為執行海峽兩岸智慧財產權保護合作協議第7點之商標協處機制，並提高執行成效，本局前於民國100年10月19日公告「兩岸商標協處作業要點」。該要點內容均屬程序事項，爰將名稱修正為「兩岸商標協處作業處理程序」(以下稱本處理程序)。
中國大陸商標法於去(103)年5月1日修正施行，本處理程序援引中國大陸商標法條文之條次及用語，部分已作修正，例如「異議復審案」、「爭議案」等用語已分別修正為「不予註冊決定之復審案」、「無效宣告案」等，爰配合修正。
為強化我國廠商在中國大陸商標權益之保護，實務上，通報協處之要件除我國廠商遭遇不合理對待或陸方處理違反大陸法令、商標審查及審理標準等情形外，若有其他需要協助事項，且為兩岸協處機制得以協助者，皆予受理，爰增列概括規定，「其他需要協助事項」。
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