一、「三通的障礙」
關於兩岸「三通」牽涉問題至為複雜，影響亦極為深遠，我們認為必須在國家安全、尊嚴，以及全民福祉獲得確保的前提下，才能進行。目前「三通」的最大障礙並不在我方，而在於中共始終不肯務實面對兩岸「分治」的現實，漠視中華民國存在的事實；處處打壓、封殺我國際活動空間，且一再聲言不放棄以武力犯台，這種不理性的對台政策，使兩岸不能進行全方位的正常交流，自也不可能就「三通」所涉各種層面的問題進行理性協商。
二、「三通」與兩岸經貿的關係
很多人認為，不能「三通」對兩岸經貿發展構成很大障礙。事實上，近年來國內企業間接赴大陸投資金額高達對外投資總額百分之四十二，為我對外投資的第一位。根據經濟部統計，截至八十七年底赴大陸投資台商已達二萬一千家，總金額逾一三二億美元；若據大陸方面統計，至八十七年底，台商在大陸簽訂逾四萬一千多項投資協議，金額約為四一三億美元，實際投入金額累計亦達二一四億美元，位居大陸外資第三位，僅次於香港、美國。其次，在兩岸間接貿易上，則從七十六年的十五億美元快速擴張到八十七年的二四○億美元，成長逾十六倍。八十七年我對大陸貿易佔總貿易比重為一一．一三％，對大陸出口佔總出口比重為一七．九五％，大陸地區已成為我第三大貿易對象。以上這些數據，均顯示在現行兩岸間接「通商、通航、通郵」的政策下，我們廠商對大陸市場的經營與發展亦已達到相當可觀的程度。因此，在大陸對我仍繼續存在敵意的狀況下，我們已不得不注意兩岸經貿進一步往來可能潛存的各種風險。
三、民意對「三通」的反應
根據大陸委員會八十八年五月八日的民意調查結果顯示，民眾對於兩岸通航的問題，主張「有條件開放通航」的有63.6%，居最大多數；而主張「無條件開放通航」的僅8.7%，主張「絕對不可以通航」的有9.6%。至於有條件開放通航的適當條件中，以「安全的考慮」為最多，占58.4%，「經濟的考慮」為其次，占15.9%，復次為「政治對等的考慮」，占14.6%。民眾贊成兩岸「通航」大致雖維持在六成左右，但在了解「通航」所涉安全、尊嚴等問題後，則贊成無條件「通航」者僅佔一成左右。換句話說，絕大多數民眾都認為必須在有條件的狀況下開放「通航」，亦即必須是「有尊嚴」、「有秩序」、「有安全」的「通航」。
四、政府對「三通」政策的規劃
政府的既定政策，只要大陸方面展現對「分治」現實的尊重，台灣在安全上的顧慮消除，兩岸關係有明顯改善之後，我們在大陸政策方面若干防衛性的作法與思維，都有進一步檢討調整的空間。換言之，海峽兩岸進行「三通」協商的時機，應與兩岸簽署和平協定，結束敵對狀態，併同考量。
在此之前，基於建設臺灣成為亞太營運中心以及兩岸關係長遠發展的考慮，根據「先海後空、先貨後人」的原則，為改善兩岸航運的效益及成本，則採取循序漸進的做法。政府於八十四年公布設置「境外航運中心」政策，並已開放高雄港為「境外航運中心」，准許權宜籍船行駛兩岸之間，經營「不通關、不入境」的區域性及國際性轉運業務。復於八十六年一月依據「兩岸人民關係條例」，解除外國籍商船經由第三地區港口經營兩岸間定期航線業務之限制。同年六月又准許「陸資」權宜船經第三地進出及停泊我方國際商港從事國際貨運運輸。這些都是政府配合亞太營運中心之發展，為改善兩岸航運所採取的積極措施。
未來政府將依照既定規劃，適時提升與擴大「境外航運中心」的內涵與功能；若運作良好，且兩岸關係亦有明顯改善，則將進一步研究設置「經貿營運特區」進行試點直接經貿往來，為將來兩岸「三通」累積經驗。最後當時機成熟，中共對我敵意消除時，彼此在國際間亦能相互尊重，屆時「三通」自可水到渠成。因為唯有在雙方真正和平往來後，「三通」才是互惠互利的，台灣地區二千一百八十萬同胞的權益才能獲得確切保障。