台陆字第0970012595号令修正发布第10条、第10条之1、第10条之2、第19条，并定自97年04月01日施行（历史条文）
民国097年06月19日行政院院台陆字第0970087164号令修正发布第10条、第10条之1、第13条、第14条、第15条、第20条；并删除第10条之2、第11条、第12条之1及第35条之1条文，并订自同年06月19日施行（历史条文）
民国097年09月30日行政院院台陆字第0970042578号令修正发布第10条、第12条、第14条、第15条、第19条、第20条之1；并删除第25条条文，并订自同年09月30日施行（历史条文）
民国097年10月15日行政院院台陆字第0970046469号令修正发布全文33条及附表，并自97年10月15日施行 (原名称：试办金门马祖与大陆地区通航实施办法) （历史条文）
民国099年07月12日行政院院台陆字第0990038036号令修正发布第4条、第10条、第12条、第13条、第14条、第15条；并删除第27条、第28条、第29条条文，并订自99年07月15日施行（历史条文）
民国100年06月28日行政院院台陆字第1000033224号令修正发布第6条、第12条、第13条、第19条条文，并订自100年06月30日施行（历史条文）
民国102年07月19日行政院院台陆字第1020042507号令修正发布第4条、第14条及第26条附表，并订自102年08月01日施行（历史条文）
民国103年12月4日行政院院台陆字第1030066170号令修正发布第4条、第11条、第12条、第13条、第14条、第20条条文，并订自104年01月01日施行
民国107年7月17日行政院院台法字第1070023230号令修正发布第4、6、10～12、17条条文；删除第18条条文；并定自107年8月15日施行
第一条 本办法依离岛建设条例第十八条及台湾地区与大陆地区人民关系条例（以下简称本条例）第九十五条之一第二项规定订定之。
第二条 依本办法试办通航之港口，由交通部报请行政院指定为离岛两岸通航港口後，公告之。
第三条 中华民国船舶或大陆船舶经申请许可，得航行於离岛两岸通航港口与经交通部核定之大陆地区港口间；外国籍船舶经特许者，亦同。
大陆船舶入出离岛两岸通航港口及在港口停泊期间应遵行之相关事项，得由交通部或有关机关另定之。
第四条 经营离岛两岸通航港口与大陆地区港口间之定期固定航线业务者，应检附申请书、营运计画及相关文件，向航政机关申请许可後，始得航行。
大陆地区之船舶运送业应委托在台湾地区船务代理业，申请前项许可。
第一项许可期间，以二年为限，并得於期限届满三十日前重新申请许可。
经公告无船舶运送业经营第一项业务，且经航政机关会商大陆事务主管机关认航线有持续经营之必要者，得依需求徵求中华民国籍船舶运送业经营该固定航线，营运所生之损失得酌予补贴；其补贴之条件、方式及监督考核等事项，由航政机关办理之。
第五条 经营前条业务以外之不定期航线业务者，应逐船逐航次专案向离岛两岸通航港口之航政机关申请许可，始得航行。
第六条 本办法施行前已设籍金门、马祖之渔船，经依船舶法申请变更用途，并於注销渔业执照或获准休业後，得向当地县政府申请许可从事金门、马祖与大陆两岸间之水产品运送；其许可条件，由当地县政府定之。
前项以船舶经营水产品运送而收取报酬者，应另依航业法及其相关法规规定，向航政主管机关申请营业许可。
中华民国一百零七年一月十八日前设籍金门、马祖之渔船，经许可得航行至大陆地区，其许可条件，由当地县政府拟订，报请中央主管机关核定。
第七条 船舶入出离岛两岸通航港口，应依指定之航道航行。
前项航行航道，由交通部会同相关机关划设，并公告及刊登政府公报。
船舶违反第一项规定者，得废止其航行许可，并按其情节，得对所属船舶所有人申请船舶航行案件，不予许可 。
第八条 船舶入出离岛两岸通航港口，应开启国际海事通信频道，并依交通部规定，於一定期限内装设船位自动回报系统或电子识别装置。
第九条 船舶入出离岛两岸通航港口，港务及栈埠管理相关业务，应依各该港口港务及栈埠管理规定办理。
第十条 台湾地区人民得持凭有效护照，经内政部移民署（以下简称移民署）查验许可後，由金门、马祖或澎湖入出大陆地区。
金门、马祖或澎湖设有户籍六个月以上之台湾地区人民，得向移民署申请许可核发三年效期多次入出境许可证，经查验後由金门、马祖或澎湖入出大陆地区。
外国人得持凭有效签证及有效护照或旅行证件，或适用以免签证方式入国之有效护照，经移民署查验许可後，由金门、马祖或澎湖入出大陆地区；香港或澳门居民，持凭有效入出境许可证者，亦同。
香港或澳门居民适用临时入境停留方式入境者，於入境金门、马祖或澎湖时，得向港口之移民署申请发给临时入境停留通知单，持凭入出境。
第十一条 本条例第九条第三项及第四项人员，申请由金门、马祖或澎湖入出大陆地区者，除第二项所定人员依该项规定办理外，应先依台湾地区公务员及特定身分人员进入大陆地区许可办法及简任第十职等及警监四阶以下未涉及国家安全机密之公务员及警察人员赴大陆地区作业要点，申请许可或同意。
下列人员申请赴大陆地区从事交流活动，得向移民署申请许可，持凭有效护照经查验许可後，由金门、马祖或澎湖入出大陆地区：
一、金门、连江及澎湖县县长。
二、服务於金门、连江及澎湖县各机关之政务人员。
三、服务於金门、连江及澎湖县各机关未涉及国家安全机密之简任或相当简任第十一职等以上公务员或警监三阶以上警察人员。
移民署为前项许可前，必要时，得会商相关机关。
第十二条 大陆地区人民有下列情形之一者，得向移民署申请许可入出金门、马祖或澎湖：
一、社会交流：包括探亲、探病、奔丧、人道探视或其他交流活动。
二、艺文商务交流：包括学术、体育、宗教、文化、商务或其他交流活动。
三、就学：包括就读推广教育学分班及非学分班。
四、旅行：包括组团及个人旅游。
移民署为前项许可前，必要时，得会商相关机关。
第一项第四款情形，以组团方式办理者，每团人数限三人以上四十人以下，整团同时入出，不足三人之团体不予许可，并禁止入境。
大陆地区人民於金门、马祖或澎湖海域，因突发之紧急事故，得申请救助进入金门、马祖或澎湖避难。
大陆地区人民进入台湾地区患重病、受重伤、发生天灾或其他特殊事故，其必要协处人员，得向移民署申请专案许可，往返金门、马祖或澎湖与大陆地区；该大陆地区人民经许可之停留期间届满者，亦同。
大陆地区人民依本办法许可入境者，其停留地点以金门、马祖或澎湖为限。
第十三条 依前条第一项第一款至第三款规定申请者，应由金门、马祖或澎湖亲属、同性质厂商、学校或相关之团体备具申请书及相关证明文件，向移民署在金门、马祖或澎湖所设服务站（以下简称服务站）代申请进入金门、马祖或澎湖，并由其亲属或负责人担任保证人。
依前条第一项第四款规定申请者，应由交通部观光局许可在金门、马祖或澎湖营业之综合或甲种旅行社向服务站代申请进入金门、马祖或澎湖，并由其负责人担任保证人；个人旅游者，应另备最低投保金额新台币二百万元之旅游平安保险或其他伤害保险证明文件及注明大陆地区紧急联络人之行程表。
前条第四项情形，由救助人代申请之。
第十四条 大陆地区人民依第十二条规定申请经许可者，得核发六个月效期之往来金门、马祖或澎湖单次入出境许可证或一年至三年效期之多次入出境许可证，由当事人持凭连同有效之大陆居民往来台湾通行证或大陆地区旅行证件（不包含港澳通行证），经移民署查验後入出金门、马祖或澎湖。
前项入出境许可证效期，必要时，得予缩短；应备查验文件，必要时，得予增加。
以旅行事由申请者，得於入境金门、马祖、澎湖时向移民署申请发给临时入境停留通知单，持凭入出境。其适用对象、限制方式、人数及应备文件，由移民署公告，并刊登政府公报。
大陆地区人民依第十二条规定申请许可者，其停留期间如下，并不得办理一般延期：
一、社会交流：每次停留期间不得逾二个月。
二、艺文商务交流：按实际需要核给，每次最长停留期间不得逾三个月。
三、就学：每次停留期间不得逾四个月。
四、旅行：每次停留期间不得逾十五日。
依本办法许可入境之大陆地区人民，因疾病住院、灾变或其他特殊事故，未能依限出境者，得向服务站申请延期停留，每次不得逾十五日。但经移民署会同相关机关认有必要者，得酌予延长期间及次数；其停留期间之相关费用，由代申请人代垫付。
第十五条 大陆地区人民依本办法以外之其他法令经许可进入台湾地区者，得持凭有效入出境许可证，经移民署查验，由金门、马祖或澎湖入出大陆地区。但台湾地区人民之配偶依法须经机场、港口接受面谈者，应符合下列情形之一，始得由金门、马祖或澎湖入出大陆地区：
一、来台地址为金门、马祖或澎湖。
二、在大陆地区福建设有户籍。
大陆地区人民申请进入金门、马祖或澎湖，内政部得限制人数。
第十六条 大陆地区人民在经政府核准往返金门、马祖或澎湖与大陆地区航行之船舶服务之船员或服务於船舶之人员，因航行任务抵达离岛两岸通航港口，须离开港区临时停留者，得由所属之船舶运送业者在金门、马祖或澎湖之船务代理业者，向服务站代申请临时停留许可证，并经查验後进入金门、马祖或澎湖，停留期间不得逾船舶靠泊港口期间。
第十七条 大陆地区人民在中共党务、军事、行政或其他公务机关任职者，申请进入金门、马祖或澎湖，得不予许可；已许可者，得撤销或废止其许可，并注销其入出境许可证。有下列情形之一者，亦同：
一、参加暴力或恐怖组织，或其活动。
二、涉有内乱罪、外患罪重大嫌疑。
三、涉嫌重大犯罪或有犯罪习惯。
四、曾未经许可入境。
五、（曾）经许可入境，逾停留期限。
六、（曾）从事与许可目的不符之活动或工作。
七、（曾）有事实足认为有犯罪、违反公共秩序或善良风俗之行为。
八、有事实足认为有危害国家安全或社会安定之虞。
九、患有足以妨害公共卫生或社会安宁之传染病、精神病或其他疾病。
十、其他曾违反法令规定情形。
大陆地区人民申请进入金门、马祖或澎湖，有下列情形之一，已入境者，自出境之日起，未入境者，自不予许可、撤销、废止许可之翌日起算，於一定期间内不予许可其申请进入金门、马祖或澎湖。但曾入境现已出境者，自出境之日起算。
一、有前项第四款情形者，其不予许可期间为五年。
二、有前项第五款情形者，其不予许可期间为一年至三年。
三、有前项第六款情形者，其不予许可期间为一年至三年，其系经强制出境或限令出境者，不予许可期间为三年至五年。
四、有前项第七款情形者，其不予许可期间为一年至五年。
五、有前项第九款情形者，其不予许可期间至痊癒或经证明病情稳定之日。
第十八条 （删除）
第十九条 大陆地区人民经依第十二条规定申请许可进入金门、马祖或澎湖，而有逾期停留或从事与许可目的不符之活动或工作者，其代申请人、综合或甲种旅行社，内政部得视情节轻重，一年以内不受理其代申请案件；其已代申请尚未许可之案件，不予许可。未依限带团全数出境之综合或甲种旅行社，亦同。
大陆地区人民以旅行事由申请许可进入金门、马祖或澎湖，而有第十七条第一项第五款之情形者，於不予许可期间届满次日起算三年内，不得以临时入境停留通知单方式入境。
大陆地区船员或服务於船舶之人员经许可临时停留，违反第十六条规定者，该船舶所属之船舶运送业者在金门、马祖或澎湖之船务代理业者，六个月内不得以该船舶申请大陆地区船员或服务於船舶之人员临时停留。
金门、马祖或澎湖之旅行业办理接待大陆地区人民来金门、马祖或澎湖旅行业务，其监督管理，由交通部或其授权之机关办理。
第二十条 中华民国船舶有专案申请由台湾本岛航行经金门、马祖或澎湖进入大陆地区必要时，应备具船舶资料、活动名称、预定航线、航程及人员名册，向航政机关申请航行许可；船舶经金门、马祖或澎湖应停泊，经查验船舶航行文件後，得进入大陆地区。
前项专案许可，由航政机关会同有关机关办理。
第二十一条 金门、马祖或澎湖与大陆地区贸易，得以直接方式为之，并应依有关法令取得许可或免办许可之规定办理。
第二十二条 大陆地区物品符合下列情形之一者，得输入金门、马祖或澎湖：
一、经济部公告准许金门、马祖或澎湖输入项目及其条件之物品。
二、财政部核定并经海关公告准许入境旅客携带入境之物品。
三、其他经经济部专案核准之物品。
前项各款物品，经济部得停止其输入。
第二十三条 经济部依前条第一项第一款公告准许输入之大陆地区物品，得包括下列各项：
一、经准许输入台湾地区之项目。
二、金门、马祖或澎湖当地县政府提报，并经货品主管机关同意之项目。
第二十四条 输入第二十二条第一项之物品，应向经济部申请输入许可证。但经经济部公告免办输入许可证之项目，不在此限。
第二十五条 金门、马祖或澎湖与大陆地区运输工具之往来及货物输出入、携带或寄送，以进出口论；其运输工具、人员及货物之通关、检验、检疫、管理及处理等，依有关法令规定办理。
前项进口物品未经许可，不得转运金门、马祖或澎湖以外之台湾地区；金门、马祖或澎湖以外之台湾地区物品，未经许可，不得经由金门、马祖或澎湖转运大陆地区。违者，依海关缉私条例第三十六条至第三十九条规定处罚。
前项许可条件，由经济部公告，并刊登政府公报。
金门、马祖或澎湖私运、报运货物进出口之查缉，依海关缉私条例之规定；离岛两岸通航港口，就通航事项，准用通商口岸之规定。
第二十六条 自金门、马祖或澎湖邮寄或旅客携带进入台湾本岛之少量自用大陆地区物品，其品目及数量限额如附表。
前项邮寄或旅客携带之大陆地区物品，其项目、数量超过前项限制范围者，由海关依关税法第九十六条第一项及第二项规定处理。
第二十七条 (删除)
第二十八条 (删除)
第二十九条 (删除)
第三十条 我国军舰进出离岛两岸通航港口港区，由地区军事机关负责管制；如遇紧急状况时，有优先进出及系泊之权利。
军用物资之港口勤务作业及船席指泊，由地区军事机关及部队分配船席办理及清运。
国军各军事机关及部队为办理前二项事务，得协调地区港务机关不定期实施应变演习。
第三十一条 为处理试办通航相关事务，行政院得在金门、马祖设置行政协调中心，其设置要点由行政院定之。
交通部为协调海关检查、入出境证照查验、检疫、缉私、安全防护、警卫、商品检验等业务与相关之管理事项，得设置离岛两岸通航港口检查协调中心；其设置要点，由交通部另定之。
第三十二条 本办法试办期间，如有危害国家利益、安全之虞或其他重大事由时，得由行政院以命令终止一部或全部之实施。
第三十三条 本办法施行日期，由行政院定之。
附表：自金门马祖澎湖邮寄或旅客携带进入台湾本岛之少量自用大陆地区物品限量表