| 一、 |
兩岸協商：中共自一九九五年六月以來，即片面違反兩岸於一九九三年建立之制度化協議。兩岸交流現狀，待協商之問題，已涉及到諸多主管機關的權能，以及民間經濟及商業利益，因而呈現多面向，多元素及多利益的組合。故為重啟兩岸談判，並確保公權力不被侵蝕，並排除個別利益介入前提下，需採取較彈性、務實的作法，故除引進民間團體的協助外，並建立海基會複委託民間團體及建立有效之監督機制，以期一旦兩岸復談，政府在實質上仍會確保與以往兩岸談判沒有差異的方式推動，維護我方利益。本次修法確認彈性法制機制，將有助兩岸協商的重新開啟。 |
| 二、 |
人員往來：考量兩岸制度的相容性，同時務實解決大陸地區人民或台灣地區人民雙重身分可能衍生之權利義務衡突問題，對身分界定均採嚴格單一身分制，惟對原籍台灣地區人民身分者，研訂回復機制。另外，處理假結婚、保障正常結婚者的權益，是整體社會、人民及政府必須共同面對的社會問題，此次修法，對於大陸配偶來台，授權行政機關以配額管理，同時採取面談機制，並持續落實「生活從寬、身分從嚴」的政策。對於退休之公務人員在大陸地區設籍或領用護照者，則限制其領受退休給與之權利。同時亦開放大陸地區法人來台設立據點，並對於大陸地區商務人士來台，配合國際規範，建立商務及工作居留制度，有助兩岸未來經貿正常化之需。 |
| 三、 |
入出境制度及擔任大陸地區職務或成員：兩岸交流量與質均已大幅改變，在兼顧國家安全與民眾具體需求的考量，此次修法，對我人民進出大陸地區取消許可制，惟赴大陸仍與赴國外相同，仍應經查驗，同時將由主管機關要求航空公司或旅行業者辦理申報手續，但當兩岸發生重大突發事件，行政部門仍可採行相關的管制措施。至於公務員則仍採許可制，政務及涉密人員（含退離職）仍採行需經內政部聯審會的高度管制措施，並加重違者之行政罰。赴大陸地區任職或為成員則採開放方面修正，以正面表述方式立法，惟對擔任大陸地區黨政軍職務或成員則維持原則禁止；對於公務員（含涉密與政務人員）赴大陸地區任職或為成員採高度管制，違者視情節輕重，有施予刑罰、行政罰及喪失或停止給與之權利。 |
| 四、 |
聯合設立法人、締結聯盟或為合作行為：對民間團體未直接涉及公權力或政治性的合作行為，解除全面性的許可管制，區分為聯合設立法人、締結聯盟及為其他合作行為予以不同程度的管理方式，俾民眾易於接受政府的行政規範或行政指導。其中台灣地區各級地方政府機關或各級地方民意代表機關，與大陸地方機關締結聯盟行為，採行與國外締結姐妹市相當之規範，應先經內政部會商大陸委員會，報請行政院同意後，始得為之。 |
| 五、 |
兩岸通航：兩岸通航為高度政治面，經濟面、技術面操作的敏感問題，非立法技術面的調整即可為之。面臨中共當局以國內航線之定位，經相關部會研商固認為以維持現行條文，在操作上最為簡易可行。鑒於兩岸通航，政府與朝野均具有積極的正面共識，於九月三十日朝野協商中，立法院基於尊重行政部門對於兩岸通航須經協商及須經許可所為的規範機制，行政部門也充分尊重立法院各種不同的意見與考量，而共同完成通航條文之修正。 |
| 六、 |
經貿往來：行政部門積極落實經發會的共識方案後，兩岸經貿關係已邁入嶄新階段。政府仍以逐步建立兩岸經貿關係正常化，以體現兩岸經濟的互惠雙贏，進而塑造和平與穩定的兩岸關係為主軸。本次修法涉及經貿類之調整項目為投資、貿易、商業往來，大陸貨品廣告、幣券往來、金融機構赴陸設立據點、小三通事項，主要為加強依法行政及落實執法。管理手段方面，為有效規範，採取先行政後司法的裁罰原則。 |
| 七、 |
文教往來：主要為增訂大陸台商子弟學校至高中部之法源；同時配合兩岸學校交流，除涉及政治面或有違法令之締盟或合作行為仍為禁止外，餘採簡易的申報異議制，以彰顯政府從善如流的開明作風。 |