民國九十三年一月一日(2004.1.1)
陳總統發表元旦祝詞重申，以「四不一沒有」的承諾展現追求兩岸和平的最大誠意，只要對岸能夠誠意接受台灣人民民主的選擇，今年的總統大選之後，兩邊的領導人一定可以運用智慧、創造機會，為兩岸經貿的合作與政治的和解開啟全新的局面，為兩岸人民的福祉做出最大的貢獻。
民國九十三年一月七日(2004.1.7)
陳總統水扁接見「美日臺三邊戰略對話」與會外賓時指出，要片面改變臺灣現狀的不是臺灣，而是中共，而舉辦公投就是為了避免臺灣現狀被改變。
民國九十三年一月十二日(2004.1.12)
陳總統與總統府媒體記者歲末聯誼時表示，做為國家領導人，必然會審慎沈穩的處理攸關國家前途的各項問題，對於三二零之後，特別是五二零之後，希望兩岸之間能夠重新可以開始下一個階段良性的互動，我們有充分的準備，也希望為彼此留下空間，希望兩岸之間未來既沒有憂愁，也沒有鄉愁，只有和解、合作與和平。
民國九十三年一月十三日(2004.1.13)
陸委會主委蔡英文在年終記者會中指出，兩岸相互之間的定位和正式關係的建構，台灣方面將以開放的心態討論，將經過具體務實的協商後找出共同解決方案。
民國九十三年一月十六日(2004.1.16)
針對「台諜案」陸委會發表聲明指出，「我們有理由懷疑，這是中共當局企圖影響台灣內部政治發展、操弄台灣選舉的手段之一」。
民國九十三年一月十六日(2004.1.16)
陳水扁總統就公投發表電視談話，提出公投兩個問題，分別是：「台灣人民堅持台海問題應該和平解決。如果中共不撤除瞄準台灣的飛彈、不放棄對台灣使用武力，您是否贊成政府增加購置反飛彈裝備，以強化台灣自我防衛能力？」、「您是否同意政府與中共展開協商，推動建立兩岸和平穩定的互動架構，以謀求兩岸的共識與人民的福祉？」。並強調在連任之後，願意在最短時間內邀請中國代表與台灣代表針對兩岸和平穩定互動架構協商，包括兩岸直航和台商權益等事項找出共識，共同建立一個永久和平長期穩定的台海新局。
民國九十三年一月十八日(2004.1.18)
陳總統參加國政報告電視訪談節目時表示，中共對台的基本戰略就是「一個中國、一國兩制」原則，任誰坐總統這個位置，都不可能接受中共的「一個中國」原則，因此，他提出共同處理未來「一個中國」問題，將重大歧見擺一邊，有共識的部分坐下來談。對於和平公投議題，陳總統強調，是維護國家尊嚴、主權安全的最佳保障。
民國九十三年一月十九日(2004.1.19)
陸委會回應中共對台工作領導小組秘書長唐家璇在「江八點9周年」座談會上曲解我方公投的意義與目的，發表發聞稿表示，不希望見到中共一再對台灣的政治發展，假藉各種理由，進行干涉與阻撓。中共再一次蓄意顛倒是非、錯誤解讀，阻礙台灣民主發展的企圖至為明顯，陸委會對此表達高度遺憾與不滿。
民國九十三年一月廿九日(2004.1.27)
陳總統參加非凡新聞台政論電視節目「總統的財經論壇」訪談時表示，政府兩岸經貿政策採「立場堅定、務實前進」原則，希望兩岸放下泛政治化議題，希望以互派代表或特使促使兩岸經貿發展。
民國九十三年一月卅日(2004.1.30)
陳水扁總統出席「大陸台商協會負責人春節聯誼晚宴」並應邀致詞表示，為了展現改善兩岸關係的誠意與信心，更為了照顧廣大大陸台商的權益，提供台商更多的便利和保障措施，提出「擴大小三通適用範圍」、「擴大兩岸貨運便捷化措施」、「開放在大陸台商醫院就醫之健保給付」、「擴大補助台商學校教育經費」等「四個擴大」台商權益的具體政策建議。
民國九十三年一月卅一日(2004.1.31)
海基會台商春節聯誼，董事長辜振甫在座談聯誼活動中表示，目前兩岸關係仍缺乏互信，以致各種猜疑和誤解持續增加，卻無正面化解機會，大陸一方面片面中斷海基與海協溝通管道，另方面卻急於另起爐灶。
民國九十三年二月三日(2004.2.3)
陳總統召開中外記者會說明和平穩定互動架構內容包含一個原則、四大議題，一個原則是確立和平原則，四大議題包括建立協商機制、對等互惠交往、建構政治關係、防止軍事衝突。陳總統強調，320之後願意主動邀請中共指派代表磋商推動兩岸協商的方式，以便依循「一個原則、四大議題」進行正式談判。
民國九十三年二月三日(2004.2.3)
陳水扁總統簽署320公投的箋函，並檢附以「民主寫歷史、公投護台灣」為標題的公投理由書送到行政院。
民國九十三年二月四日(2004.2.4)
行政院院會通過總統所提320和平公投「強化國防公投」、「對等談判公投」兩項議題，並交中央選舉委員會展開行政作業。
民國九十三年二月六日(2004.2.6)
陳水扁總統接受美國洛杉磯時報專訪時保證，台灣議題不會成為美國的負擔。未來四年，台灣一定會繼續維持現狀，而且也會繼續努力避免目前現狀受到片面改變。
民國九十三年二月九日(2004.2.9)
陳水扁總統接受美國時代雜誌專訪指出，我們沒有辦法接受「一國兩制」，也因此不可能接受「一個中國」原則。並強調320公投的意義，當然就是維持台灣現狀，避免台灣的現狀被片面改變；所以，現在台灣不會改變現狀，未來四年在個人的任期內，也不會改變現狀。
民國九十三年二月九日(2004.2.9)
陸委會通過「大陸地區人民申請進入台灣地區面談管理辦法」草案，以規範大陸人民申請進入台灣團聚、居留或定居者接受面談所應遵循事項；及「 大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法 」草案，將放寬大陸配偶經許可在臺長期居留期間，其大陸地區父母也得申請來臺探親，且在長期或依親居留或期間，若因重病或受傷有生命危險者，其大陸父母得申請來台探病。由內政部陳報行政院核定後，配合行政院指定之兩岸條例修正條文施行日期，自九十三年三月一日施行。
民國九十三年二月十一日(2004.2.11)
針對中共國台辦對台灣提出兩岸建立和平穩定互動架構協議做出情緒性批評，行政院大陸委員會表示「高度遺憾」，並指出，兩岸政治立場一向存在歧異，但不應成為兩岸共同努力進行對話、尋求和平共處共識的障礙。
民國九十三年二月十三日(2004.2.13)
陳水扁總統接受日本共同通信社專訪時指出，已積極籌備兩岸和平穩定互動架構的推動及建立事宜，未來將成立「推動小組」，320後將會立即公佈小組名單，並在520前決定台灣派駐中國大陸的代表人選，秉持一個和平原則，針對四大議題與對岸展開談判。
民國九十三年二月十七日(2004.2.17)
陸委會主委蔡英文在專題演講中指出，台灣人民對公投的支持以及320當天所呈現出來的結果，將有助於突破當前台灣遭中共在國際間打壓、矮化、排擠的不平衡現狀，讓台灣能夠有效在國際間發聲以爭取更多的支持。
民國九十三年二月十九日(2004.2.19)
陸委會通過「臺灣地區人民進入大陸地區許可辦法」草案，「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法」部分條文修正草案，「原設有戶籍大陸地區人民回復臺灣地區人民身分並返臺定居申請程序及審查基準」修正草案，「在大陸地區從事投資或技術合作審查原則修正草案」等，由內政部陳報行政院核定後，配合行政院指定之兩岸條例修正條文施行日期，自九十三年三月一日施行。
民國九十三年二月廿日(2004.2.20)
陳總統接受日本朝日電視駐台北支局長北島弦太專訪時指出，2006年制憲公投，不是台獨時間表，是憲改時間表，因為台灣本來就是一個主權獨立的國家，所以沒有宣佈獨立的問題。陳總統也重申，未來四年，他最大的願望就是能與中國領導人在第三國或第三地，握手和解。
民國九十三年二月廿五日(2004.2.25)
針對中共國台辦對我方320「和平公投」做出不當批判，並污衊陳總統對推動兩岸和平穩定互動關係的用心，陸委會表達強烈抗議。並強調，希望中共能正面看待台灣深化民主的過程，尊重台灣人民的基本人權及選擇，勿對我公投仍抱持「統獨」的狹隘認知。
民國九十三年二月廿六日(2004.2.26)
陳水扁總統出席美國商會「謝年飯」餐會致詞表示，在今年320公投以及順利連任後，雙方必然可以積極的就兩岸互動與穩定架構、投資保障、三通直航等問題，務實的展開對話與協商。他同時再度重申，320和平公投無關現狀的改變與統獨議題，最主要的意義，仍在展現台灣人民對於自我防衛，與追求兩岸和平的堅定意志與團結。
民國九十三年三月一日(2004.3.1)
配合兩岸條例修正，五十多項配套子法正式實施。包括兩岸人員往來與整體入出境制度、大陸配偶相關配套及執行、落實經發會共識之經貿往來、擔任大陸地區職務或成員整體規範、各級學校合作行為等。
民國九十三年三月三日(2004.3.3)
行政院核定「三二０大選金馬小三通」專案，同意比照今年春節返鄉專案模式，於總統大選期間專案辦理大陸台商經由「小三通」返台投票，以提供返鄉投票之大陸台商能有多一項交通工具的選擇。
民國九十三年三月十四日(2004.3.14)
陸委會發表聲明回應中共總理溫家寶記者會內容，呼籲中共應正視兩岸政治現實，盡速改變僵化思維，重視我發展民主必然性，才能對兩岸關係有貢獻。
民國九十三年三月十八日(2004.3.18)
陸委會主委蔡英文在「國際媒體記者會」致詞時表示，希望中共當局能正視台灣人民和中華民國政府尋求區域和平與安定的決心，並儘早與我方共同掌握此一改善兩岸關係的契機。
民國九十三年三月廿日(2004.3.20)
陳水扁總統發表2004年總統大選當選感言，呼籲對岸的北京當局，正面看待台灣總統大選及公投的結果，接受台灣人民民主的選擇，兩岸領導人秉持相互理解、誠意和善意，運用大智慧開創兩岸和平穩定、合作互惠的新契機。
民國九十三年三月廿日(2004.3.20)
陸委會在總統大選後發佈新聞稿指出，台灣總統選舉已順利完成投開票作業，我方將會依據陳總統競選期間的相關承諾，以積極推動建立和平穩定的兩岸互動架構為優先目標。並呼籲中共務實面對、尊重兩岸現狀，儘早恢復與我對話協商。
民國九十三年三月廿六日(2004.3.26)
針對中共國台辦對台灣總統大選的選務作出無理批評說法，陸委會發表聲明，表達高度不滿，強調中共對我內政作無理批評，是粗暴地干涉我方內政。如果中共企圖為引發兩岸衝突而找尋藉口會受台灣人民唾棄。
民國九十三年三月廿九日(2004.3.29)
陳水扁總統接受美國華盛頓郵報專訪時指出，我們絕對不會與對岸展開軍事競賽，因為避免戰爭與維持台海永久和平是台灣的希望。未來四年的使命跟責任，其中一個重點就是穩定兩岸與推動和平穩定的互動架構。
民國九十三年三月卅一日(2004.3.31)
陳水扁總統接受英國國家廣播公司BBC訪問表示，改善兩岸關係，安定台海情勢，促使台海關係正常化，是未來四年最優先的政策。
民國九十三年四月一日(2004.4.1)
亞洲華爾街日報報導，陳水扁總統接受該報專訪時明確指出，無意在第二任期內改變目前台灣與中共交往現狀。最重要的工作，是塑造兩岸的和平關係以及亞太地區的穩定和安全。同時呼籲美國在促進兩岸對話中，採取更積極及建設性的角色。
民國九十三年四月一日(2004.4.1)
陳水扁總統接受日本讀賣新聞專訪指出，「一邊一國」已經是台灣社會絕對多數的意見，並且成為民意。台灣人民難以接受一中或一國兩制，並再度重申在二００六年舉行公投、二００八年實施新憲法的構想。
民國九十三年四月五日(2004.4.5)
陳水扁總統接見美國外交政策全國委員會（NCAFP）訪問團時指出，日前提出的兩岸和平穩定互動架構，希望以「一個和平」原則取代「一個中國」原則，讓雙方代表可以坐下來談，讓兩岸關係朝向正常化發展。
民國九十三年四月六日(2004.4.6)
陸委會主委蔡英文接見美國外交政策全國委員會訪問團時指出，總統大選後，我政府的優先任務是穩定兩岸關係，繼續推進有利兩岸經貿往來的政策。
民國九十三年四月十四日(2004.4.14)
陸委會針對中共國台辦發言對陳總統再度進行污蔑與不實批評表示高度遺憾，中共凡事政治化、情緒化，就是兩岸關係無法穩定發展的主因。期盼，中共應儘早移除預設的政治障礙，建立兩岸和平穩定互動架構。
民國九十三年四月廿日(2004.4.20)
陳水扁總統接見哈佛大學費正清中心教授譚若思時強調，台灣制定新憲是民主程序，不是台獨的時間表，中共將台灣制憲貼標籤是不道德，不負責任的作法，台灣制憲也不會因為中共的反對而停止。
民國九十三年四月廿七日(2004.4.27)
陳水扁總統透過視訊方式向「北歐五國台灣議題會議」與會人士致意並呼籲中國大陸，希望能在雙方不預設任何前提的情況下，儘速展開對話。
民國九十三年五月六日(2004.5.6)
陳水扁總統召開兩岸和平穩定互動架構小組首次會議表示，小組將過渡為兩岸和平發展委員會，未來若順利推動，將親自主持委員會，凝聚朝野及全體國人共識，擬定兩岸和平發展綱領，做為今後推動兩岸和平穩定關係的準則。
民國九十三年五月七日(2004.5.7)
陸委會宣布兩岸海運便捷化措施，境外航運中心的適用港口由高雄港擴及台中港與基隆港，並開放兩岸權宜輪與外籍輪承攬國際貨，不限兩岸轉運貨，以促進兩岸海運便捷化。
民國九十三年五月七日(2004.5.7)
陸委會公布「民眾對當前兩岸關係之看法」民調，結果顯示台灣有八成民眾反對中共以「一國兩制」發展兩岸關係的主張；在統獨立場方面，則有八成四的民眾主張廣義的維持現狀。
民國九十三年五月十二日(2004.5.12)
陸委會針對中共國台辦記者會談話發布新聞稿，呼籲北京當局正面對待台灣所推動的「兩岸和平穩定互動架構」與「兩岸海運便捷化措施」，並且不要阻撓台灣加入世界衛生組織。
民國九十三年五月廿日(2004.5.20)
陳水扁、呂秀蓮正式宣誓就職第十一屆中華民國總統、副總統。總統隨即發表「為永續台灣奠基」就職演說。在兩岸關係方面強調善意與和平發展，並重申公元二千年五二０就職演說所揭櫫的原則和承諾，過去四年沒有改變，未來四年也不會改變。
民國九十三年五月廿一日(2004.5.21)
陸委會主委吳釗燮在記者會中指出，兩岸關係和平發展是雙方共同的責任，非單方面的要求，雙方應朝更務實彈性的方向努力，期盼中共善意積極回應陳總統的就職演說，落實內部「和平崛起」的主張與工作。
民國九十三年五月廿三日(2004.5.23)
陸委會主委吳釗燮代表陳水扁總統在「和平論壇─總統大選後台美中三邊關係展望」研討會發表書面賀詞表示，未來四年，將以「團結台灣、穩定兩岸、安定社會、繁榮經濟」做為施政目標，積極推動兩岸和平穩定互動架構，使台灣人民共享民主進步福祉。
民國九十三年五月廿四日(2004.5.24)
陸委會以強烈遺憾回應中共國台辦重申五一七聲明之錯誤認知與立場，強調「和平與發展」是兩岸雙方共同的責任，不要設置人為的障礙，未來才能更務實創造兩岸關係的新前景。
民國九十三年五月廿七日(2004.5.27)
陳水扁總統接見美國聯邦眾議院「國會台灣連線」共同主席夏柏特時指出，520就職演說內容對於兩岸重啟協商之門應有助益，雙方應掌握此一機會，勿因對岸不友善或刻意曲解而受到影響。
民國九十三年五月廿七日(2004.5.27)
陸委會主委吳釗燮表示，將再度邀請大陸海協會會長汪道涵來台拜訪海基會董事長辜振甫，無論是會面對象、議題與地點，政府都會配合。
民國九十三年五月廿九日(2004.5.29)
陳總統於行政院新閣座談會致詞表示，兩岸關係並非單一部會的責任，而是整個政府的責任。
民國九十三年五月廿九日(2004.5.29)
行政院院長游錫(方方土)強調，兩岸要交流、對話、擱置爭議才能穩定兩岸關係；兩岸交流是漸進式的，政府並以三階段處理，包括釋出善意、擴大交流與凝聚國內朝野共識。
民國九十三年六月一日(2004.6.1)
行政院長游錫(方方土)在立法院表示，大陸點名奇美董事長許文龍，強烈表態不歡迎支持綠營和台獨的台商前進大陸的說法，這是讓台商了解分散投資風險的一個契機，政府已經積極規畫將「政策轉向」，希望將來與中南半島等國密切合作。
民國九十三年六月一日(2004.6.1)
行政院長游錫(方方土)報告施政方針時強調，政府將持續放寬及擴大兩岸經貿交流，優先推動「兩岸貨運便捷化措施」，並防止台灣經濟過於向中國大陸傾斜，維持台灣經濟發展的主體性與主動性。
民國九十三年六月一日(2004.6.1)
針對中共點名奇美董事長許文龍等台商，強硬表態不歡迎支持綠營和台獨的台商前進大陸的說法，陸委會主委吳釗燮呼籲，中共對台商在大陸所有商務活動應給予合法保障，不應施以不合理的政治性干預。希望中共說的和做的能夠一致，這種狀況就「到此為止」。
民國九十三年六月八日(2004.6.8)
陸委會主委吳釗燮參加中央社臺商網正式啟用典禮後，接受記者訪問時表示，陸委會鼓勵兩岸媒體交流，目前規劃讓中新社來臺設點採訪，待規劃程序完備後，將儘快對外宣布。有關暫緩中共人民日報記者延後來臺駐點採訪的措施，是陸委會以明確訊息，向中共官方人士及媒體告知，點名所謂綠色臺商應該到此為止，臺灣不歡迎這種騷擾的做法。
民國九十三年六月十一日(2004.6.11)
陸委會主委吳釗燮表示，三通一直是政府想要推動的政策，但中國大陸有政治性障礙，讓我方無法克服。對岸領導人也常說兩岸經貿交流不應受到政治干擾，我方期盼對岸能回到一年多前錢其琛所稱三通的協商，可以不必談一中，使兩岸能夠展開非政治性的協商。
民國九十三年六月十六日(2004.6.16)
陳總統主持陸軍官校八十周年校慶致詞時表示，面對中共威脅與日俱增，唯有超越黨派與個人私利才能強化自我防衛，唯有建立「有效反制」能力，國軍才能有效嚇阻中共可能有的軍事蠢動。
民國九十三年六月廿四日(2004.6.24)
陸委會主委吳釗燮在台商端午聯誼致詞時表示，現階段兩岸政策有兩個重要工作方向，首先是推動兩岸交流與協商，第二是推動建立兩岸和平穩定互動架構。並強調，在兩岸直航方面，因牽涉到很多公權力事項，能否落實的關鍵在於兩岸協商，不排除在兩會制度化協商管道外，另闢其他彈性的協商方式。
民國九十三年六月廿六日(2004.6.26)
陸委會主委吳釗燮應凱達格蘭學校邀請演講「和平與發展—開創兩岸新局」時指出，近來大陸軍事現代化非常快速，我方在其軍事壓力下，應建構防衛力量，推動東亞區域安全及爭取國際支持，並推動兩岸軍事互信機制，避免偶發衝突，減低因台海軍力失衡所可能導致的影響。
民國九十三年六月卅日(2004.6.30)
陸委會發言人邱太三表示，針對中共國台辦對推動兩岸三通提出較為具體的說明與主張，我方認為有一定程度的善意；在不涉任何前提條件的情況下，我方願就包括三通問題在內的各項議題，儘早與大陸方面展開協商。
民國九十三年七月八日(2004.7.8)
陸委會主委吳釗燮以「和平與發展開創兩岸雙贏新局」為題，對三軍五校應屆畢業生授課時指出，政府兩岸政策的目標是和平與發展，維持兩岸的和平與穩定，而解決兩岸歧異的最佳方式是自由選擇，只要台灣人民同意，不排除兩岸間發展任何形式的關係。
民國九十三年七月十二日(2004.7.12)
針對台灣出現商家接受人民幣交易情形，陸委會發言人邱太三表示，目前考量開放幾個試點，以國際機場、港口為主，但試點開放必須跨部會協商後定案。此外，實際執行過程的配套措施須由中央銀行進行總體評估。
民國九十三年七月十二日(2004.7.12)
陸委會主委吳釗燮前往紐約傳統僑社中華公所拜會時表示，五二０後政府努力釋出善意，兩岸關係目前的氣氛已趨緩和，希望兩岸能建立和平穩定的互動架構，並建立對話管道，展開談判。
民國九十三年七月十三日(2004.7.13)
陸委會主委吳釗燮在紐約表示，政府正積極尋求與北京對話，試圖創造一個較模糊、雙方都能接受的空間，使兩岸重新對話，並強調復談不應設前提。
民國九十三年七月廿日(2004.7.20)
陸委會主委吳釗燮接受中央電台專訪時表示，大陸應正視當前兩岸情勢，若不要讓台灣與大陸愈走愈遠，北京當局應當儘速與台灣就實質性議題展開協商。我方對兩岸協商的立場是「不設前提、不限議題」，並提出貨幣清算、投資保障協議、金融監理、智慧財產權保護、空運便捷化等數十項具體議題，希望以此作為海峽兩岸合作的基礎，達成兩岸和平的最終目標。
民國九十三年七月廿三日(2004.7.23)
陸委會副主委邱太三表示，開放海外台商回台上市，涉及現有上市櫃公司公平性問題，必須審慎處理，未來還是以在台灣有「根」的台商為主要對象。
民國九十三年七月廿三日(2004.7.23)
針對十七名大陸觀光客在台灣集體失蹤案，中共官員將責任歸咎台灣，陸委會副主委邱太三呼籲中共當局約束相關官員，勿再發表不負責任的無知談話，否則不但引起台灣人民反感，也會影響兩岸關係良性發展。
民國九十三年七月廿六日(2004.7.26)
陸委會宣布第五家中國大陸新聞媒體，即「中國新聞社」記者兩名來臺駐點採訪，試辦時間為兩個月，期滿後再評估是否正式開放。
民國九十三年七月廿八日(2004.7.28)
陳總統接見法國國民議會議員馬德林時表示，歐盟統合的成功經驗，有很多值得大家借鏡與思考，特別是對於台灣在處理兩岸事務方面。
民國九十三年七月廿九日(2004.7.29)
陳總統在海軍左營基地發表談話時強調，備戰才能避戰、止戰，並呼籲對岸領導人正視五二０就職演說中所提兩岸「和平發展」概念，強調只有尊重與對話，才能為兩岸人民與後代子孫奠定長治久安的基石。
民國九十三年七月廿九日(2004.7.29)
陳總統在台灣文學館與媒體茶敘時指出，對於中共欲制定統一法，企圖把台灣劃為中華人民共和國的特別行政區，台灣人民不能沒有警覺，要能體會國家安全的重要性、國家安全的無價，希望大家能一起面對、正視這個嚴肅課題。
民國九十三年七月卅日(2004.7.30)
陳總統參加「國家發展研究班第四期」暨「女性領導發展研究班第四期」聯合開訓典禮致詞時表示，過去所提出對兩岸政策的一貫理念、原則和承諾，未來四年不會改變，只要2,300萬台灣人民同意，不排除與對岸的中華人民共和國發展任何形式的關係。
民國九十三年七月卅日(2004.7.30)
針對中共國臺辦提出兩岸三通可比照臺港往來模式的構想，陸委會副主委邱太三表示，這是「可能選項之一」，政府對三通議題是抱持彈性跟開放態度，但任何涉及公權力事項，都須先經過立法院同意。並強調，只要中共當局能秉持先前所提，「三通是經濟事務，不需涉及任何政治原則及意涵」的認知基礎，臺灣政府已做好準備，隨時願意就三通等重要議題與對岸展開協商。
民國九十三年八月三日(2004.8.3)
陸委會主委吳釗燮與彰化縣政府一級主管座談時公開呼籲，希望大陸能趕快恢復兩岸事務協商。另外，吳主委並表示近期兩岸軍事演習都是例行性演習，根據評估並沒有拉高軍事對立的態勢。
民國九十三年八月七日(2004.8.7)
陸委會主委吳釗燮在「台商張老師服務團共識營」中表示，儘管兩岸情勢依然緊繃，政府仍將持續對大陸釋放善意，讓兩岸能儘早坐下來進行實質性協商，為雙邊關係在中程階段建構出一套規範，以約束彼此行為及互動模式，避免因誤解或誤判造成衝突，最終達成兩岸和平共處的目標。
民國九十三年八月九日(2004.8.9)
陸委會主委吳釗燮接受廣播節目「Super台灣大國民」專訪時指出，政府亟盼兩岸關係朝向和平穩定發展，如果希望中國大陸能了解台灣、促進雙邊了解，就必須有更多的文教交流。
民國九十三年八月十二日(2004.8.12)
陳總統參加中華民國國際經濟合作協會第二屆第一次會員大會時表示，因應當前激烈的國際競爭與變化及多變的兩岸情勢，當前施政的首要任務以「團結台灣、穩定兩岸、安定社會和繁榮經濟」為主軸。
民國九十三年八月十三日(2004.8.123)
行政院院長游錫(方方土)過境洛杉磯與與台僑餐敘前致詞表示，呼籲僑胞支持政府，支持軍購，兩岸應交流對話，建立軍事互信機制，避免戰爭。
民國九十三年八月十七日(2004.8.17)
陳總統接見工商建研會理監事時表示，目前政府正積極努力，推動成立兩岸和平發展委員會，希望擬定兩岸和平發展綱領，早日達成兩岸關係正常化。同時並表示，只要將兩岸三通定位為兩岸航線，三通隨時可以實現。
民國九十三年八月廿八日(2004.8.28)
陸委會配合九十四年度預算審查，向立法院提送之「兩岸關係之現況與未來發展報告」中指出，未來兩岸會以和平解決爭端為主流，經濟發展為共同目標，兩岸關係可望繼續維持相對穩定。
民國九十三年八月廿八日(2004.8.28)
中華港澳之友協會、中華歐亞基金會及台灣民主基金會共同主辦「兩岸三地民主化的挑戰與展望」研討會中，陳總統以「期待民主成為兩岸三地的共同價值」為題演講時表示，兩岸三地在二十一世紀最重要的課題不是統一時間表，而是民主的時間表。民主化與民主體制的完善，更將是兩岸三地未來合作、對話與安定的基石。相信在民主的精神與原則下，中國大陸與台灣必能展開良性的互動與對話，尋找兩岸合作共榮的空間。
民國九十三年八月卅日(2004.8.30)
陸委會委員會議通過修正「境外航運中心設置作業辦法」部分條文，重點包括：境外航運中心業務範圍從經營轉運擴大至可載運大陸與第三地之進出口貨；直接航行於境外航運中心與大陸地區港口間及境外航運中心間的外籍船舶，經指定後始能航行；提供業者裝卸營運量及其它有關文件，供參考或查核等。
民國九十三年八月卅一日(2004.8.31)
陳總統出席夏威夷僑宴時表示，台海兩岸人民同文同種，沒有理由再敵對下去，終極目標是希望帶領台灣人民，追求兩岸和平、世界和平。
民國九十三年九月二日(2004.9.2)
陳總統在「阿扁總統電子報」中表示，一個民主國家維持基本的防衛能力誠屬必要，特別是當我們面臨的是來自一個不民主國家明顯且從未間斷的軍事威脅時，更要強化我們的危機意識。台灣的自由、民主與人權保障，是大家安身立命的基礎，也是與國際競爭的本錢。期盼大家一起努力，用民主的決心和耐心，創造一個兩岸永久的和平時間。
民國九十三年九月二日(2004.9.2)
陳總統發表「九三軍人節」談話，強調中華民國是主權獨立國家，是歷史事實，也是現況描述，追求兩岸「善意和解、積極合作與永久和平」，是政府的目標，絕對不會以犧牲國家主權、安全與尊嚴，做為改善兩岸關係的代價。
民國九十三年九月十五日(2004.9.15)
陳總統與聯合國記者協會進行視訊會議致詞時強調，聯合國如果能夠接納台灣，必定能夠替未來「兩岸和平穩定互動架構」提供最有效的國際監督機制，對台海和平，甚至亞太安全，都將產生決定性的作用。並表示有意願透過聯合國記者協會的安排，就台灣參與聯合國的議題與中國大陸領導人胡錦濤主席做公開辯論。
民國九十三年九月廿四日(2004.9.24)
陸委會發布新聞稿，9月27日起將繼續試辦中新社記者在台駐點政策。
民國九十三年九月廿七日(2004.9.27)
陸委會副主委邱太三表示，明年兩岸春節包機，台灣不排除採取「雙向對飛」方式，但須經由兩岸協商，同時協商也不能有任何政治前提。
民國九十三年九月卅日(2004.9.30)
陸委會主委吳釗燮接見「美國大西洋理事會」訪問團時表示，政府採取務實開放的態度，在兩岸達成最終協議之前，雙方依據和平穩定互動架構進行和平交往。至於未來中華民國與中華人民共和國或者臺灣與中國之間，只要2千3百萬人民同意，我們都不排除。
民國九十三年十月三日(2004.10.3)
陳總統參加「九十三年大陸台商協會秋節聯誼活動」致詞時表示，政府會在既有的基礎上，秉持善意，營造兩岸互動環境，繼續推動兩岸新聞、資訊、教育、文化、以及包括三通等在內的各項經貿交流措施，促成兩岸對話重啟與溝通管道恢復，建立互信的基礎，謀求台海的和平與穩定。
民國九十三年十月四日(2004.10.4)
行政院長游錫(方方土)在「93年大陸台商協會負責人秋節聯誼活動」致詞時表示，將持續放寬及推動互利互惠之兩岸經貿交流，包括擴大開放大陸商務人士來台，貫徹推動大陸人民來台灣觀光政策，擴大大陸物品進口項目及推動兩岸「直航」協商等，循序建立兩岸間正常化的經貿關係。也指示陸委會針對與北京方面協商安排春節包機及貨運包機等相關事宜，要更為積極主動，提出更具體可行的規劃。
民國九十三年十月四日(2004.10.4)
陸委會主委吳釗燮「台商秋節聯誼餐會」致詞表示，為落實春節包機政策，我們對雙方商談的方式可以有彈性，也願意指派雙方可以接受的適當人選，赴對岸進行接觸，聽取大陸有關部門的看法及交換意見，以為雙方進一步商談安排春節包機事宜先行舖路。
民國九十三年十月七日(2004.10.7)
陸委會主委吳釗燮在立法院答詢時表示，兩岸還是有偶發式衝突（accidental conflicts）的可能性，因此，呼籲兩岸應儘速展開協商，建立軍事互信機制，以避免兩岸可能的偶發性衝突，謀求台海和平。
民國九十三年十月十日(2004.10.10)
陳總統在國慶大會致詞時指出，中華民國的主權屬於兩千三百萬台灣人民，中華民國就是台灣，台灣就是中華民國，這是任何人都不能否定的事實。如果兩岸之間能夠本於善意，共同營造一個「和平發展、自由選擇」的環境，未來中華民國與中華人民共和國或者台灣與中國之間，將發展任何形式的政治關係，只要兩千三百萬台灣人民同意，我們都不排除。阿扁願意再次重申，五二０就職演說所宣示的內容在阿扁任期之內不會有所改變。希望雙方都能夠運用更高的智慧，為兩岸關係的新發展創造更好的機會。兩岸可以「九二香港會談為基礎」，尋求「雖不完美、但可接受」的方案，做為進一步推動協商談判的準備；兩岸應該正式結束敵對狀態，並且透過協商談判，建立兩岸軍事互信機制、同步檢討兩岸軍備政策，甚至共同研議形成「海峽行為準則」，做為台海永久和平的具體保障。目前行政部門正在擬訂兩岸「人貨包機」的便捷方案，希望儘快與對岸展開協商，為兩岸三通的政策尋求進一步的開展。在年底立委選後，將以最大的誠意邀請朝野政黨領袖，共同籌組「兩岸和平發展委員會」，一起推動憲政改造工程。
民國九十三年十月十日(2004.10.10)
陸委會發布新聞稿，兩岸之間應本於善意，共同營造一個「和平發展、自由選擇」的環境，總統已在雙十國慶拋出善意的橄欖枝，提出兩岸關係改善的新構想，打開兩岸協商的機會之窗。既然「和平與發展」都是兩岸共同的思考與言語，我們也鄭重呼籲中國大陸對陳總統的善意，應有積極正面的回應。
民國九十三年十月十三日(2004.10.13)
行政院長游錫(方方土)出席「中華民國全國商業總會第六屆第二次會員代表大會」致詞時表示，今年雙十國慶總統針對兩岸關係的談話，已對對岸釋放出最大的善意，行政部門也將就擬訂的兩岸「人貨包機」便捷方案，儘快與對岸展開協商，為兩岸三通的政策尋求進一步的開展。期待中國政府能掌握「機會之窗」的開啟，回歸92香港會談的精神，也就是「擱置爭議，務實協商」，儘速重開兩岸間的對話。
民國九十三年十月十三日(2004.10.13)
行政院發言人陳其邁表示，去年春節台商返鄉包機方案，是相當寶貴的經驗，不應該讓十二字前提成為未來兩岸春節包機的障礙。行政院已經表達清楚雙方可就「雙向對飛不落地」進行協商的立場，希望中共當局捉住機會之窗，正確理解陳總統國慶談話中所釋放之積極正面的善意，在九二香港會談的基礎上，儘速和我方展開協商。
民國九十三年十月十三日(2004.10.13)
陸委會發布新聞稿，關於兩岸人貨包機便捷化問題，在雙方不預設任何政治前提之情況下，我政府已於10月11日作成「雙向對飛、不落地」之決定，並歡迎大陸授權指派適當人士與我方進行協商，我方將以最大的彈性與誠意來共同促成與大陸方面的溝通。
民國九十三年十月十七日(2004.10.17)
陸委會主委吳釗燮在紐西蘭國際事務回顧雙月刊發表專文指出，「和平」與「發展」應係兩岸關係至高目標，兩岸可循四階段建立合作模式：第一階段已在進行中，即我政府持續致力尋求和解與開放之政策作為，擴大文教、經貿交流範疇。第二階段為兩岸就實質議題展開對話協商，以建立互信；例如投資保護、避免雙重課稅、法律仲裁、保護智慧財產權、共同打擊犯罪、以及「三通」議題等。第三階段為兩岸建立和平穩定中程架構，以確保任一方不以極端方式片面改變現狀；雙方建立適當政治關係及軍事互信機制。第四階段我盼解決與中國大陸之政治歧異，只要台灣人民同意，不排除任何解決方式。
民國九十三年十月十八日(2004.10.18)
陸委會主委吳釗燮與新任副主委黃偉峰，共同接見荷蘭前國防部長Dr. Willem Frederik van Eekelen等來台參加由國家政策與戰略研究學會舉辦的「潛艦與台灣國防安全研討會」訪賓時，呼籲大陸方面能夠以「九二年香港會談」為基礎，早日針對各項兩岸共同關心的議題展開務實協商，創造兩岸雙贏的空間。
民國九十三年十月廿二日(2004.10.22)
陳總統接見美國聯邦眾議員柏頓時強調，自他公元兩千年五月二十日就任以來，我方已向北京當局至少伸出三十枝和平橄欖枝，我們一定要堅持追求兩岸關係的正常化，兩岸要重啟協商大門，要接觸、對話與協商，這樣才能減少不必要的誤會與誤判，也唯有如此才能帶來兩岸的永久和平。
民國九十三年十一月三日(2004.11.3)
陸委會主委吳釗燮應中華民國全國商業總會邀請，發表專題演講指出，我們並無意要與中國大陸對抗，我們思考的是如何跟中國大陸和平相處。台灣一直在營造善意和解的環境，以追求兩岸的和平穩定發展為目標，今年五二０後台灣的兩岸政策是善意和解、積極合作與永久和平。
民國九十三年十一月十日(2004.11.10)
陳總統主持國安高層會議作出10點裁示：
- 台海的穩定以及和平現狀的維持，一直是國際社會共同關切的議題，其中，美國扮演著至為重要的角色。台美雙邊長期共享民主自由人權等普世價值，過去半個世紀台灣民主與經濟的發展，已經成為國際社會共同的資產，而不是負擔。我們感謝美國一貫堅持「台灣關係法」及對我「六項保證」之承諾，未來雙方更應在價值同盟與既有的基礎上，繼續積極合作以維護亞太地區的和平與穩定。認清時勢，集中力量，善用資源，謀求國家最大利益，應積極研議推動國際台灣之友社的可行性，爭取國際社會對台灣的認識與支持。
- 我們認為，未來的兩年應該被視為海峽兩岸重啟對話、共同謀求長期穩定與和平發展的「關鍵機遇期」。雙方的政府及領導人，都應該掌握時機、運用智慧，為長遠的發展打開良性的「機會之窗」，為人民的生活謀求平安幸福的基礎。儘管對岸由於諸多因素無法立即回應我方的善意和誠意，但是我們的決心和耐心不會因此而改變。我們也要再次重申，總統520就職演說及今年國慶談話所揭示的兩岸政策發展方向，在任期之內不會有任何的改變。在此「兩個不變」的基礎之上，政府各部門應該積極研議重啟對話、降低緊張、合作發展的兩岸「陽光政策」。<
- 我們充分認知到，北京當局堅持「一個中國」原則的立場，但是同時也要呼籲對岸正視中華民國存在的事實，以及二千三百萬台灣人民追求當家作主的堅定民主信念。如果兩岸都能彼此相互諒解、相互包容，我們就能透過和平對話、理性協商來解決歧見、消除對立。「九二香港會談」就是體現了這樣的精神。
- 在「九二香港會談」的基礎上，政府應積極規劃、推動包括三通在內的兩岸經貿、文化往來。現階段我們可以台港航線協商模式，立即與對岸就雙向、對飛、不中停第三地等問題協商貨運包機及春節包機的營運，為兩岸直航開啟契機。
- 為了落實「深耕台灣、佈局全球」的經濟戰略，政府應借鏡國內外民間企業全球營運的經驗，規劃大型國公營事業赴海外地區設置全球據點或從事投資；並積極引進海外資金與全球人才來台投資或設置據點，加速台灣產業的國際化，有效因應經濟全球化的發展新局。
- 為了緩和台海軍事的對峙，及推動軍事事務的改革，除加速建立量少質精的國軍部隊、提昇自我防衛能力之外，國防部已完成規劃，從明年七月一日起，將義務役的役期縮短為一年六個月，如果募兵順利， 2008年義務役役期將縮短為一年，並且達到裁軍十萬人的目標。
- 基於人道理由以及國際規範，我們認為核子武器、生物武器、化學武器等大規模殺傷性武器都應禁止在台海使用。我國願意公開承諾，絕不發展此類大規模毀滅性武器，也要鄭重呼籲中國公開宣示放棄發展及使用大規模毀滅性武器。
- 為避免誤判或擦槍走火，我們建議兩岸應共同商討劃定軍事緩衝區。雙方機、艦非必要不得進入該區域，若必須進入則應事先知會。
- 鑑於國際上軍事對峙地區如南北韓、印巴之間均有溝通機制，我們建議兩岸可以參照1972年美蘇「海上事件協定」以及1998年美中「軍事海上諮商協定」的作法，建立台海軍事安全諮商機制，逐漸形成「海峽行為準則」。
- 台海的穩定應超越朝野黨派及個人的利益之上，兩岸關係的和平發展更是全民殷切的期待。唯有台灣內部團結、政局穩定，才能為兩岸關係的開展創造最有利的條件。年底立委選後，我們將以最大的努力和誠意，邀請在野政黨及社會各界共同籌組召開「兩岸和平發展委員會」，而且不排除由在野黨領袖出任主任委員，希望能夠凝聚朝野及全民的共識，共同擘劃可長可久的「兩岸和平發展綱領」，積極策進兩岸和平穩定、永續發展繁榮的新關係。
民國九十三年十一月十二日(2004.11.12)
陸委會發布新聞稿，將參照2002年台港空運談判的模式與經驗，盡速研擬與對岸就貨運包機及春節包機雙向、對飛、不中停第三地等問題的具體協商細節，並將在對方態度明朗後，立即委託台北市航空運輸商業同業公會就雙方進行協商相關事宜，提供協助，讓人貨包機能夠盡速順利啟航，以為兩岸「直航」及互惠互利的往來，開啟契機。
民國九十三年十一月十七日(2004.11.17)
陸委會發布新聞稿指出，兩岸春節包機是基於便利台商春節返鄉的一種人道安排。兩年前首次春節包機的安排過程中，大陸方面也並未提出任何政治性的前提。我們希望今年也能夠以同樣的基礎，讓春節包機一事能夠單純化。期待雙方能及早展開協商，以便做必要的安排。
民國九十三年十一月廿五日(2004.11.25)
行政院長游錫(方方土)接受「德國之聲」專訪時表示，中華民國是一個主權獨立的國家，不隸屬於中國，我們對中國大陸釋出很多的善意，希望在對等的基礎上，展開對話，以「和平發展」、「自由選擇」來交流，希望經過溝通後，營造良好的氣氛下，建構雙方都可以接受的兩岸關係，只要台灣兩千三百萬人同意，我們也不排除各種選項。
民國九十三年十二月一日(2004.12.1)
陳總統接見美國猶他州州長沃克時表示，穩定兩岸、追求兩岸永久和平、實現兩岸關係正常化，是他任期內最大的使命。我國政府希望以1992年「香港會談」為基礎，立即重啟兩岸協商大門。
民國九十三年十二月四日(2004.12.4)
陸委會吳主委出席第三屆「台、日交流座談會」引言時提出「兩岸學界信心建立機制」（ACBM），其具體作法包括：
- 雙方政府各派遣一名法政或國際關係方面之精英學者，在透過管道知會對方政府後，前往對方長期駐點，進行深入研究；其所撰寫之報告，可密傳回其國內作為各自政府施政之參考。
- 各自政府可在經一定期間（如二或三年），在知會對方政府後，派遣另一名學者取代。
- 這名由政府派遣之精英學者，在經授權的情況下，可以作為雙方政府訊息通報的橋樑。
- 這名政府所派遣之精英學者受到對方政府承認，研究訪談與參與公開學術活動受到保障，並享有部份外交人員的待遇。
- 這名政府所派遣之精英學者可以同時帶領博士生數名，共同進行研究。
- 透過這名政府派遣之精英學者，相互通報重要國際會議資訊，互邀對方共同參與公開研討會。
- 在這名精英學者被政府派遣至對方後，雙方學術界立即透過此一管道，相互約束停止所有讓對方感到難堪或感到強烈敵意的公開評論。
民國九十三年十二月八日(2004.12.8)
陸委會發布新聞稿，正式開放大陸新聞媒體「中國新聞社」記者在台駐點採訪。
民國九十三年十二月八日(2004.12.8)
陸委會吳主委在「國際媒體記者會」回覆記者詢問時表示，春節包機是兩岸恢復協商很好的一個起點，也是改善兩岸關係的機會之窗。中共當局過去數次有關春節包機的說法並不一致，由此可以瞭解到大陸方面對此議題還未做成最後定調，也並未關閉大門，「春節包機仍有成行的機會」；並強調，政府已放寬前次春節包機的限制，包括「雙向、對飛、不中停第三地」的原則。而台灣的憲政改革不會觸及主權議題，更不會改變台海現狀，反而是中共一再對台灣進行外交打壓、企圖改變兩岸軍力平衡，以其所謂「一中原則」貶抑台灣的地位，這才是片面改變現狀。
民國九十三年十二月十七日(2004.12.17)
陸委會發布新聞稿：
- 針對台商春節包機乙案，呼籲中共儘早回應我方的建議，就兩岸春節包機採取雙向、對飛、不落地方式有關的安排進行協商。我們願意採取2003年春節模式，由我方的航空公司擔任今年包機的任務。
- 日前，總統表示他在選前提出，將在選後召開兩岸和平發展委員會，此一宣示不會因選舉的結果而有所改變，因此，總統也指示政府有關機關應該進入和發會的籌備階段。
- 依據多方訊息顯示，中共將進行類似「國家統一法」的立法工作，此係中共的「三戰」（法律戰、心理戰、輿論戰）舉措的一個部分。我們願意嚴正呼籲中共當局為了兩岸關係長期發展、為了區域的和平與發展，必須要三思，更不可一再錯估台灣人民愛好和平、反對軍事威脅的堅定意志。
民國九十三年十二月廿日(2004.12.20)
針對胡錦濤在澳門大力宣揚「一國兩制」，行政院發言人陳其邁表示，台灣是主權獨立的國家，和香港、澳門不能相提並論。台灣民眾在經過十多年民主化、自由化的洗禮之後，根本就不可能接受中國片面的「一國兩制」安排。
民國九十三年十二月廿七日(2004.12.27)
陸委會吳主委在「第十一期大陸金融研究聯誼會」時致詞表示，在兩岸經貿方面，台商赴大陸投資已屬常態現象，兩岸貿易的持續擴大也是長期趨勢，政府更將推動兩岸「直航」及「三通」列為既定政策，並在過渡時期，積極推動貨運便捷化及人貨包機政策。在兩岸金融方面，相關機關也在持續檢討兩岸金融往來政策，包括擴大OBU的功能與範圍、試辦人民幣兌換業務等，都在評估規劃的範圍內。
民國九十三年十二月廿七日(2004.12.27)
陸委會吳主委與外籍媒體記者茶敘時重申，政府降低兩岸誤解、經由正常化互動建立互信的的政策目標始終不變，這也是我方持續積極推動的。明年春天，政府將會籌組「兩岸和平發展委員會」凝聚全民對兩岸議題的共識，並積極尋求機會建立「和平穩定互動架構」以有效管理兩岸關係，在兩岸達成最終決議之前防止衝突發生。我們願與中國大陸就任何議題展開對話與協商，包含政治議題，以降低兩岸緊張情勢。但中國大陸發表聲明意圖制訂特別針對台灣的「反分裂國家法」，對台灣而言，這是片面改變兩岸現狀、極為嚴重的挑釁，在此向國際社會發出應即時阻止中國大陸的緊急呼籲。
民國九十三年十二月廿七日(2004.12.27)
針對中國公佈「2004年中國的國防」白皮書，行政院發言人陳其邁呼籲，兩岸應共同建立軍事互信機制，以確保台海的和平與穩定。
民國九十三年十二月廿八日(2004.12.28)
陸委會發布新聞稿呼籲，大陸應該儘早就推動台商春節包機乙案，與我方展開協商，以便台商能順利安排春節返鄉的行程。