民國九十年一月一日(2001.1.1)
陳水扁總統發表元旦祝詞強調，臺灣內部對如何建構未來兩岸關係的策略雖缺乏共識，但是對於要求中共揚棄對臺文攻武嚇，以及以和平方式進行建設性對話的立場並無二致。
民國九十年一月一日(2001.1.1)
依據「試辦金門馬祖通航實施辦法」，即日開始試辦金馬小三通。
民國九十年一月二日(2001.1.2)
「小三通」官方金廈通航參訪團從金門料羅港順利啟航。
民國九十年一月三日(2001.1.3)
陸委會主委蔡英文表示，「小三通」的成功是「大三通」能否順利上路的關鍵，政府絕對無意以「小三通」來拖延「大三通」的進程。
民國九十年一月六日(2001.1.6)
行政院六日至七日在臺北召開全國經濟發展會議，結論包括：因應加入世貿組織，檢討調整「三通」的「通商」政策，合理開放大陸貨品進口，並開放陸資企業來臺投資服務業；在平等互惠原則下，與大陸方面展開兩岸通航協商；加強兩岸科技交流，擴大引進大陸產業科技人才。
民國九十年一月十二日(2001.1.12)
陳水扁總統表示，他心中的「統合」就是歐盟模式，其中具有主權、自由、自願三大意義。
民國九十年一月廿二日(2001.1.22)
陸委會針對錢其琛「江八點」六周年講話，發表三點聲明，重申願與中共當局坐下來談，彼此不預設前提與立場，針對兩岸共同及各自關心的問題展開溝通對話。
民國九十年一月廿九日(2001.1.29)
陸委會主委蔡英文表示，立法委員曹爾忠與大陸「福建省馬尾經濟文化交流中心」簽訂合作協議的行為，是民間性的溝通，沒有生效與否的問題。此乃因為「小三通」的協商屬於中央政府職權，地方協商不可能取代官方協商。
民國九十年二月六日(2001.2.6)
第一艘首航台灣金門的大陸廈門客輪，完成了往返金、廈的歷史性航程。
民國九十年二月八日(2001.2.8)
首批中共「新華社」來臺駐點記者范麗青、陳斌華抵達臺北，展開為期一個月的駐點採訪。
民國九十年二月廿日(2001.2.20)
行政院院長張俊雄在立法院的施政報告中表示，過去政府實施的「戒急用忍」政策，隨時空條件變遷，已到必須調整的時刻。行政院已經指示經濟部及相關部會就兩岸經貿政策全面檢討，將朝「積極開放，有效管理」方向調整。
民國九十年二月廿三日(2001.2.23)
行政院長張俊雄在立法院表示，「國統綱領」是兩岸關係的重要文件，不過，這幾年兩岸互動情勢有所變化，確有必要再進行思考，惟目前並無調整「國統綱領」急迫性。
民國九十年三月廿六日(2001.3.26)
陸委會主委蔡英文表示，目前兩岸應該先以經貿互動做為建立雙方互信的基礎。
民國九十年四月九日(2001.4.9)
勞委會公布實施「大陸地區配偶在臺灣地區停留期間工作許可及管理辦法」。
民國九十年五月十五日(2001.5.15)
經濟部部長林信義在記者會上表示，政府對大陸經貿「戒急用忍」政策將作調整，未來產業赴大陸投資項目，將由目前正面表列，改採負面表列方式，但對電廠投資案，仍不開放。
民國九十年五月廿一日(2001.5.21)
陳總統五月廿一日至六月五日赴中美洲邦交國進行「合作共榮，睦誼之旅」。
民國九十年五月廿七日(2001.5.27)
陳總統於「合作共榮，睦誼之旅」在瓜地馬拉與隨行記者茶敘時，提出兩岸「新五不政策」：（一）軍售、過境美國不是對中共的挑釁；（二）中華民國不會錯估、誤判兩岸情勢；（三）臺灣不是任何一個國家的棋子；（四）政府從來沒有放棄改善兩岸關係的誠意與努力；（五）兩岸關係不是零和關係。
民國九十年五月卅日(2001.5.30)
行政院院會通過「臺灣地區與大陸地區金融業務往來許可辦法」部分條文修正案，開放國際金融機構分行辦理兩岸金融業務直接往來，並允許國內金融機構赴大陸設立代表人辦事處。
民國九十年六月一日(2001.6.1)
陸委會發表港澳白皮書指出，期望中共以宏觀、長遠的視野，務實地處理臺港澳關係，進而建立正常化的聯繫協調機制。並樂見港澳均能成立駐臺機構，建立相互往來的新架構，共創「四贏」的局面。
民國九十年六月六日(2001.6.6)
交通部民航局宣布，鑒於臺港雙方尚未談妥新航約，為使臺港航線繼續正常營運，雙方已簽署延約協議文件，將舊約效期從6月12日展延至今年12月31日止。
民國九十年七月五日(2001.7.5)
陸委會發布「開放大陸地區人民來臺觀光政策規畫及推動」說帖指出，政府已完成「大陸地區人民來臺從事觀光活動許可辦法」草案，大陸人士來臺觀光將採「總量管理」方式循序漸進，並以「團進團出」模式進行。
民國九十年七月八日(2001.7.8)
總統府經濟發展諮詢委員會召開首次籌備會議，「促進兩岸經貿交流、根留臺灣」列為五大討論議題之一，題綱包括：一、兩岸經貿與國家安全；二、檢討兩岸投資規範；三、兩岸通航之時機與條件；四、建立資金回流機制；五、加速WTO與兩岸貿易之因應調整。
民國九十年七月十三日(2001.7.13)
陳水扁總統表示，「一國兩制」是要將臺灣「香港化」，制度、自由、人權都必須得到中共當局的同意才算數。這樣的「一國兩制」，絕大多數臺灣人民都不能接受。
民國九十年八月十四日(2001.8.14)
內政部修訂發布「大陸地區專業人士來臺從事專業活動許可辦法」部分條文修正案，大陸科技人士來台停留，期限延長為三年。
民國九十年八月廿六日(2001.8.26)
經濟發展諮詢委員會議同意以包裹方式通過兩岸組共同意見，包括：推動兩岸經貿發展之基本原則、積極開放兩岸經貿及投資（「戒急用忍」政策之鬆綁）、建立兩岸資金流動的靈活機制、加入WTO與兩岸「三通」、積極推動大陸人士來臺觀光及兩岸協商問題。
民國九十年九月五日(2001.9.5)
行政院會通過「試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法修正案」，增訂試辦通航期間，基於大陸政策需要，中華民國船舶得經交通部專案核准由澎湖進入大陸地區。
民國九十年九月廿一日(2001.9.21)
陸委會主委蔡英文在立法院答詢時強調，兩岸通航或開放大陸人士來臺觀光等政策，涉及公權力行使問題，不宜由民間機構代表與對岸協商。
民國九十年九月廿八日(2001.9.28)
財政部公布核准第一、華南、彰化、中國國際商銀、土地、合作金庫、世華、中國信託商銀等8家銀行，赴大陸設立辦事處。
民國九十年十月一日(2001.10.1)
大陸中華全國新聞工作者協會記者團一行16人抵臺採訪，此批大陸記者在新聞局發放的記者證有效期限之內，無須受限於某地，可自由於臺灣境內進行與教育相關的採訪活動，突破以往大陸記者來臺的限制與規定。
民國九十年十月十日(2001.10.10)
陳水扁總統發表國慶致詞時表示，希望對岸的領導人能夠體會當前臺灣主流民意所在，儘速恢復兩岸對話的機制，開啟協商的大門，為兩岸人民新世紀的未來創造無限可能的契機。
民國九十年十一月一日(2001.11.1)
陳水扁總統接見美國國防部前部長柯恩時，指出中共提出承認「一個中國」原則是「九二共識」，作為復談的前提要件，是變相拒絕對話，因為我們遍查所有文件，並無所謂該「共識」，這是中共自創，並未獲得臺灣同意。
民國九十年十一月七日(2001.11.7)
行政院院會通過大陸投資「積極開放、有效管理」政策，取消大陸投資個案5,000萬美元上限，建立新的審查機制。
民國九十年十一月七日(2001.11.7)
行政院會宣布第二階段兩岸金融業務往來措施，決定放寬國際金融業務分行（OBU）與大陸銀行直接通匯。
民國九十年十一月十二日(2001.11.12)
陸委會發表聲明指出，兩岸互不隸屬，雙方加入WTO申請案也是分開處理，入世後將是兩個獨立、平行、對等的會員體。希望大陸當局不要以政治干預兩岸經貿關係以及WTO體系下兩岸的互動，以體現WTO的自由貿易精神。
民國九十年十二月廿五日(2001.12.25)
行政院金馬小三通指導委員會決定，金馬「小三通」試辦期間展延一年。