民國九十年一月一日(2001.1.1)
陳水扁總統發表元旦祝詞強調，臺灣內部對如何建構未來兩岸關係的策略雖缺乏共識，但是對於要求中共揚棄對臺文攻武嚇，以及以和平方式進行建設性對話的立場並無二致。
民國九十年一月一日(2001.1.1)
依據「試辦金門馬祖通航實施辦法」，即日開始試辦金馬小三通。
民國九十年一月二日(2001.1.2)
「小三通」官方金廈通航參訪團從金門料羅港順利啟航。
民國九十年一月三日(2001.1.3)
陸委會主委蔡英文表示，「小三通」的成功是「大三通」能否順利上路的關鍵，政府絕對無意以「小三通」來拖延「大三通」的進程。
民國九十年一月六日(2001.1.6)
行政院六日至七日在臺北召開全國經濟發展會議，結論包括：因應加入世貿組織，檢討調整「三通」的「通商」政策，合理開放大陸貨品進口，並開放陸資企業來臺投資服務業；在平等互惠原則下，與大陸方面展開兩岸通航協商；加強兩岸科技交流，擴大引進大陸產業科技人才。
民國九十年一月十一日(2001.1.11)
陸委會主委蔡英文於會見美國在臺協會理事主席卜睿哲時表示，我方仍然希望海基會、海協會的協商機制能夠儘快恢復，將來在一定條件下，兩岸的政府人員也能坐下來交換意見。
民國九十年一月十二日(2001.1.12)
陳水扁總統表示，他心中的「統合」就是歐盟模式，其中具有主權、自由、自願三大意義。
民國九十年一月十九日(2001.1.19)
中共國務院副總理錢其琛於「全國臺辦主任會議」中指出，要進一步推動兩岸經濟、文化交流與人員往來，促進早日實現兩岸直接「三通」。
民國九十年一月廿二日(2001.1.22)
陸委會針對錢其琛「江八點」六周年講話，發表三點聲明，重申願與中共當局坐下來談，彼此不預設前提與立場，針對兩岸共同及各自關心的問題展開溝通對話。
民國九十年一月廿二日(2001.1.22)
中共在北京舉行「江八點」發表六周年座談會，中共國務院副總理錢其琛稱，「兩岸同胞都是中國人，大陸和台灣都是中國的領土，大陸方面追求和平統一，而所主張的一個中國，是包括大陸和台灣在內的一個中國」。
民國九十年一月廿九日(2001.1.29)
陸委會主委蔡英文表示，立法委員曹爾忠與大陸「福建省馬尾經濟文化交流中心」簽訂合作協議的行為，是民間性的溝通，沒有生效與否的問題。此乃因為「小三通」的協商屬於中央政府職權，地方協商不可能取代官方協商。
民國九十年二月六日(2001.2.6)
第一艘首航台灣金門的大陸廈門客輪，完成了往返金、廈的歷史性航程。
民國九十年二月八日(2001.2.8)
首批中共「新華社」來臺駐點記者范麗青、陳斌華抵達臺北，展開為期一個月的駐點採訪。
民國九十年二月廿日(2001.2.20)
行政院院長張俊雄在立法院的施政報告中表示，過去政府實施的「戒急用忍」政策，隨時空條件變遷，已到必須調整的時刻。行政院已經指示經濟部及相關部會就兩岸經貿政策全面檢討，將朝「積極開放，有效管理」方向調整。
民國九十年二月廿三日(2001.2.23)
行政院長張俊雄在立法院表示，「國統綱領」是兩岸關係的重要文件，不過，這幾年兩岸互動情勢有所變化，確有必要再進行思考，惟目前並無調整「國統綱領」急迫性。
民國九十年三月一日(2001.3.1)
海基會董事長辜振甫赴海基會視察業務，在答覆記者詢問時強調，一九九二年會談期間，兩會曾先後交換十三個版本的表述方案，隨後並有口頭表述方案，中共稱雙方已達成「兩岸均堅持一個中國原則」的共識，但我方所理解的共識卻是「一個中國各自以口頭表述」，隨後即擱置該項爭議。
民國九十年三月五日(2001.3.5)
中共「國務院總理」朱鎔基於「全國九屆人大四次會議」上表示，大陸將繼續執行「和平統一、一國兩制」的基本方針和「江八點」。並在堅持「一個中國」的原則下，繼續推動兩岸對話與談判，發展兩岸經濟文化交流和人員往來。
民國九十年三月九日(2001.3.9)
陸委會在海基會成立屆滿十周年之際表示，過去十年來在兩岸協商方面，海基會一直是政府處理兩岸涉及公權力事宜唯一的授權管道。
民國九十年三月廿一日(2001.3.21)
中共「國臺辦經濟局長」何世忠率大陸經貿訪問團來臺訪問期間表示，大陸當局不容許臺商一方面在大陸撈錢，一方面在臺灣支持「臺獨」，並對我政府「戒急用忍」政策提出批評。
民國九十年三月廿三日(2001.3.23)
中共「國家主席」江澤民接受華盛頓郵報專訪時表示，兩岸統一不適用邦聯或聯邦制。
民國九十年三月廿四日(2001.3.24)
中共「國務院副總理」錢其琛於對臺宣傳工作會議中再次重提了「新三句」，即堅持世界上只有「一個中國」，大陸和臺灣同屬於「一個中國」，中國的主權和領土完整不可分割。
民國九十年三月廿六日(2001.3.26)
陸委會主委蔡英文表示，目前兩岸應該先以經貿互動做為建立雙方互信的基礎。
民國九十年四月九日(2001.4.9)
勞委會公布實施「大陸地區配偶在臺灣地區停留期間工作許可及管理辦法」。
民國九十年四月廿七日(2001.4.27)
海基會董事長辜振甫於「辜汪會談」屆滿八週年紀念談話中表示，兩岸只有面對面的溝通對話，才能求同存異、消除誤解，更可以增進互信，找到進一步合作空間，他並再度誠摯邀請大陸海協會會長汪道涵來臺訪問。
民國九十年五月十五日(2001.5.15)
經濟部部長林信義在記者會上表示，政府對大陸經貿「戒急用忍」政策將作調整，未來產業赴大陸投資項目，將由目前正面表列，改採負面表列方式，但對電廠投資案，仍不開放。
民國九十年五月廿一日(2001.5.21)
陳總統五月廿一日至六月五日赴中美洲邦交國進行「合作共榮，睦誼之旅」。
民國九十年五月廿七日(2001.5.27)
陳總統於「合作共榮，睦誼之旅」在瓜地馬拉與隨行記者茶敘時，提出兩岸「新五不政策」：（一）軍售、過境美國不是對中共的挑釁；（二）中華民國不會錯估、誤判兩岸情勢；（三）臺灣不是任何一個國家的棋子；（四）政府從來沒有放棄改善兩岸關係的誠意與努力；（五）兩岸關係不是零和關係。
民國九十年五月卅日(2001.5.30)
行政院院會通過「臺灣地區與大陸地區金融業務往來許可辦法」部分條文修正案，開放國際金融機構分行辦理兩岸金融業務直接往來，並允許國內金融機構赴大陸設立代表人辦事處。
民國九十年五月卅日(2001.5.30)
中共「國臺辦發言人」張銘清表示，海峽兩岸僵局至今沒有打破，與臺灣領導人不承認「一個中國」有密切相關。
民國九十年五月卅一日(2001.5.31)
日本產經新聞報導，中共正準備在福建省東山島進行陸海空軍與戰略飛彈部隊聯合演習，其購自俄羅斯的蘇愷廿七戰鬥機也在參加之列，這項大規模登陸演習，是以臺灣為假想對象，進行波狀攻擊，目標是模擬奪取臺海制空權。
民國九十年六月一日(2001.6.1)
陸委會發表港澳白皮書指出，期望中共以宏觀、長遠的視野，務實地處理臺港澳關係，進而建立正常化的聯繫協調機制。並樂見港澳均能成立駐臺機構，建立相互往來的新架構，共創「四贏」的局面。
民國九十年六月六日(2001.6.6)
交通部民航局宣布，鑒於臺港雙方尚未談妥新航約，為使臺港航線繼續正常營運，雙方已簽署延約協議文件，將舊約效期從6月12日展延至今年12月31日止。
民國九十年六月七日(2001.6.7)
中共外交部發言人孫玉璽稱，中共的基本主張是實現「和平統一」，祇要臺灣提出接受「一個中國」原則，兩岸可就如何緩和當前的臺海緊張局勢進行商談，包括如何撤離中共在福建部署的導彈等任何議題，均可透過談判方式解決。
民國九十年七月五日(2001.7.5)
陸委會發布「開放大陸地區人民來臺觀光政策規畫及推動」說帖指出，政府已完成「大陸地區人民來臺從事觀光活動許可辦法」草案，大陸人士來臺觀光將採「總量管理」方式循序漸進，並以「團進團出」模式進行。
民國九十年七月八日(2001.7.8)
總統府經濟發展諮詢委員會召開首次籌備會議，「促進兩岸經貿交流、根留臺灣」列為五大討論議題之一，題綱包括：一、兩岸經貿與國家安全；二、檢討兩岸投資規範；三、兩岸通航之時機與條件；四、建立資金回流機制；五、加速WTO與兩岸貿易之因應調整。
民國九十年七月十日(2001.7.10)
海基會去函大陸海協會，請其協調大陸有關單位儘速協助查緝「殺戮人」傳真恐嚇勒索信函嫌犯遣返。
民國九十年七月十日(2001.7.10)
中共國家主席江澤民在北京中南海接受俄羅斯伊塔－塔斯社和國營ORT電視網訪問時稱，不能承諾放棄對臺動武，尤其是對「外力」及臺灣內部反中共主權者動武。
民國九十年七月十二日(2001.7.12)
中共「國務院副總理」錢其琛於會見我新黨民意代表等成員一行時，提出「一國兩制」的七項內容：一、繼續使用臺幣；二、繼續保有軍隊；三、單獨關稅區；四、繼續保持政府架構；五、不拿臺灣一分錢，不會調動臺灣資金；六、臺灣人民、企業家保有原有財產；七、人事自主，不派任何官員到臺灣。
民國九十年七月十三日(2001.7.13)
陳水扁總統表示，「一國兩制」是要將臺灣「香港化」，制度、自由、人權都必須得到中共當局的同意才算數。這樣的「一國兩制」，絕大多數臺灣人民都不能接受。
民國九十年八月六日(2001.8.6)
海基會去函大陸海協會，就大陸漁船擅入我方海域並使用不法漁具作業事，協調大陸相關單位嚴格約束大陸地區漁民。
民國九十年八月十四日(2001.8.14)
內政部修訂發布「大陸地區專業人士來臺從事專業活動許可辦法」部分條文修正案，大陸科技人士來台停留，期限延長為三年。
民國九十年八月廿六日(2001.8.26)
經濟發展諮詢委員會議同意以包裹方式通過兩岸組共同意見，包括：推動兩岸經貿發展之基本原則、積極開放兩岸經貿及投資（「戒急用忍」政策之鬆綁）、建立兩岸資金流動的靈活機制、加入WTO與兩岸「三通」、積極推動大陸人士來臺觀光及兩岸協商問題。
民國九十年八月廿八日(2001.8.28)
華盛頓時報報導，據美國最新情報顯示，中共陸續在福建、浙江等沿海地區增設M族短程戰術彈道導彈，從今年四月的三百枚於今擴增超過三百五十枚，美偵察衛星同時發現，浙江江山地區七月間出現新的M族導彈基地。
民國九十年九月三日(2001.9.3)
中共外交部發言人朱邦造在北京與外籍記者聚會時警告稱，外資公司如果與臺灣政府官員直接接觸，很可能將失去在中國大陸的商機。
民國九十年九月五日(2001.9.5)
行政院會通過「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法修正案」，增訂試辦通航期間，基於大陸政策需要，中華民國船舶得經交通部專案核准由澎湖進入大陸地區。
民國九十年九月廿一日(2001.9.21)
陸委會主委蔡英文在立法院答詢時強調，兩岸通航或開放大陸人士來臺觀光等政策，涉及公權力行使問題，不宜由民間機構代表與對岸協商。
民國九十年九月廿七日(2001.9.27)
中共外交部發言人朱邦造在記者會上強調依APEC有關諒解備忘錄的規定和慣例，「陳水扁不能參加上海APEC的會議」。
民國九十年九月廿八日(2001.9.28)
財政部公布核准第一、華南、彰化、中國國際商銀、土地、合作金庫、世華、中國信託商銀等8家銀行，赴大陸設立辦事處。
民國九十年十月一日(2001.10.1)
大陸中華全國新聞工作者協會記者團一行16人抵臺採訪，此批大陸記者在新聞局發放的記者證有效期限之內，無須受限於某地，可自由於臺灣境內進行與教育相關的採訪活動，突破以往大陸記者來臺的限制與規定。
民國九十年十月十日(2001.10.10)
陳水扁總統發表國慶致詞時表示，希望對岸的領導人能夠體會當前臺灣主流民意所在，儘速恢復兩岸對話的機制，開啟協商的大門，為兩岸人民新世紀的未來創造無限可能的契機。
民國九十年十月十八日(2001.10.18)
APEC記者會上中共「外交部部長」唐家璇「糾正」我方媒體不應以「中共」稱呼其政權，並悍然拒絕我經濟部部長林信義發言。
民國九十年十月廿日(2001.10.20)
中共國臺辦新聞發言人張銘清在記者會上稱，如果臺灣方面解除對大陸記者赴臺駐點採訪的「四家、兩人、一個月」的限制，大陸將進一步考慮開放臺灣媒體到大陸設辦事處及記者站等常駐事宜。
民國九十年十月廿一日(2001.10.21)
中共國臺辦發言人張銘清在記者會上稱，祇要符合就業條件和用人單位願接受，支持在大陸求學的臺灣學生在境內就業。
民國九十年十一月一日(2001.11.1)
陳水扁總統接見美國國防部前部長柯恩時，指出中共提出承認「一個中國」原則是「九二共識」，作為復談的前提要件，是變相拒絕對話，因為我們遍查所有文件，並無所謂該「共識」，這是中共自創，並未獲得臺灣同意。
民國九十年十一月一日(2001.11.1)
中共外交部發言人朱邦造在例行記者會上稱，在「一個中國」原則下，臺灣提出兩岸合辦奧運的要求，雙方的奧會是可以談的，但最後還是要經過國際奧會的批准。
民國九十年十一月七日(2001.11.7)
行政院院會通過大陸投資「積極開放、有效管理」政策，取消大陸投資個案5,000萬美元上限，建立新的審查機制。
民國九十年十一月七日(2001.11.7)
行政院會宣布第二階段兩岸金融業務往來措施，決定放寬國際金融業務分行（OBU）與大陸銀行直接通匯。
民國九十年十一月十二日(2001.11.12)
陸委會發表聲明指出，兩岸互不隸屬，雙方加入WTO申請案也是分開處理，入世後將是兩個獨立、平行、對等的會員體。希望大陸當局不要以政治干預兩岸經貿關係以及WTO體系下兩岸的互動，以體現WTO的自由貿易精神。
民國九十年十二月五日(2001.12.5)
中共「國臺辦發言人」張銘清強調，中共對臺政策不會改變，歡迎臺商繼續到大陸投資。臺灣任何政黨、任何團體及人士，只要是接受「一個中國」原則及「九二共識」，主張改善和發展兩岸關係，中共都願與其打交道。
民國九十年十二月十六日(2001.12.16)
中共海協會在北京舉行成立十周年酒會，汪道涵書面談話稱，兩岸相繼加入世貿組織，為「三通」創造有利條件，兩岸應早日進行直接「三通」，加強兩岸經濟合作，並稱臺灣應承認「九二共識」以便兩會及早重開對話。
民國九十年十二月廿五日(2001.12.25)
行政院金馬小三通指導委員會決定，金馬「小三通」試辦期間展延一年。