民国80年2月26日董事长核定
民国95年3月3日董事长核定修正第11条至第13条条文
民国97年8月7日董事长核定修正第4条条文
民国101年1月3日核定修正第1条至第15条，并自101年1月1日施行
民国101年3月23日核定修正第7条至第8条，并自101年1月1日施行
民国102年11月5日财团法人海峡交流基金会核定修正第11、14条条文；并自102年11月11日施行
第一条 财团法人海峡交流基金会（以下简称本会）组织规程（以下简称本规程）依本会捐助暨组织章程（以下简称本章程）第二十三条第三项规定订定之。
第二条 ①本会为办理捐助章程所定及政府委办之两岸事务，设下列各处室：
一、文教处
二、经贸处
三、法律处
四、综合处
五、秘书处
六、人事室
七、会计室
②本会得经主管机关核准设立服务中心、派出服务单位。
第三条 本会为业务需要於海外及大陆地区设置之分事务所，其组织及人员编制另定之。
第四条 文教处掌理下列事项：
一、两岸教育、艺文、大众传播、宗教、科技、交通、旅行之交流、协调、联系及处理。
二、两岸教育、艺文、大众传播、宗教、科技、交通、旅行及相关议题协商与研究。
三、两岸教育、艺文、大众传播、宗教、科技、交通、旅行之资讯蒐集及谘询服务。
四、大陆地区台商子女、台商学校教职员、赴大陆就学之台湾地区人民、来台湾就学之大陆地区人民之联系及服务。
五、台湾地区人民在大陆地区停留权益保障及两岸人民往来与人身安全之协调、联系及处理。
六、两岸天然灾害赈灾协处。
七、其他有关事项。
第五条 经贸处掌理下列事项：
一、两岸经济、产业、财税、金融、农渔业之交流、协调、联系及处理。
二、两岸经济、产业、财税、金融、农渔业之议题协商与研究。
三、台商人身安全与经贸纠纷之协调、联系及处理。
四、台商在大陆地区从事经贸活动及陆资来台之联系与服务。
五、两岸经贸资讯之蒐集与谘询服务。
六、其他有关事项。
第六条 法律处掌理下列事项：
一、两岸文书验证及查证。
二、两岸文书送达、调查证据及相关行政、司法协助事项。
三、两岸民事纠纷、犯罪防制及所涉人身安全之协调、联系及处理。
四、两岸食品安全、医药卫生及劳动事项之交流、协调、联系及处理。
五、两岸法律交流与大陆地区法规之蒐集及谘询服务。
六、两岸协商与会谈规划、联系及处理。
七、其他有关事项。
第七条 综合处掌理下列事项：
一、大陆情势与两岸关系之资讯蒐集、研析、民调、企划及出版。
二、与国内外研究机构、专家、学者联系、交流及合作。
三、国会联络及服务。
四、公共关系及外宾之联系、接待。
五、文宣规划执行及国内外宣达。
六、媒体联系、新闻发布及舆情反应。
七、资讯之规划、执行及维护。
八、会务人员研习、训练。
九、其他有关事项。
第八条 秘书处掌理下列事项：
一、董事会相关事宜。
二、重要会议议事及决议事项管考。
三、办公厅舍营缮及管理事宜。
四、出纳、采购、稽核、财产及其他事务管理。
五、印信、文书、电务、邮务及档案管理。
六、通讯之规划、执行及维护。
七、机要事务。
八、本会灾害防救之联系及安全防护。
九、其他有关事项。
第九条 人事室掌理本会人事事项。
第十条 会计室掌理本会岁计、会计、统计及税务等事项。
第十一条 ①各处置处长一人，副处长一至二人。各室置主任一人。
②各处室得视业务需要分科办事，置科长、专员、科员、办事员、雇员。
③第二项专员职称区分为资深高级专员、高级专员、专员。
第十二条 ①本会会务人员之员额，另以编制表定之，由秘书长依业务需要，提请董事长核可後报请主管机关核定。
②前项人员之任用，由秘书长提请董事长聘任之。
第十三条 本会会务人员之职等、薪级、职掌及编制另定之。
第十四条 ①本会得聘任有给职顾问一至二人、无给职顾问若干人。
②有给职顾问得比照本章程所定会务人员办理。
第十五条 本规程自董事长核定发布日实施，修正时亦同。