(制定依據)
一、 依據行政院大陸委員會97年12月11日陸經字第0970024100號函暨97年12月12日陸經字第0970024150號函辦理。
(制定目的)
二、 為利國籍民用航空運輸業者（以下簡稱業者）申請飛航包機載運旅客往返臺灣地區與大陸地區（以下簡稱兩岸客運包機），特訂定本作業程序。
(申請資格)
三、 申請兩岸客運包機，以經交通部民用航空局（以下簡稱民航局）核准經營國際航線不定期航空運輸業務之業者為限。
(飛經航路)
四、 業者飛航兩岸客運包機，其來程（由大陸飛往臺灣）及去程（由臺灣飛往大陸）均應依北線飛航路線(自B576 BERBA點經雙方議定之航管交接點至東山雙向使用)或現行飛越香港至大陸之航路飛航。
(停降航點)
五、 飛航兩岸客運包機之航點如下：
(一) 大陸地區限定為北京、上海浦東、廣州、廈門、南京、成都、重慶、杭州、大連、桂林、深圳、武漢、福州、青島、長沙、海口、昆明、西安、瀋陽、天津、鄭州等21個航點。
(二) 臺灣地區則限定為桃園、高雄小港、臺中清泉崗、臺北松山、澎湖馬公、花蓮、金門及臺東等8個航點。
(飛航架次、額度)
六、 業者飛航兩岸客運包機，每週飛航架次總計以往返各54架次為限。惟往返上海浦東國際機場之包機以往返各20架次為限。今後視市場需求適時增減班次。春節期間可視情適量增加臨時包機。
七、 業者申請飛航桃園及高雄小港航點之兩岸客運包機前，應先向臺北市航空運輸商業同業公會國際機場時間帶協調中心申請取得於前揭航點起降所需之時間帶。
(承載對象)
八、 兩岸客運包機承載對象為持有效旅行證件往返兩岸之旅客；並可利用客運包機運送雙方郵件。
(申請期間及應備文件)
九、 業者申請飛航兩岸客運包機，應經民航局航機務審查合格並逐月於預計起飛十五日前檢附申請書（如附件一）、包機合約副本及經審查合格之「民用航空運輸業申請新增航線及既有航線更換機種飛航－航務、機務審核表」報請民航局核准後，始可飛航。
十、 民航局航務、機務查核人員得視需要以組員方式赴大陸地區進行航機務查核。
(其他事項)
十一、 申請以國籍航空器飛航兩岸非營利性商務(公務)包機準用本程序第四點、第五點第二款、第八點規定，使用民用機場應於預計起飛二工作日前、使用軍民合用機場應於預計起飛四工作日前，檢附申請書（如附件二）、責任保險證明文件及搭乘人員名單，直接向民航局提出申請或委託飛航國際航線之本國籍民用航空運輸業或經營國際商務專機之本國籍普通航空業代理申請。
十二、 業者應隨時提報有關大陸民航主管機關對於兩岸客運包機准駁情形，供政府各相關單位參考。
十三、 本作業程序未規定者，依民用航空法及其相關子法有關國際航線包機、自用航空器飛航活動作業規定辦理。
附件一 民用航空器飛航國境（包機）申請書
附件二 航空器飛航國境申請書