民国079年11月21日第1届第01次董监事会议通过
民国082年03月11日第1届第10次董监事会议修正通过第7条条文
民国082年08月31日第1届第12次董监事会议修正通过第14条条文
民国085年11月20日第2届董监事临时联席会议通过删除第19条条文
民国091年11月01日第4届董监事临时联席会议修正通过第7条第1项及第16条条文
民国094年08月11日第5届董监事第01次临时联席会议修正通过第7条第1项及第16条条文
民国097年08月22日第6届董监事第12次联席会议修正通过第7条第1项、第8条第3项、第11条第2项、3项及第17条条文
民国100年10月14日第7届董监事第12次联席会议修正通过第3条至第5条、第10条、第13条至第17条、第19条至第23条条文
民国101年09月27日第8届董监事第04次联席会议修正通过第7条第2项、第3项、第4项条文
民国109年10月30日第十届董监事第十二次联席会议修正通过第7条第1项、第2项及第11条第2项、第3项条文
【第一章】 总 则
第一条 本财团法人定名为「财团法人海峡交流基金会」（以下简称本会）。
第二条 本会以协调处理台湾地区与大陆地区人民往来有关事务，并谋保障两岸人民权益为宗旨，不以营利为目的。但提供服务时，得酌收服务费用。
第三条 本会为达成前条所定之宗旨，办理及接受政府委托办理下列业务：
一、台湾地区与大陆地区人民入出境案件之收件、核转及有关证件之签发补发事宜。
二、两岸文书之查验证、司法互助及共同打击犯罪事宜。
三、两岸投资贸易和经贸交流有关之联系服务、台商投资权益保障与经贸研究事宜。
四、两岸文教及交流交往之联系服务、协调处理与研究事宜。
五、协助保障台湾地区人民在大陆地区停留期间之合法权益事宜。
六、两岸人民往来有关谘询服务事宜。
七、两岸相关资讯之蒐集、研究与出版事宜。
八、大陆政策之宣导与推广事宜。
九、两岸协商与会谈事宜。
十、章程所定及政府委托办理之其他事项。
第四条 本会之主事务所设於台北市，并得视业务需要，在海外及大陆地区设置分事务所。
第五条 本会基金来源，由捐助人五十三人共捐助新台币陆亿柒仟万元成立之。
本会经费之来源如下：
一、基金运用之孳息。
二、委托收益。
三、政府或民间捐赠。
四、提供服务之收入。
五、其他收入。
【第二章】 组 织
第六条 本会设董事会，为本会之决策机构，掌理基金之筹募、保管及运用，秘书长之任免，工作方针之核定，业务计划及预算之审议等事宜。
第七条 本会董事会置董事四十三人至五十三人；二分之一以上应由本会之主管机关大陆委员会遴聘，其中应有政府代表十二人以上。第一届董事由捐助人选聘之。
本会董事以下列方式产生者，其人数计入主管机关遴聘之人数：
一、由主管机关之上级机关遴聘。
二、由政府机关（构）特定职务之人员担任。
三、主管机关或其上级机关指派或同意之人选，经董事会选任。
本会置董事长一人，综理会务，对外代表本会，得为有给职。置副董事长一至三人，襄助董事长处理会务。均由董事互选之
本会置名誉董事长一人，由董事会敦聘德高望重之人士担任。
名誉董事长、副董事长及董事，均为无给职，但得酌支交通费。
第八条 董事任期三年，连选得连任。
董事长、副董事长、董事在任期内，遇有辞职或其他原因出缺时，得由本届董事会补选之。其任期以补足原任期为限。
董事有下列各款情形之一者，得由董事会决议解任之。
一、因刑事犯罪经判刑确定，未获缓刑宣告者。
二、破产宣告尚未复权者。
三、受监护宣告尚未撤销者。
四、因故无法执行职务者。
五、违反法令或章程，足以危害公益或本会利益者。
第九条 每届董事会於任期届满前一个月，推选次届董事人选。
新任董事会於上届任满之日成立，并依第七条第二项规定选举董事长及副董事长。
第十条 董事会每三个月召开会议一次，由董事长召集并为主席。董事长因故缺席，由副董事长代理之。董事长、副董事长均缺席时，由董事互推一人代理之。
董事长认为必要或经董事三分之一以上提议，得召开临时董事会。
第十一条 董事会之决议，须经二分之一以上董事出席，并以出席董事过半数同意行之。
下列重要事项之决议应有董事名额三分之二以上之出席，出席董事四分之三以上同意，并陈报主管机关许可後行之：
一、章程或捐助目的变更之拟议。
二、基金之动用。
三、以基金填补短绌
四、不动产之处分或设定负担。
五、董事长及董事之选任及解任。
六、法人之解散。
七、其他经主管机关指定之事项。
前项重要事项，应於会议十日前通知各董事及主管机关，并不得以临时动议提出。
第十二条 董事因故不能出席前条所定之会议时，得委托其他董事代行职务。但每一董事以受一人委托为限。
第十三条 本会置监事六人，其中政府代表三人以上，由捐助人选聘之，掌理基金、存款之稽核，财务状况之监督及决算表册之查核等事宜。
第十四条 监事之任期、缺任、给与及次届监事之产生等，均准用本章程有关董事之规定。
第十五条 本会置秘书长一人，由董事长提名，经董事会同意聘任之；解任时亦同。
秘书长承董事会之命，综理本会事务。
第十六条 本会置副秘书长一至三人，主任秘书一人，由秘书长提请董事长同意聘任之；解任时亦同。
第十七条 本会设下列各处室：
一、文教处
二、经贸处
三、法律处
四、综合处
五、秘书处
六、人事室
七、会计室
各处置处长一人，视业务繁简，得置副处长一至二人。各室置主任一人。各处室置会务人员若干人。
本会置参事一至二人。
第二项及第三项所定会务人员，由秘书长提请董事长聘任之。
本会会务人员之员额，另以编制表定之，由秘书长依业务需要，提请董事长核可後报请主管机关核定。
第十八条 本会得因业务需要，由秘书长提请董事长同意聘任顾问若干人。
【第三章】 基金之管理
第十九条 本会之会计年度，与政府之会计年度同。
第廿条 本会应於会计年度开始前拟定业务计画及预算，提报董事会审议通过，报请主管机关办理。
第廿一条 本会基金之保管及运用，应於会计年度终了後编制基金保管及运用报告、暨全年度决算，经监事查核，提报董事会审议通过，报请主管机关办理。
【第四章】 附 则
第廿二条 本会因情势变更，致不能达捐助目的时，得依法报经主管机关许可後，解散之。
本会解散後，应依法办理清算。其剩余财产，归属国库。
第廿三条 本章程未规定事宜，依有关法令规定办理之。
本章程於中华民国七十九年十一月廿一日经董事会通过订定，於报请主管机关核备後施行。修正时亦同。
本会组织规程另定之。