大陸委員會表示，有關國臺辦發言人6日晚間表示，「後續運送安排不斷受到臺灣當局阻撓」，陸委會嚴正澄清，並非事實，對於陸方再次片面傳達無助於雙方溝通合作的有關言論，表達遺憾。
在首批接返人員於2月3日返臺後，其中2人有呼吸道症狀、1人發燒，經後送就醫，其中1人確診的情形，產生防疫的破口，足見陸方宣稱之防疫作為並未落實，也造成同機人員交叉感染風險，倘因此增加更多感染者，其嚴重後果不堪想像，明顯不符合雙方商定防疫為先之共識。
面對疫情嚴峻，防疫絕非兒戲。滯留人員接返作業，的確存在防疫上的風險，必須採取最高安全規格的防護作為，妥慎執行，接運過程相關操作絕對不能失之草率、便宜行事，這都需要雙方加強相關準備與協調合作。如果用已提交多少人的名單、必須於幾日之內運送完畢，這樣急就章、草率的處理方式，勢必造成疫情傳播風險遽增，形成雙方防疫上的莫大危機。
此外，我方早先已告知對方，須以於武漢短暫出差者、有慢性病患者、有長期特殊用藥與密切醫療照顧需要者（如：血友病等重大傷病），或老人、小孩等抵抗力較弱者為優先，也提交相關名單；結果上述對象多數多未在列，未能真正體現人道優先的原則。
陸委會表示，防疫是高度專業的工作，必須料敵從寬、禦敵從嚴。雙方應該以負責審慎的態度來進行溝通與合作，讓滯留人員能有序平安返臺。因此，我方再次重申，後續接返作業，必須提升防檢疫工作的確實度，必須優先接返人道弱勢對象，必須考量我方隔離收容場所能量，經過雙方溝通商定，才能有效推動下次的接返作業。
兩岸關係特殊，希望陸方能夠放下政治思考，儘速回歸人道立場，落實防疫管控風險，讓滯留人員可以順利早日回臺。