1.中华民国一百年一月六日教育部台参字第 0990231436C号令订定发布全文27条；并自发布日施行。
2.中华民国一百零一年七月十一日教育部台参字第 1010124926C号令修正发布第5～7、9、10、16、17、23条条文。 （历史条文）
3.中华民国一百零二年四月三十日教育部台教高（四）字第1020059181C号令修正发布第2～4、7、10、22、24条条文。 （历史条文）
4.中华民国一百零三年十二月十九日教育部台教文（二）字第 1030179466B号令修正发布全文25条；并自发布日施行。 （历史条文）
中华民国一百零三年十二月二十六日行政院院台规字第1030158355号公告第9条第1项、第10条第1项、第5项、第8项、第21条第2项、第4项、第22条第1款、第23条所列属「内政部入出国及移民署」之权责事项，自一百零四年一月二日起改由「内政部移民署」管辖。
5.中华民国一百零四年十二月二十九日教育部台教文（二）字第1040165390B号令修正发布第 9～11条条文
第一条 本办法依台湾地区与大陆地区人民关系条例（以下简称本条例）第二十二条第三项、大学法第二十五条第三项及专科学校法第三十二条第一项规定订定之。
第二条 本办法所称大陆地区学生，指大陆地区人民经许可来台湾地区（以下简称来台）就读国内二年制专科以上学校（以下简称学校）修读学位者。
第三条 大陆地区人民符合国内下列学制报考资格之一者，得依本办法申请来台就学：
一、公私立大学校院日间学制博士班、硕士班及学士班。
二、公私立专科学校日间学制二年制副学士班。
三、公私立大学校院进修学制硕士班。
前项学制，不包括军警校院。
大陆地区学生经入学学校以操行不及格或因刑事案件经判刑确定致遭退学者，不得再依本办法申请入学，亦不得转学进入其他学校就读。
第四条 学校招收大陆地区人民之名额，采外加方式办理，教育部（以下简称本部）得就学校教学资源条件、学生辅导机制、招生成效与优势、国际及两岸交流经验或其他项目核定名额；全国各校外加招生总名额，不得超过本部当学年度核定招生总名额百分之二。
学校申请招生名额时，以本部当学年度核定该校相同学制班次招生名额百分之二为原则。
学校或其分校、分部设立於澎湖县、金门县、连江县者，得专案申请招收大陆地区人民，不受前条第一项学制及前二项招生名额之限制。
第五条 大学法第二十五条第二项及专科学校法第三十二条第三项所定涉及国家安全、机密之院、系（科）、所及学位学程，其认定基准及相关注意事项，由本部公告之。
第六条 学校为招收大陆地区人民就学，应拟订招生计画，报本部核定。
学校办理前项招生，应以联合招生方式办理。但专案报本部核准者，得单独招生。
学校依第一项规定报本部核定後，应组成联合或单独招生委员会，分别由各招生学校校长，或单独招生学校之校内行政及学术主管担任委员。各该招生委员会应拟订招生规定及招生简章，报本部核定後，始得实施。
考生对招生事宜有疑义，应於一定期限内向招生委员会提出申诉，招生委员会应於一个月内作成决定，必要时应组成专案小组调查处理。
第三项招生规定，应包括招生委员会组成方式、招生、考试方式、招生名额与提报程序、考生身分认定、利益回避、录取原则、保证人之资格、成绩复查、考生申诉处理程序及其他有关考生权利义务事项。
第三项招生简章，除明列前项规定内容外，应包括招生院、系（科）、所与学位学程名额、报考资格、报名程序、考试项目、考试日期、评分基准、录取方式、违规处理方式及其他相关规定。
第七条 大陆地区人民申请来台就学，应於学校规定期间，检附下列文件向联合招生委员会或学校报名，经录取者，由学校发给录取通知：
一、入学申请表。
二、最高学历证明文件或在学证明。
三、金融机构所出具足够在台就学之财力证明，或大专校院、民间机构等提供全额奖助学金之证明。
四、学校所规定之其他文件。
联合招生委员会或学校对前项第三款证明认定有疑义时，在大陆地区开具者，得要求先经大陆地区公证处公证，并经行政院设立或指定之机构或委托之民间团体验证；在第三地区开具者，得要求先经我国驻外使领馆、代表处、办事处或其他外交部授权机构（以下简称驻外馆处）验证。
第八条 学校应自行或指定人员，担任所录取大陆地区学生之保证人，并出具保证书。
前项保证人相关事项，准用大陆地区人民进入台湾地区许可办法第五条第四项、第六条及第七条规定办理。
第九条 大陆地区人民经学校录取後，申请进入台湾地区者，应备齐下列文件，委托录取学校代向内政部移民署（以下简称移民署）申请入境：
一、入出境许可证申请书。
二、学校出具之录取证明文件及保证书。
三、大陆地区居民身分证、其他证照或足资证明身分之文件影本。
四、委托学校代为办理进入台湾地区申请手续之委托书影本。
五、其他相关证明文件。
前项申请文件不全，得补正者，应通知申请人於接到通知之翌日起二个月内补正，届期未补正者，驳回其申请。
第十条 大陆地区学生来台就学经申请许可第一次进入台湾地区者，由移民署发给单次入出境许可证，其有效期间，自核发之翌日起三个月。
大陆地区学生应於前项单次入出境许可证有效期间入境，并注册入学。
大陆地区学生持第一项入出境许可证经许可进入台湾地区注册入学，停留期间自入境之翌日起，不得逾二个月，并不得延期。
大陆地区学生至迟应於入境後七日内至国内指定医院，依中央卫生福利主管机关指定之检查项目完成健康检查。本部得视突发疫情需要，要求於申请入境时，提出经大陆地区公证处公证之大陆地区医疗机构或国际旅行卫生保健中心出具之健康检查合格证明，并於入境後送经行政院设立或指定之机构或委托之民间团体验证。
大陆地区学生於第三项停留期间届满前，得检附下列文件向移民署申请换发多次入出境许可证：
一、就读学校出具之在学证明。
二、国内指定医院出具之健康检查合格证明。
三、移民署所规定之其他文件。
前项多次入出境许可证之有效期间及停留期间自核发之翌日起算二年，并得视修业情况於停留期间届满前三个月内申请酌予延长，每次延长期间不得逾二年。但有下列情形之一者，每次延长期间不得逾六个月：
一、博士班修业已满五年。
二、硕士班修业已满三年。
三、学士班（不包括二年制学士班）修业已满四年。但其修业期限因系、院、学程性质，经依法延长者，於修业期限届满後。
四、二年制学士班及二年制副学士班修业已满二年。
大陆地区学生依前项规定申请延长期间者，应备齐下列文件，向移民署申请办理：
一、延期申请书。
二、入出境许可证。
三、就读学校出具之在学证明或公函。
四、移民署所规定之其他证明文件。
第十一条 大陆地区人民申请来台就学，或经学校录取後申请入境，有下列情形之一者，得不予许可；已许可者，得撤销或废止之：
一、参加暴力、恐怖组织或其活动。
二、涉有内乱罪、外患罪重大嫌疑。
三、在台湾地区外涉嫌重大犯罪或有犯罪习惯。
四、现在大陆地区行政、军事、党务或其他公务机构任职。
五、曾有本条例第十八条第一项各款情形之一。
六、违反其他法令规定之情形。
有本条例第十八条第一项第一款情形者，自出境之日起算，其不予许可期间为二年至五年；有同项第二款或第三款情形者，自出境之日起算，其不予许可期间为一年至三年。但大陆地区学生在台就学期间有逾期停留之情形，其仍具学籍者，经依本条例第十八条第一项第二款规定令其出境後，得不受一年至三年不予许可之限制。
学校应确认大陆地区学生所持入出境许可证件有效期间及停留期间，并协助其换发证件及办理延期。
第十二条 大陆地区学生注册入学时，应检附下列文件：
一、大陆地区学校最高学历，或香港、澳门、外国学校最高学历或同等学力证明文件及成绩单，中、英文以外之语文，应附中文或英文译本。
二、国内指定医院出具之健康检查合格证明影本。
前项第一款大陆地区学校最高学历，应依大陆地区学历采认办法规定办理采认；香港、澳门及外国学校最高学历，应依香港澳门学历检核及采认办法、大学办理国外学历采认办法规定办理采认。以香港、澳门或外国学校同等学力申请分发入学大学者，应依入学大学同等学力认定标准之规定办理。
大陆地区学生在台每学期注册时，应检附在学期间有效之医疗、伤害保险证明文件；其在大陆地区开具者，应经大陆地区公证处公证，并经行政院设立或指定之机构或委托之民间团体验证；在第三地区开具者，应经驻外馆处验证。 学校应於注册时将大陆地区学生纳入学生团体保险，并依国内一般学生规定办理。
大陆地区学生来台时，已逾该学年第一学期修业期间三分之一者，不得入境，应於第二学期开学前，重新申请入境，始得注册入学。
第十三条 学校发现大陆地区学生有申请资格不符规定、所缴证件及资料有伪造、变造、冒用或有考试舞弊等情事者，应撤销其入学许可；已注册入学者，撤销其学籍，且不发给与修业有关之任何证明文件；毕业後发现者，撤销其毕业资格，并追缴或注销其学位证书。
第十四条 大陆地区学生之学杂费收费基准，由就读学校依教学成本订定。
前项学杂费收费基准之下限，由本部参考国内同级私立学校前一学年度收费及当学年度学杂费调幅定之。
中央机关及其所属各机关（构）不得编列预算，提供大陆地区学生奖助学金。学校不得以中央政府补助款作为大陆地区学生奖助学金。
第十五条 大陆地区学生在台就学期间，不得从事专职或兼职之工作。
违反前项规定者，应依本条例第十八条规定办理强制出境。
第十六条 大陆地区学生於申请就读学校毕业後，得继续申请在台就读下一阶段学制班次；其入学方式及程序，依本办法规定办理。
大陆地区学生依学生迳修读博士学位办法规定申请迳读博士学位者，不受第六条招生方式之限制。
第十七条 大陆地区学生在台就学期间，改以就学许可目的以外之身分在台停留或居留者，得继续该阶段之修业，并依规定取得该学位。
大陆地区学生改以就学许可目的以外之身分在台停留或居留者，其就学期间应遵行事项及毕业後升学方式，改依新身分相关规定办理。
第十八条 大陆地区学生有休学、退学、变更或丧失学生身分等情事，应於生效之翌日起十日内至移民署换发单次出境证，并於单次出境证效期内离境；应届毕业学生应於毕业後一个月内换发单次出境证，并应於毕业後一个月内离境。
大陆地区学生参加转学考试经录取或毕业後有第十六条就读下一阶段学制班次之情形者，不受前项离境规定之限制，并应於注册入学後，由录取学校代向移民署办理多次入出境许可证异动申请。
第十九条 学校应将大陆地区学生注册及异动情形，於事实发生之日起三个工作日内通报本部、行政院大陆委员会及移民署。
学校遇有前条第一项情形，应以书面通知学生依限离境，并依前项规定通报；未依限离境者，学校应负协寻责任。
第二十条 大陆地区人民经由学术合作，同时在国内大学校院与本部认可名册内所列之大陆地区高等学校或机构修读学位，因修业或课程需要申请来台者，其入出境及入学後相关事项，依下列规定办理：
一、入出境相关事项，准用第八条至第十二条、第十八条及前条相关规定；其入出境许可证之有效期间、停留期间及延长期间，由移民署依本部核定之修业期间核给。
二、入学後相关事项，准用第十二条至第十七条相关规定。
第二十一条 第六条第三项之招生委员会应就大陆地区学生就学权益、助学措施、医疗及伤害保险、生活辅导等各项资讯，编印就学服务参考手册，并指定专责单位或人员协助其就学。
大陆地区学生入学後，学校应指定专责单位或人员负责办理大陆地区学生住宿、课业辅导、生活管理、联系、通报、协寻及其他协助事项。
第二十二条 本部为规划大陆地区学生来台就学相关事宜，并审议学校所报招生计画、招生规定、招生简章、招生院、系（科）、所、学位学程及招生名额等事项，得召开会议讨论。
前项会议成员，应包括社会公正人士、学者、专家、学校代表及机关代表。
第二十三条 本部得视需要邀集学者专家、相关机关代表，对学校招收大陆地区学生成效、生活辅导及学习情形办理访视。
第二十四条 学校违反本办法或其他法令有关招收大陆地区学生之规定者，本部得视情节轻重，予以纠正、限期改善或调整其招收大陆地区学生名额。
第二十五条 本办法自发布日施行。