民國九十八年一月一日(2009.1.1)
馬英九總統主持中華民國98年開國紀念典禮暨元旦團拜時表示，維護台海和平與引導兩岸關係良性發展，應該是朝野政黨共同的努力方向。「大三通」之後，台灣與大陸的經貿關係將日益密切，兩岸民間交流也將更為頻繁，這對台灣而言，既是機會，也是挑戰。台灣不僅應藉此提升在全球經濟中的地位，也要在兩岸經貿關係日益深化之際，積極維護中華民國的主權與台灣的尊嚴，同時也要有效發揮自己在政治、社會與文化的特質，讓台灣對兩岸關係的長期發展，發揮正面的引導作用。
民國九十八年一月一日(2009.1.1)
針對中共總書記胡錦濤發表「推動兩岸關係和平發展」談話，總統府發言人回應表示，自520之後，我們始終堅持捍衛中華民國主權，維護台灣尊嚴，並在中華民國憲法的架構下，維持「不統、不獨、不武」的現狀，並在「以台灣為主，對人民有利」的原則以及「九二共識、互不否認」的基礎上，與大陸開展協商與交流，共同追求兩岸人民的和平繁榮與進步。
民國九十八年一月八日(2009.1.8)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接見英國國會台英國會小組共同主席福克納勳爵(The Lord Faulkner of Worcester)一行時指出，目前兩岸關係進入「互不否認」階段，雙方亦有共識擱置政治上的爭議、優先協商解決經濟議題，透過良性互動，逐步累積兩岸的互信。
民國九十八年一月十七日(2009.1.17)
馬英九總統出席「2009亞太國際領導者會議」（2009 Asia-Pacific International Leadership Conference）開幕典禮時表示，新政府上任近8個月以來，恢復兩岸已中斷10年的協商，實現三通，已使得兩岸關係進入新紀元，此舉應有利於此一區域及世界的和平。
民國九十八年一月十八日(2009.1.18)
行政院大陸委員會發布新聞稿指出，政府當前的兩岸政策是在衡酌整體的情勢發展、考量各項主客觀條件、堅持台灣整體利益、維護國家與社會安全的前提之下，按照既定的步驟推動兩岸間各項開放措施。在實施的過程中，也一定會同步啟動各種必要的監控及配套作為，並不存在所謂「沒有建築防火牆，無法保障台灣安全」的問題。
民國九十八年一月十八日(2009.1.18)
馬英九總統出席「2009年世界自由日慶祝大會暨世界自由民主聯盟中華民國總會第53次會員代表大會」致詞時表示，上任之後，恢復與大陸中斷10年的協商，逐步減低海峽兩岸的緊張，真正用和解消除對抗、用談判取代對立。如果海峽兩岸沒有戰爭，充滿和平與繁榮，相信兩岸的政府都會有更大的勇氣推動自由民主。
民國九十八年一月廿四日(2009.1.24)
行政院大陸委員會發布「完善保障大陸配偶在臺生活權益」新聞稿表示，為落實保障大陸配偶基本權益，本會業與相關機關會商，並參採民間團體之意見，擬具兩岸條例部分條文修正草案，修正重點包括全面放寬大陸配偶工作權、縮短大陸配偶取得身分證的時間為6年，取消大陸配偶繼承不得逾200萬元的限制等，以使大陸配偶在臺生活權益獲得完善保障。
民國九十八年二月二日(2009.2.2)
馬英九總統出席總統府新春團拜時表示，政府秉持謀求和平、促進雙贏、擱置爭議的政策，不僅在兩岸關係上已發揮效果，更延伸到國防與外交上。兩岸大三通不只是縮短往來時間、節省資源，也讓兩岸和解成為一個不可逆轉的趨勢。
民國九十八年二月二日(2009.2.2)
行政院大陸委員會發表新聞稿表示，政府堅守中華民國為一主權國家的立場從來沒有改變，未來也不會改變。對於國內多元民主的聲音，將給予尊重，並將持續溝通，以期望在共同努力及展現智慧、理解與包容之前提下，為兩岸關係和平發展開創新局。
民國九十八年二月三日(2009.2.3)
馬英九總統參加「2009年大陸台商春節聯誼活動」時表示，兩岸實施「大三通」使得台商往來兩岸更為方便，今年上半年有第三次的「江陳會談」，將就定期航班、金融監理備忘錄、共同打擊犯罪等議題作進一步協商。並強調，進一步推動兩岸關係經濟的正常化是政府的既定政策，這也帶來了我國對外關係及國防等其他領域的重要發展。
民國九十八年二月四日(2009.2.4)
經濟部邀請台企聯及北京、東莞、武漢、重慶、廣州、中山、上海、汕頭、廈門、深圳、花都與成都等地大陸台商協會代表進行座談。
民國九十八年二月五日(2009.2.5)
馬英九總統主持國防部高階將領授勳暨授階典禮時表示，儘管兩岸要改善關係，但政府仍將秉持「以台灣為主，對人民有利」的原則，雙方在互動中可以「擱置爭議、追求雙贏」，目的是希望有效因應中國大陸這個極特殊與複雜的因素，把「威脅極小化、機會極大化」。而在改善兩岸關係的過程中，國軍絕不能有任何鬆懈，我們不畏戰，但也不求戰，我們希望止戰但不懼戰。
民國九十八年二月五日(2009.2.5)
蕭萬長副總統主持總統府財經諮詢小組第9次會議，提出改革方向：善用兩岸經貿新契機、循序開放資本市場，重點包括兩岸主管機關儘速簽訂合作備忘錄、兩岸交易所加強交流與合作、繼續吸引台商回台上市、開放兩岸證券業投資，以及發展兩岸籌資及資產財富管理業務。
民國九十八年二月六日(2009.2.6)
行政院大陸委員會劉德勳副主委表示，對於大陸安利13000名直銷商來臺旅遊案，只要安利能夠取得大陸核可，臺灣願意專案放行。
民國九十八年二月十六日(2009.2.16)
行政院大陸委員提出「2008年兩岸關係國內各界民意調查綜合分析」報告，指出民眾樂見兩岸關係趨於緩和，不僅對政府維持兩岸和平穩定深具信心，也對未來兩岸的發展表示樂觀。
民國九十八年二月廿日(2009.2.20)
馬英九總統接受《TAIPEI TIMES》專訪時強調，兩岸將來簽訂綜合性經濟合作協議，一定要考慮國內產業的利益，該保護的保護、該開放的開放，不開放大陸勞工、不開放大陸農產品、不開放陸生來台考證照。
民國九十八年二月廿日(2009.2.20)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在「聯合報」發表「捍衛生存，細緻對待經濟協定」專文表示，兩岸經濟交流正常化的進行，未來不管以哪一種協議的形式出現，台灣都不可能向中國大陸「全面開放」。 不管是FTA、CEPA、CECA還是政府擬議中的「綜合性經濟合作協定」，若與對岸簽署此類協定，政府會就產業項目逐一評估。涉及主權的部份，台灣的生存是兩岸交流的前提，兩岸經貿正常化的過程中，不容許台灣主權有絲毫的損害，力求在主權與繁榮兩方面「人財兩得」。
民國九十八年二月廿日(2009.2.20)
行政院大陸委員會發言人劉德勳表示，「綜合性經濟合作協定」必須以兩岸經貿正常化為前提，海基會與海協會已經針對部分經濟議題展開多次協商，為「綜合性經濟合作協定」定下基礎。未來該協定也會以兩岸經貿正常化為前提，往前推動。
民國九十八年二月廿日(2009.2.20)
經濟部投審會統計，98年1月份核准對中國大陸投資件數23件，核准投資金額為2億8,286萬9千美元。
民國九十八年二月廿一日(2009.2.21)
馬英九總統主持當前總體經濟情勢及因應對策會議並裁示：兩岸經貿關係正常化是政府兩岸關係的重點。我們應正視兩岸經貿現實，建構合理框架，在「以台灣為主，對人民有利」的前提之下，簽訂兩岸綜合性經濟合作協定。並就名稱、方式及內容，廣徵各界意見，並歡迎在野黨參與討論。尋求台灣社會最大共識。
民國九十八年二月廿二日(2009.2.22)
行政院大陸委員會發布新聞稿，主任委員賴幸媛指出，「綜合性經濟合作協定」是不牽涉主權問題的經濟交流事務，並沒有公投的需要。未來政府將就名稱、方式及內容，廣徵各界意見，尋求社會各界共識。兩岸簽署相關的經濟協定，一定會經過立法院的審議。
民國九十八年二月廿三日(2009.2.23)
行政院農業委員會發布新聞稿表示，為避免兩岸農業交流產生之問題，以及隨著大陸農產品在中國內地及國際市場與台灣農產品競爭，農委會已持續加強採取各項因應措施。未來亦將透過兩岸農業協商方式，在中國大陸申請相關智慧財產權保護之機制，以防止我國有研發成果在中國被違法侵權使用，以確保臺灣農業技術之發展優勢，維護我國農業之永續發展。
民國九十八年二月廿三日(2009.2.23)
行政院大陸委員會趙建民副主委出席「兩岸經貿交流與台灣競爭力」座談會時表示，目前對兩岸間的「綜合性經濟合作協定」共識尚待建立，政府相關部門目前正在進行研究，第三輪江陳會談不會納入談判，和大陸與香港之間的CEPA（更緊密經濟夥伴關係的安排）必定不同。中華民國是主權獨立國家，而CEPA則是「一國兩制」下的產物，而且產業在台灣經濟活動中佔有重要的一席之地，此與香港以金融服務業為主的經濟也不同。
民國九十八年二月廿四日(2009.2.24)
中華郵政公司表示，自2月26日起開辦「大陸郵政匯入匯款業務」。
民國九十八年二月廿五日(2009.2.25)
內政部入出國及移民署公告，香港澳門居民來臺臨時入境停留（落地簽、電子簽），停留期限由現行14日放寬為30日。
民國九十八年二月廿五日(2009.2.25)
行政院長劉兆玄在立法院施政總質詢表示，行政院有兩岸簽訂CECA的規劃，不過，現在並無簽訂的時間表。兩岸將來要簽訂的CECA，其實是屬於廣義的FTA（自由貿易協定）的一種，因為兩岸關係非常的特殊，所以將來其簽署的內容，以及要如何運作，一定有別於一般的協議。至於最後名稱、內容，以及運作部分，現在正由內部積極的在協商。
民國九十八年二月廿七日(2009.2.27)
馬英九總統接受年代新聞台專訪時強調，簽署「兩岸經濟合作架構協議」（ECFA，Economic Cooperation Framework Agreement）」時會平等、互惠、有尊嚴，協議內容是經濟合作，有共識的部分先簽署，是一個「架構性的協議」。而和大陸簽經濟的協議，不是只為大陸，也是全球布局的一部分。
民國九十八年三月五日(2009.3.5)
馬英九總統應邀在「美國商會謝年飯」發表演講時指出，台方與大陸洽談ECFA的目的，在於避免臺灣在區域經濟整合中被邊緣化，特別是明年「東盟加一」生效之後，臺灣經濟將面臨更嚴重的挑戰；希望兩岸三次「江陳會」能將「兩岸經濟合作架構協議」納入對話內容。
民國九十八年三月五日(2009.3.5)
行政院大陸委員會發言人劉德勳副主委表示，中華民國是主權獨立國家，在憲法架構下推動「不統、不獨、不武」的三不政策，維持兩岸現狀，正視現實。大陸應該給予台灣參與國際空間更大善意，排除軍事威脅，將和平繁榮的理念推動到各個層面。
民國九十八年三月五日(2009.3.5)
行政院院會通過「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」第25條之2修正草案，行政院長劉兆玄表示，隨著「大三通」的啟動，台灣與大陸的經貿關係日益密切，但也因無完整的租稅規範，不利台商與其他國家廠商在大陸的公平競爭。本案的提出將可解決相關問題，並提供稅務協助，為日後簽署兩岸租稅協議，提供明確的法律根據。
民國九十八年三月六日(2009.3.6)
行政院長劉兆玄在立院答詢及接受電視專訪時表示，將來針對ECFA的談判原則是「三不三要」，三不是「不矮化主權、不擴大開放農產品、不開放大陸勞工」，三要則是「要透過協商解決關稅問題、要同時與東協或其他貿易夥伴洽談自由貿易協定、要在WTO精神架構下擱置爭議」。
民國九十八年三月六日(2009.3.6)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在接見大陸配偶會面時表示陸委會將會站在反歧視、人權的角度，積極為大陸配偶爭取基本工作權、財產權與相關權益。
民國九十八年三月七日(2009.3.7)
馬總統出席成大EMBA管理論壇，並發表「金融海嘯後之兩岸經濟與商務發展」演講時表示，我國要和大陸簽署ECFA，理由有三：第一，推動兩岸經貿關係正常化；第二、避免台灣被邊緣化；第三、促進台灣對外經貿關係的國際化。
ECFA的內容並非一次到位，可以先談雙方有共識部分，簽署的最大好處是讓我們有緩衝的時間，不會因為其他國家加入了這個區域經濟整合的行列而將台灣排除在外。
民國九十八年三月十一日(2009.3.11)
行政院大陸委員會趙建民副主委接見韓國國會議員訪問團時表示，政府上任以來與大陸方面所簽署的六項協議，以及未來將簽署的任何協議，都是秉持對台灣有利的原則，且絕對不會對中華民國的主權造成絲毫損傷。並強調，政府在推動兩岸簽署「經濟合作架構協議」的同時，亦將持續尋求與其他國家商討簽署自由貿易協定的可能性。
民國九十八年三月十二日(2009.3.12)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在立法院接受質詢時表示，為凝聚國內對兩岸重大經貿政策的共識，政府將會深入基層，與產業界與勞工界共同討論，讓政策可以反映大多數人民的聲音，真正落實「以台灣為主、對人民有利」的大陸政策目標。
民國九十八年三月十二日(2009.3.12)
行政院大陸委員會發言人劉德勳副主委表示，在目前兩岸經濟文化交流協商當中，若務實累積、奠定互信的基礎，可以為兩岸長遠的共同發展有更堅實的基礎，有了這個基礎之後，相信進一步探討建立軍事互信機制是比較容易的。
民國九十八年三月十四日(2009.3.14)
總統府發言人針對三一四「反分裂國家法」四週年發表聲明指出，馬總統上任九個多月以來，兩岸關係由緊張走向緩和，雙方在「九二共識」的基礎上進行對話與合作，逐步增加互信，使台海出現了和平共榮的曙光，並贏得國際社會的普遍肯定，可見「反分裂國家法」制訂的時空環境已有重大改變。我們認為大陸當局應慎重考量台灣人民的感受，對該法做出適當的處理。
民國九十八年三月十四日(2009.3.14)
行政院大陸委員會發布新聞稿表示，政府推動兩岸政策始終堅持捍衛國家主權與尊嚴，對於中國大陸4年前制定的「反分裂國家法」，中共當局應該以更積極的態度面對當前兩岸情勢的轉變，排除對台灣的武力威脅。兩岸應以「正視現實、互不否認」態度，共同開啟和平共榮的歷史新頁。
民國九十八年三月十八日(2009.3.18)
內政部入出國及移民發布新聞稿表示，已簡化大陸地區專業人士申請來臺手續，並持續配合政府政策，放寬現行各項來臺許可辦法；現行入出國及移民署對於大陸地區專業及商務人士申請案，除有黨、政、軍背景者須提請「大陸地區專業人士來台參觀訪問聯合審查會」討論外，大多數案件均可於5至10日內許可發證。
民國九十八年三月十八日(2009.3.18)
馬英九總統出席「2009台灣投資論壇」午餐會時指出，經濟合作架構協議不涉及政治，不會討論主權，也不會談到統一或是獨立，完全是純粹經濟上的努力；並強調「不會開放大陸勞工來台」以及「不會進一步開放大陸農產品進口」的立場。
民國九十八年三月十九日(2009.3.19)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接見AIT理事主席薄瑞光（Raymond F. Burghardt）時強調，兩岸是一個動態發展的關係，當前政府推動兩岸關係發展的目標，就是要長期維持台海現狀，這個現狀就是中華民國是一個主權獨立之國家，以及兩岸間「不統、不獨、不武」的和平狀態；而現階段藉由兩岸間經濟、文化、社會等之互動增加，建構一個長期和平穩定之環境，以尋求對台灣社會與經濟最大的利益。
民國九十八年三月廿日(2009.3.20)
馬英九總統與媒體茶敘時表示，要重返國際社會或是加入國際組織，當然不會是以中國大陸團一部分的身分，否則就是主權矮化。名稱上最優先的當然是「中華民國」，如果做不到，「台灣」是可以接受的，再做不到，「中華台北」也可以接受，不會為了參加而犧牲主權和尊嚴。
民國九十八年三月廿九日(2009.3.29)
馬英九總統到雲林縣訪視時指出，政府研議與大陸簽署ECFA，除了希望有助於與美、日及東南亞等國簽署自由貿易協定，也是要避免台灣被邊緣化。政府的原則就是「三要」，即「要凝聚共識」，「要循序漸進」、「要廣結善緣」，希望最終能和其他國家洽簽自由貿易協定。
民國九十八年三月卅日(2009.3.30)
行政院大陸委員會發言人劉德勳副主委表示，兩岸共同打擊犯罪已經確定納入第三次陳江會談的協商議題，兩岸司法機關希望調整金門協議內容，不只包括通緝犯的遣返，還希望涵蓋一般性司法互助與證據交換、相互協處與受害情境說明等，徹底打擊犯罪。
民國九十八年四月一日(2009.4.1)
行政院大陸委員會發布「第三次江陳會談相關問題說明」新聞參考資料，指出「第三次江陳會談」將在今年上半年舉行，協商議題包括：兩岸共同打擊犯罪及司法互助、兩岸定期航班、兩岸金融合作及陸資來台投資等四大項。ECFA是否列入第三次江陳會談的對話議題之一，將與對方交換意見，若有共識，不排除進行相關的安排。
民國九十八年四月七日(2009.4.7)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在逢甲大學參加「大陸政策暨兩岸協商」座談會時表示，政府大陸政策的立場是，中華民國是一個主權獨立的國家，在「不統、不獨、不武」、「維持現狀」的前提下，積極改善兩岸關係，維護台海的和平穩定。政府推動兩岸關係的最高指導原則，就是秉持「以台灣為主、對人民有利」的原則。「以台灣為主」就是馬總統提到的要捍衛台灣主體性，「對人民有利」就是政策措施要符合台灣老百姓的利益，務實促進兩岸的協商與交流，希望開創「互利雙贏、共存共榮」的兩岸新局。推動與大陸協商簽署ECFA，可以為兩岸經貿正常化訂出基本規則，各國政府也會更積極和台灣洽談FTA，讓台灣可以避免「邊緣化」的威脅，進而讓台灣經濟與世界市場接軌，擴大台商發展的空間。
民國九十八年四月八日(2009.4.8)
行政院大陸委員會發布「有關兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議相關說明」指出，兩岸共同打擊犯罪及司法互助，將就重點打擊的各類型犯罪、偵查合作、資訊交換、人犯遣返等，建立常態化合作機制，建構民刑事司法互助的機制，以確保兩岸人民權益，提升司法案件的處理效率；並在偵查合作、資訊交換、人犯遣返等方面建立制度化合作機制。
民國九十八年四月九日(2009.4.9)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員於主持「大陸政策」宣導短片首映記者會時表示，為增進國人對政府大陸政策的支持與了解，陸委會將積極推動一系列的宣導活動，堅定的向國人宣示，政府始終堅持中華民國主權、維護台灣尊嚴；陸委會推動兩岸兩會制度化協商及簽署各項協議，都是秉持「以台灣為主，對人民有利」的原則，及堅持捍衛國家的主權與安全。
民國九十八年四月十日(2009.4.10)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員會見傳統產業的代表時指出，ECFA的本質是公平貿易。ECFA是個與統獨無關、與主權無關的經濟協議，不會有、也不須要牽涉到政治。兩岸經貿關係的正常化仍須在「以台灣為主，對人民有利」的原則下，以平等的制度性協商為平台，積極為台灣的產業與消費者權益爭取公平的待遇。
民國九十八年四月十日(2009.4.10)
行政大陸委員會發布新聞稿指出，第三次江陳會所規劃簽署的各項協議，根據兩岸條例第5條的規定，協議內容涉及修法的部份，一定會送立法院審議；如未涉及修法的部份，會送立法院備查。陸委會再次強調，對於協議的處理程序，行政機關會嚴守立法權與行政權之應有分際，也會與立法院作最好的溝通，依法展現行政受立法監督之負責任態度。
民國九十八年四月十一日(2009.4.11)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員出席由民進黨主辦的第二階段「台灣民間國是會議」時表示，政府推動兩岸關係的戰略目標，就是在面對雙方諸多條件懸殊差異下，要確保中華民國自由民主的社會、繁榮的經濟，以及主權獨立的現狀，並且成為一個國際認同的實質國家，永續發展。並強調，ECFA是公平貿易的實踐，也是兩岸經貿正常化的路線圖，無涉主權，也毫無主權退讓疑慮。
民國九十八年四月十二日(2009.4.12)
馬英九總統出席「台灣關係法30週年：回顧與前瞻」國際學術研討會致詞表示，政府的施政將依循主張維持現狀的主流民意，在與中國大陸改善關係的同時，絕不會犧牲任何主權。也指出，為了要與世界接軌，我們必須要與中國大陸發展更為正常的經濟關係，具爭議性的政治議題則應擱置，如果經濟、文化以及教育等方面的交流尚未紮下穩健的基礎，雙邊還不能達到更互惠的信任與自信，政治談判是不可能進行的。
民國九十八年四月十二日(2009.4.12)
行政院農業委員會發布新聞稿指出，兩岸簽署 ECFA ，仍將繼續管制 830 項中國大陸農產品進口，絕不會進一步擴大開放項目。未來 ECFA 諮商時，包括農業智慧財產權保護、建立兩岸動植物檢疫檢驗機制等，均將列為優先諮商議題。農委會將在維護我國農業發展及農民權益之前提下，妥善處理 ECFA 的農業議題。
民國九十八年四月十四日(2009.4.14)
馬英九總統接見「台灣關係法30週年回顧與前瞻」國際研討會美國學者時表示，兩岸的主權議題無法於短期內獲得解決，但仍可尋求務實處理，而「九二共識」就是最好的基礎與起點，雙方可先尋求互不否認，透過海基、海協兩會的會談建立起良好的溝通橋樑，讓具有急迫性的事項透過合作機制獲得解決，進而使兩岸都能互蒙其利。而「經濟合作架構協議」不僅有助兩岸經濟關係正常化，避免我國在區域內被邊緣化，也可使我國更進一步全球化。
民國九十八年四月十四日(2009.4.14)
馬英九總統接見泰華僑團首長訪問團時表示，希望與大陸就經濟合作簽訂一個架構性的協議，此協議可以分好幾年、有彈性地來完成。
民國九十八年四月十五日(2009.4.15)
馬英九總統接見「2009博鰲亞洲論壇」代表團時表示，希望能將「同舟共濟，相互扶持；深化合作，開創未來」理念，傳達給包括大陸代表在內的所有人們。我們所採取「不統、不獨、不武」的政策，是「要做和平的締造者，而不做麻煩的製造者」。
民國九十八年四月十六日(2009.4.16)
馬英九總統接見全美安良工商會回國參訪團時表示，為促進兩岸經濟關係正常化，我們正推動兩岸簽訂經濟合作架構協定（ECFA），該協定除可幫助兩岸經濟關係正常化，也可避免台灣在東亞區域整合過程中被邊緣化，並可推動台灣的國際化。
民國九十八年四月十七日(2009.4.17)
行政院大陸委員會發布新聞稿，說明「第三次江陳會談」相關情形，指出第三次「江陳會談」涵蓋四大議題，包括：兩岸共同打擊犯罪及司法互助、兩岸定期航班、兩岸金融合作及陸資來台投資等，亦將針對兩岸已簽署六項協議的執行情形進行檢討及提出策進建議，同時，也將就第四次兩岸會談的主要議題，交換意見。為表示對立法院之尊重，陸委會賴主委將會同參與本次議題協商之相關機關首長或副首長，向立法院王院長非正式說明有關第三次「江陳會談」之相關事宜。此外，陸委會將率同海基會向立法院內政委員會提出正式的專案報告，展現行政部門與立法院溝通的誠意，並爭取立法院對第三次「江陳會談」所簽協議的支持。
民國九十八年四月十九日(2009.4.19)
行政院大陸委員會公布最新民調，有七成的民眾認為有必要和大陸政府簽訂兩岸經濟合作架構協議（ECFA），有六成的民眾認同簽訂ECFA有助於促進台灣的國際化，以及提升台灣產品在大陸市場的競爭力，半數以上（55.9%）的民眾認為ECFA對台灣經濟發展有「好的影響」。
民國九十八年四月廿日(2009.4.20)
有關中國大陸總理溫家寶在博鰲論壇上要求開放大陸貨來台，行政院農業委員會重申，未來兩岸簽署經濟合作架構協議(ECFA)時，農委會將堅守繼續管制中國大陸農產品進口之立場，不會進一步擴大開放項目。
民國九十八年四月廿日(2009.4.20)
經濟部投審會98年3月份核准對中國大陸投資投資件數8件，核准投(增)資金額為2億4,404萬1千美元。
民國九十八年四月廿一日(2009.4.21)
行政院大陸委員會邀集內政部移民署、警政署、交通部觀光局、民航局、航政司、海基會等相關機關，就大陸旅客來台人數增加有關問題，會商後續因應方式。陸委會指出，對違規登機闖關的陸客，移民署及各相關機關皆依境管規定嚴加把關；航空及船舶業者若搭載未具備入境許可的大陸旅客來台，亦將依規定處罰。政府已要求業者嚴守規定，亦已透過管道知會對方相關部門，要求大陸業者遵守規定。
民國九十八年四月廿二日(2009.4.22)
馬英九總統出席「『戰略暨國際研究中心』（CSIS）台灣關係法30週年研討會」視訊會議致詞時表示，兩岸和解的核心就是「九二共識」。也就是兩岸認知到這世界上只有一個中國，但雙方的定義有所不同。在這個新基礎上，我們重新開啟了中斷超過十年的協商管道。並表示，兩岸「經濟合作架構協議」(ECFA)，就是要將台灣建設成國際企業的創新與物流中心，這能強化與保障台灣在大陸市場，也有助於台灣全球市場的競爭優勢。而參加國際衛生大會(WHA)是我們不放棄的目標，台灣人民一定要能夠享有和世界其它國家相同的醫療資源與資訊。
民國九十八年四月廿三日(2009.4.23)
內政部入出國及移民署通過「大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法」部分條文修正草案，放寬大陸地區人民來臺探親及停留期間、探病或奔喪之親等、增加以探親事由來臺之親屬亦適用延期照料、縮短大陸配偶逾期停留管制期間、核發入出境許可證及取消入境代保管之大陸證照等；另增列大陸地區人民來臺接受醫療服務常態化等規定。
民國九十八年四月廿四日(2009.4.24)
馬英九總統接見由江丙坤董事長所率領的海峽交流基金會協商代表團時表示，政府一向堅持「以台灣為主，對人民有利」的原則推動兩岸政策，而且都有完整的構想與理念，絕無任何地方犧牲台灣的主權或出賣台灣的利益。 關於經濟合作架構協議的議題，希望海基會能與對方先進行對話，彼此交換意見，期能形成雙方的初步共識。
民國九十八年四月廿四日(2009.4.24)
經濟部投審會發布新聞稿指出，有關開放陸資來台投資，經濟部已研擬「大陸地區人民來臺投資許可辦法」草案，並經行政院完成審查。開放陸資來臺投資項目係秉持「以台灣為主、對人民有利」之立場，依先緊後寬、循序漸進、有成效再擴大之原則，逐步開放。未來陸資來臺投資在經濟上如果有具有獨占、寡占或壟斷性地位、或在政治、社會或文化上具有敏感性地位者，或其他對國內經濟發展或金融穩定有不利影響，政府得禁止其投資。
民國九十八年四月廿六日(2009.4.26)
法務部檢察司發布新聞稿表示，第三次江陳會談中，有關海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助議題，可望藉由協議之簽訂，有效追訴犯罪、遣返罪犯，解決困擾兩岸的跨境犯罪問題，為維護兩岸交流秩序、社會安定及人民福祉立下基石。
民國九十八年四月廿七日(2009.4.27)
行政院大陸委員會發布新聞稿表示，兩岸的制度化協商，從去年第一次的江陳會談到第三次江陳會談，所有技術性的業務溝通都是由兩岸官員談判。將來簽訂整體性的協議之後，我方主管機關和對岸主管機關，就可以針對後續技術上所需洽簽的協議(或其他任何形式)，展開協商或談判。
民國九十八年四月廿七日(2009.4.27)
行政院大陸委員會發布新聞稿表示，重大經濟犯為一般刑事罪犯，當屬兩岸共同打擊犯罪之對象。陸委會強調，兩岸簽署本項協議，在「全面合作、重點打擊」原則之下，建立制度化的合作機制，對於我方依據協議所提出遣返罪犯之請求，大陸方面有責任本於協議，協助追緝並遣返該等不法之徒，以共同維護兩岸的交流秩序。
民國九十八年四月廿九日(2009.4.29)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在接受海基會協商代表團「第三次江陳會談」成果報告時指出，政府對於兩岸協商的立場，就是在「以台灣為主、對人民有利」的最高原則下，循序漸進的推動，政府的兩岸政策自去年520後一路走來，就是以「成熟、穩健、有節奏」的步伐在進行。
民國九十八年五月五日(2009.5.5)
馬英九總統接見「紐約中華公所回國訪問團」致詞時表示，過去將近一年的時間，政府積極改善兩岸關係，目的是希望讓兩岸長期以來的對立與衝突逐漸減少；也希望這種和解的氣氛能夠延伸到國際社會，在外交關係上相互尊重、互相合作。政府從去年開始推動活路外交，包括外交休兵，也就是在雙邊的外交關係上，我們不再去爭取大陸的邦交國與我們建交。兩岸關係應該是逐步地建立友誼、求同存異、共創雙贏。
民國九十八年五月五日(2009.5.5)
行政院大陸委員會公布民調顯示，有超過70%以上的民眾支持透過兩岸制度化的協商，來處理兩岸交流問題；超過60%以上的民眾滿意第三次江陳會談整體結果，同時認為所達成的3項協議及一項共識，對台灣的經濟發展有「好的影響」。
民國九十八年五月七日(2009.5.7)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員於立法院答詢時表示：目前兩岸條例以及新簽定的「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」中的「認可」，不代表中華民國司法機關將照單全收、完全接受大陸法院的判決。並強調，司法互助最重要的一個機制，就是中華民國的法院會依照中華民國的法律，來保障中華民國國民的權益。
民國九十八年五月八日(2009.5.8)
馬英九總統前往海基會訪視致詞時表示，兩岸關係的改善帶動外交有活路、經濟有活水、國家有活力。兩岸協商是「三先三後」，就是「先易後難」、「先急後緩」，再來是「先經後政」。真正能夠做到「以台灣為主，對人民有利」，就不需擔心外界批評矮化、主權或尊嚴流失問題。
民國九十八年五月九日(2009.5.9)
馬英九總統接受新加坡《聯合早報》和《海峽時報》專訪時表示，台海兩岸方面還是先經濟、後政治；但如果2012年能夠連任，政治議題有迫切需要協商的話，不排除觸及。為避免台灣被東南亞國協（ASEAN）加一、加三等區域合作組織邊緣化，有必要推動和包括新加坡在內的個別國家簽署自由貿易協定（FTA），和大陸簽署ECFA是愈快愈好。
民國九十八年五月九日(2009.5.9)
行政院長劉兆玄接受電視專訪時表示，兩岸經濟合作架構協議（ECFA）是經濟性議題，不涉及主權，因此不需要動用公投。但如果未來有涉及台灣的主權、國安的議題，當然是可以考慮進行公投。
民國九十八年五月十四日(2009.5.14)
行政院大陸委員會發布「愛台灣、護主權，政府完全做到了」新聞稿表示，馬政府上台後，恢復制度化協商，與對岸簽訂九項協議與一項共識，規範交流秩序，讓兩岸經貿交流正常化。政府透過兩岸和解，更帶動兩岸在國際上的和解，使我們的主權不但沒有被矮化、被掏空，台灣能見度反而更為提升。
民國九十八年五月十五日(2009.5.15)
馬英九總統就職一周年接受電視專訪時強調，中國對台灣是威脅、也是機會，必須擺脫鎖國心態；以「中華台北」參與國際組織，是委曲求全，但是是為了更高更大的目標。
民國九十八年五月十九日(2009.5.19)
馬英九總統接見香港7大台灣社團時表示，我們一方面推動兩岸和解，一方面也將和解氣氛擴大到國際關係。未來準備和大陸簽訂經濟合作架構協議（ECFA），其目的是讓台灣和其他地區在中國大陸市場競爭時不會被歧視。
民國九十八年五月十九日(2009.5.19)
馬英九總統舉行就職週年中文記者會致詞時表示，中華民國的主權屬於國民全體，台灣是中華民國，應該從歷史、從憲法，把這一點講清楚，不要有任何讓所謂台灣地位未定的問題，來困擾我們的國民。
民國九十八年五月廿日(2009.5.20)
馬英九總統舉行就職一週年英文記者會時表示，政府單方面宣布「互不否認」政策，也宣示要與中國大陸在國際舞台上「外交休兵」，此等政策促使兩岸恢復和平協商，並結束兩岸在國際社會的外交惡鬥。兩岸的和解也跨越台灣海峽而延伸至附近整個區域，使各利害相關國家獲益，這一年我們把台灣海峽從一個危險的引爆點，轉變成一條和平與繁榮的通道。
民國九十八年五月廿一日(2009.5.21)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員主持「新時代台灣人－陸配篇」宣導短片首映茶會時表示，要開放大陸配偶工作權，是因為工作權不是只給予陸配，而是要給26萬個台灣家庭的，陸配的工作權也就是26萬個台灣家庭的生存權。
民國九十八年五月廿二日(2009.5.22)
行政院長劉兆玄在「『務實與開展』大陸工作研習會」致詞時表示，中華民國是一個主權獨立的國家，任何一個政策都必須要能捍衛主權及全民利益。儘管兩岸關係已獲大幅度改善，未來政府對於兩岸政策，仍會更加小心謹慎，步步為營，絕不會用任何國家的主權去交換經貿的利益，希望大家要對政府有信心。
民國九十八年五月廿二日(2009.5.22)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在「現階段大陸政策」專題演講時表示，政府大陸政策的目標，就是要長期維繫臺海和平和東亞區域安定，以及確保台灣的生存、安全和繁榮。在兩岸經貿交流正常化的過程中，中華民國的主權不但沒有損傷，只有更加鞏固，只有捍衛人民的生存權，才是真正捍衛主權，這也是過去一年兩岸關係的推動與政府大陸政策的精髓。
民國九十八年五月廿四日(2009.5.24)
馬英九總統接見中國國民黨主席吳伯雄暨大陸參訪團成員時表示，兩岸要繼續發展更密切的關係，一定要有多重溝通管道，不同部門間要有定期溝通協商平台。海基會與海協會是扮演政府授權的單位，可簽署協議，但簽署後應視其性質依法送立法院審查或備查。而政黨也可扮演溝通的橋樑，並保持適當分際，使之運作順暢。
民國九十八年五月廿六日(2009.5.26)
海基會公佈民調顯示，兩岸協商事務性議題有7成以上的支持度，其中有76.7%民眾贊成兩岸互設辦事處，82.6%民眾贊成制度性協商輪流在兩岸舉行；對於兩岸協商過程與制度性協商模式，亦有超過5成的支持度。在涉及主權議題方面，將近5成民眾認為協商成果無損臺灣主權及尊嚴；在問及兩岸整體協議結果是否符合「以臺灣為主，對人民有利」時，約有5成6的民眾表示贊同。
民國九十八年五月廿九日(2009.5.29)
馬英九總統在貝里斯演講時表示，基於以和平方式解決爭端的理念，致力於改善兩岸關係，以「建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏」之兩岸政策，協商解決歧見，順利推動兩岸重啟制度性協商。為開啟台海兩岸和平共榮的歷史新頁，政府並提出「活路外交」政策，停止與中國大陸在國際上惡鬥，以改善兩岸緊張情勢，對東亞地區和平穩定與繁榮做出積極貢獻。
民國九十八年六月一日(2009.6.1)
行政院長劉兆玄出席大陸台商端午節聯誼餐會致詞時表示，希望台商了解台灣的優勢與政府的努力，考慮回台投資發展，政府將持續規劃優惠與便利的措施。政府將與台商一起攜手努力，共同創造新的契機、新的經營模式。
民國九十八年六月二日(2009.6.2)
行政院大陸委員會發布新聞稿表示，此次邀請港府政制及內地事務局局長林瑞麟局長一行來台訪問，主要是就成立台港新的雙邊合作組織，加強雙方經貿、文化交流等各項議題進行商討、溝通，期待未來台港之間有能更多的正式交流與互訪，以進一步提升雙邊關係。
民國九十八年六月三日(2009.6.3)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在高雄所舉辦的「大陸政策暨兩岸協商南部說明座談會」表示，現階段兩岸間尚不具備解決主權爭議的客觀條件，因此，我們主張兩岸間應本於「擱置爭議，互不否認」的態度，務實面對兩岸現狀，透過兩岸制度化協商管道，優先解決攸關兩岸人民利益，以及因為兩岸經貿、文化、社會各方面互動所產生的問題，尤其是民生經濟的各項議題。新政府也揭櫫「以台灣為主，對人民有利」的協商原則，舉凡協商議題設定、協商腹案及底線研擬、協商程序及相關安排，均以能否彰顯台灣主體性，維護2,300萬台灣人民的利益作為最優先考量；在任何一項談判均能做到堅持兩岸對等，捍衛國家主權及尊嚴，不以損傷主權或矮化國格來交換經貿利益。
民國九十八年六月四日(2009.6.4)
馬英九總統發表「六四事件」20週年感言表示，「六四事件」傷痛的歷史，必須勇敢面對，不能刻意迴避。任何一個政府，面對不幸的歷史，要「就事論事」；面對沈痛的家屬，要「將心比心」。唯有如此，才能避免悲劇重演。
民國九十八年六月四日(2009.6.4)
馬英九總統訪問中美洲友邦返抵國門發表談話表示，這一年中，兩岸關係從過去的對立、鎖國，到現在的和解、開放，對外關係，也從過去的烽火惡鬥，到現在的休兵共存；僑務方面，也開始推動僑務休兵，希望兩岸僑胞在海外和諧相處，共同促進僑社發展。在外交政策上也做了重大調整，將外交政策回歸憲法對於外交工作的要求，即在自主、尊嚴、務實和互惠的精神下，達成外交工作的正常化、合理化和國際化。
民國九十八年六月五日(2009.6.5)
行政院大陸委員會傅棟成副主任委員與香港特區政府政制及內地事務局局長林瑞麟舉行工作會議，達成多項共識並發表聲明指出，為進一步促進台港的交往和加強彼此之間的經貿及其他方面的合作關係，雙方同意推動成立民間性質的新組織，構建台港新的溝通平台，並就相關組織的成立原則及合作方向達成共識。
民國九十八年六月五日(2009.6.5)
經濟部國際貿易局發布新聞稿強調，ECFA內容只規範兩岸經濟往來及合作事項，完全無涉統獨等政治問題。未來與中國大陸協商時，我方將秉持對等、尊嚴、公平的原則，絕對不會自我矮化，亦不可能因為經濟利益而犧牲國家主權。未來政府所簽署的兩岸經濟合作架構協議，也一定會依法送立法院審議，接受國會監督。
民國九十八年六月六日(2009.6.6)
內政部入出國及移民署發布新聞稿表示，為因應開放兩岸專業與商務交流活動持續擴大發展，提供更便捷之申請程序，內政部已發布修正「大陸地區專業人士來臺從事專業活動許可辦法」，另公告修正「大陸地區專業人士來臺從事專業活動邀請單位及應備具之申請文件表」，及「大陸地區人民來臺從事商務活動許可辦法」等部分條文修正案。
民國九十八年六月八日(2009.6.8)
內政部發布修正「大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法」，放寬大陸地區人民來臺探親及停留期間、探病或奔喪之親等；另增列大陸地區人民來臺接受醫療服務常態化及大陸地區人民因繼承遺產由機關管理者，得申請進入臺灣地區申辦領取遺產及停留期間等規定。
民國九十八年六月十日(2009.6.10)
總統府公共事務室就馬總統「識正書簡」概念提出說明表示，「識正書簡」是針對大陸13億使用簡體字的人而建議的，目的是希望大陸民眾逐漸認識代表中華文化特色的正體字，因此印刷體應儘量使用正體字，在書寫上可寫簡體字。由於台灣人都認識正體字，因此在台灣沒有提倡「識正書簡」的必要。
民國九十八年六月十一日(2009.6.11)
馬英九總統接見中國青年創業協會總會理監事及各縣市理事長時強調，我們看待大陸，不能只靠大陸的市場，這只是我國所有市場的一部份而已，我們希望把市場擴展到新興國家，因此我們應該設法把這部分當成努力的重點，分散市場及外銷產品，藉以降低風險。
民國九十八年六月十六日(2009.6.16)
立法院審查兩岸條例第25條之2修正草案，未能完成立法程序，行政院大陸委員會發布新聞稿表示，該條文修正內容係尊重立法院決議，讓海運協議稅收互免之執行依據更為明確，同時也考量兩岸後續協商可能涉及空運「稅收互免」及兩岸避免雙重課稅等議題，故本次修正特參考我國執行與外國簽署租稅互免協定之相關法律規定，訂定法源依據，讓修法更為周延完備。
民國九十八年六月十八日(2009.6.18)
行政院大陸委員會在嘉義市舉辦「大陸政策暨兩岸協商南部說明座談會」，賴幸媛主任委員表示，推動兩岸關係最高原則是「以台灣為主、對人民有利」，不會犧牲國家主權換取經濟利益，ECFA是單純兩岸經貿交流事務，不涉主權、政治，沒有公投必要。
賴主委表示，兩岸已建立制度化協商機制，保障台商人身、財產安全及工作權益，未來將列入兩岸協商優先議題。
民國九十八年六月十九日(2009.6.19)
馬英九總統參加「第六屆全球華文網路教育研討會開幕典禮」時強調，要想與中華文化接軌，勢必要認識正體漢字，「識正書簡」是對中國大陸說的，不是針對台灣，台灣並不需要作任何的改變，我們希望大陸有更多使用正體漢字的機會，讓他們與中華文化接軌，從正體漢字來理解中華文化的精髓。
民國九十八年六月十九日(2009.6.19)
馬英九總統接見美國學者謝淑麗（Susan Shirk）教授一行時表示，希望能與大陸完成經濟合作架構協議（ECFA）的談判，這其實是類似各種不同形式的自由貿易協定（FTA），有助兩岸貿易與投資的正常化；此外，他也倡導「外交休兵」，不排斥友邦與大陸發展經貿關係。
民國九十八年六月十九日(2009.6.19)
行政院大陸委員會發布新聞稿，就「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」提出說明，陸委會表示，兩岸條例第74條以及「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」第10條規定，是在體現國際司法互助「不違反己方法律原則」、避免裁判歧異、減省民眾訴訟耗費等精神而制定與簽署。我國法院並非照單全收，也不會完全接受大陸法院的判決，而是由我國法院依照我國法律規定，並在不違背我方公共秩序或善良風俗之情形下，經過「認可」程序之後，大陸法院的判決才有可能在我國進行執行程序，大陸法院之判決如果有違反我國法律規定或有違我方公序良俗的情形時，法院將會不予認可，絕不會有「讓中國不公不義的法院判決效力延伸到台灣境內」情形發生。
民國九十八年六月廿二日(2009.6.22)
馬英九總統接見日本貿易振興機構（JETRO）理事長林康夫時強調，政府推動與大陸洽簽ECFA協議，不會談判台灣的未來，也不會觸及統一或獨立等問題，純粹只是經貿協議，目的就是希望讓兩岸經貿關係正常化，有利於強化台灣的經貿實力，並盼望能進一步與其他國家進行類似協商，促進經貿往來的自由化與正常化。
民國九十八年六月廿四日(2009.6.24)
行政院大陸委員會發言人劉德勳表示，目前沒有與對岸協商政治議題的規劃。兩岸應該透過制度化協商，以務實態度，深化交流，累積互信基礎，才能往前推進，討論更為複雜、困難的議題。
民國九十八年六月廿五日(2009.6.25)
馬英九總統主持陸海空軍將官晉任布達暨授階典禮時表示，政府致力於兩岸經貿交流合作的正常化，進行多次對等協商，簽訂九項協議，有效降低台海緊張。儘管我們追求兩岸和平，也相信台海間發生戰事的可能性愈來愈小，但面對中共對台部署超過1000枚的短中程飛彈，台海安全的成脅呈現多元化，國軍仍不可鬆懈建軍備戰，還是要貫徹「固若磐石」的策略，打造一支小而精、小而強的國防勁旅，以保衛台灣人民的身家安全，為亞太和平創造條件，並在國際上爭取更佳的發展機會。
民國九十八年六月廿五日(2009.6.25)
行政院大陸委員會副主委劉德勳宣布，經過和大陸協商，確定第三次江陳會達成的三項協議，正式生效。
民國九十八年六月卅日(2009.6.30)
行政院大陸委員會傅棟成副主委表示，大陸138家國有企業中，9家軍方投資企業不得來台投資外，其他的129家國有企業，若涉及敏感性問題，主管機關可禁止來台投資，原則禁止，視個案審查。在開放項目的考量原則上，以有助於國內產業發展、帶動投資、增強外國人對台灣投資環境信心，以及配合兩岸簽署的協議中，雙方承諾先開放的投資項目，包括航空運輸業與船舶運送業等為優先開放。
民國九十八年七月二日(2009.7.2)
馬英九總統在巴拿馬國會發表演說時表示，在去年五月就職時宣布在中華民國憲法的架構下採取「不統、不獨、不武」的政策，維持台海的現況，並且基於「正視現實、建立互信、擱置爭議、求同存異、相互尊重、共創雙贏」的原則，重啟兩岸停滯多年的制度性協商，簽訂九個協議，現在計劃與對岸簽訂經濟合作架構協議，進一步把雙方關係正常化。
民國九十八年七月二日(2009.7.2)
行政院大陸委員會劉德勳副主委在例行記者會表示，兩岸有關航路的協商，必須在不影響國家安全的基礎上進行，國家安全是必要考量，我方已在第三次江陳會談中明確表示，海峽中線航路不在協商規劃之內。
民國九十八年七月三日(2009.7.3)
馬英九總統在巴拿馬與媒體座談時表示，希望下一步協商兩岸經濟合作架構協議(ECFA)；對於海峽中線問題，第三次「江陳會」前，對方也有類似建議，但海峽中線是空軍演訓場所，實在無法開放，已多次向對岸說明。
民國九十八年七月三日(2009.7.3)
經濟部發布「大陸地區人民來臺投資許可辦法」及「大陸地區之營利事業在臺設立分公司或辦事處許可辦法」，自98年6月30日施行。
民國九十八年七月五日(2009.7.5)
馬英九總統在尼加拉瓜僑胞午宴致詞時表示，自從去年5月就任以來採取「活路外交」政策，台海兩岸外交休兵，過去一年多來台灣與邦交國及非邦交國的關係逐漸擴大，也增強許多。兩岸外交休兵，僑務也應休兵，讓僑胞們能在僑居地共同努力，維護權益及共謀福祉。
民國九十八年七月八日(2009.7.8)
針對近日以來，新疆烏魯木齊發生嚴重流血衝突及人員傷亡事件，行政院大陸委員會表示，政府對於在此一事件中出現的暴力行為，嚴厲譴責；對於因此造成的傷亡，表示高度的關切與遺憾。陸委會呼籲，相關方面均應該儘量保持冷靜與克制，以和平、理性的溝通方式處理後續問題。對於因為此一事件遭受逮捕的民眾，政府也呼籲大陸當局在司法的調查、審理過程中，給予他們人道、公平、公正的待遇，以期儘快還給無辜的人自由與清白。
民國九十八年七月九日(2009.7.9)
馬英九總統接見「第五屆兩岸經貿文化論壇」代表團致詞時表示，「兩岸經貿文化論壇」的目的是為了促進交流，以後不妨稱為「兩岸論壇」；此外，大陸政策如果只有國民黨參與制訂，而沒有其他黨派的意見，力道不夠強、代表性也不足，因此國民黨一定要能謙虛與包容。
民國九十八年七月九日(2009.7.9)
馬英九總統接見工商建設研究會代表致詞時表示，政府正積極籌劃與大陸進行有關「經濟合作架構協議」（ECFA）的協商工作，理由就是避免台灣在東亞區域經濟整合過程中被邊緣化；其次則是加速正常化，因為許多政治的問題讓兩岸無法進一步洽談，透過ECFA的簽訂排除政治上的障礙，將有利兩岸經貿正常化。
民國九十八年七月九日(2009.7.9)
行政院大陸委員會「關懷大陸配偶」網站專區正式啟用，賴幸媛主任委員表示，網站專區的啟用標誌著政府關心陸配權益的努力已經獲得階段性成果。
民國九十八年七月十一日(2009.7.11)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在紐約表示，中華民國政府的兩岸政策戰略目標就是要「保障台灣安全、彰顯台灣主體性、促進台灣繁榮與維持台海和平穩定現狀」。去年520以來，政府就是在「以台灣為主，對人民有利」的原則下，以「成熟、穩健、有節奏」的步伐循序推動兩岸政策。政府推動ECFA絕不會涉及統獨與主權問題，也不會有任何政治前提，至於ECFA的推動時程，預計今年內兩岸將有機會就此議題進行商談，並可望在明年簽署。
民國九十八年七月十三日(2009.7.13)
行政院大陸委員會劉德勳副主委表示，推動ECFA涉及兩岸個別研究及共同研究，目前經濟部、陸委會等相關部門正針對ECFA積極進行嚴謹的評估及研究工作，等到雙方完成各自研究及準備後，將進行技術層面的共同研究及先期溝通。劉副主委強調，如果能夠建立一定的共識，預期在今年內兩岸應有機會就此議題進行商談。
民國九十八年七月十四日(2009.7.14)
行政院長劉兆玄參加工商協進會早餐會致詞時表示，兩岸工作不能一廂情願，必須以謹慎、有智慧的做法與對岸進行互動。不管是簽訂兩岸金融監理合作備忘錄(MOU)或兩岸經濟合作架構協議(ECFA)，政府一方面要積極準備，另一方面也會步步為營，腳踏實地把工作做好。
民國九十八年七月十四日(2009.7.14)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員要邀出席美國華府布魯金斯研究所研討會致詞表示，中國大陸針對台灣的軍事部署仍是兩岸關係發展中，必須袪除的最大障礙；高政治性的兩岸議題包括建立兩岸軍事互信機制及兩岸和平協議，都需待互信累積更為紮實後再行探討。現階段仍將藉由擴大兩岸經貿及文化交流，深化兩岸合作，俾強化雙方未來政治談判的互信基礎。
民國九十八年七月十六日(2009.7.16)
行政院大陸委員會趙建民副主委在例行記者會表示，由於立法院尚未完成「承認大陸學歷」三讀立法程序，所以現階段仍然「不承認台灣學生在大陸高等院校所修習的學分」。
民國九十八年七月十八日(2009.7.18)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在華府向僑界說明兩岸政策時指出，兩岸關係的進一步發展，必須尊重彼此存在，在國際社會也應落實「互不否認」的精神，以「對等、尊嚴」開創兩岸在國際合作的新局。賴主委強調，中國大陸必須尊重中華民國的生存空間與國際尊嚴，充分理解台灣人民的感情與期待，才能為兩岸關係的永續發展，建構穩固利基。
民國九十八年七月十九日(2009.7.19)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接受華盛頓時報(Washington Times)國際版專訪時指出，儘管兩岸關係有所改善，我國仍然極為關切中國大陸持續針對台灣擴張軍備所造成的威脅。並呼籲，台灣是一個民主高度發展的國家，如果中國大陸期盼贏得台灣的民心，就必須解除對台灣的軍事威脅，以利兩岸關係獲得更進一步的改善。
民國九十八年七月廿三日(2009.7.23)
行政院大陸委員會副主委劉德勳在例行記者會中表示，兩岸媒體互設常駐機構一事仍需兩會商談，雖然雙方曾各自表達過意見，但還沒有確認的方向。
民國九十八年七月廿七日(2009.7.27)
行政院大陸委員會對崔世安先生當選澳門第3屆行政長官表示祝賀之意，並希望未來台澳關係能更進一步開展。
民國九十八年七月廿七日(2009.7.27)
馬英九總統當選國民黨主席，回覆中共總書記胡錦濤的賀電中指出，希望今後雙方仍須順應民意，繼續在「正視現實、建立互信、擱置爭議、共創雙贏」的原則下，不斷努力，以鞏固海峽和平、重建區域穩定、促進兩岸持續發展與繁榮。
民國九十八年七月廿九日(2009.7.29)
馬英九總統接受「聯合晚報」專訪時強調絕大多數台灣人民都是支持維持現狀，統、獨兩者目前都不可行，對台灣發展沒有必要，現在我們只要維持現狀，但加強對大陸交流；兩岸已透過非正式管道溝通ECFA，未來將加速協商簽訂事宜。也指出，ECFA純粹是經濟問題，不涉政治層面，未來的協議裡，「不會提到一個中國、和平統一、一國兩制」等字眼。
民國九十八年七月卅日(2009.7.30)
行政院大陸委員會劉德勳副主委在例行記者會上表示，政府研議中的ECFA，是一個整體架構評估，不會從區域角度來思考這個問題。ECFA能否放到第四次江陳會來談，要看屆時第四次江陳會舉行時，ECFA是否已經談得夠成熟，只要夠成熟，就可以隨時放進來。
民國九十八年八月五日(2009.8.5)
馬英九總統出席「2009世界和平大會」開幕典禮時指出，我們一方面促進兩岸和平發展，一方面也將兩岸和解的作為延伸到國際社會，他3次出訪中南美洲友邦，向國外友人及僑胞說明「活路外交」政策；也很明確的向友邦說明，不反對友邦和大陸發展非官方經貿關係的立場。
民國九十八年八月六日(2009.8.6)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接見美國眾議院「國會台灣連線」共同主席金格瑞先生等一行時表示，兩岸關係逐漸改善，應持續溝通、對話以及協商，逐步累積互信，為未來的永久和平奠定基礎。
民國九十八年八月十一日(2009.8.11)
馬英九總統出席「亞洲太平洋國會議員聯合會」 (APPU)第40屆年會時強調，致力改善台灣與中國大陸的關係，讓台灣成為國際的和平締造者，也會繼續加強我國與邦交國及非邦交國的關係。
民國九十八年八月十二日(2009.8.12)
行政院大陸委員會發布新聞稿，就大陸對我「莫拉克」水災給予慰問及捐輸表達誠摯謝忱並表示，為有效運用大陸地區之捐助資源，我政府部門已協調成立專責聯繫窗口。
民國九十八年八月十二日(2009.8.12)
內政部入出國及移民署表示，修正兩岸人民關係條例第17條，大陸配偶取得我國身分證時間由8年縮短為6年，並取消團聚結婚須滿2年始得申請依親居留之規定。
民國九十八年八月十四日(2009.8.14)
馬英九總統接見東莞台商協會代表時表示，下一步我們要跟大陸談的是「經濟合作架構協議」（ECFA），內容是「就經濟論經濟」的架構協議，希望能夠針對一些需要儘快解決的部分，如關稅減讓，訂定「早期收穫條款」（Early Harvest Clause），讓台灣產業不要受到傷害。
民國九十八年八月十八日(2009.8.18)
行政院大陸委員會發言人劉德勳副主委表示，「莫拉克」颱風重創南台灣，造成重大災情，中國大陸及港澳各界持續向台灣表達關切及慰問，並以積極行動提供救援物資及捐款，陸委會代表政府及受災民眾表達謝忱。
民國九十八年八月十九日(2009.8.19)
行政院大陸委員會發布新聞稿，感謝大陸捐贈組合屋的人道關懷與善意的表現。大陸方面對南台灣受災民眾的關心與即時的人道協助，讓我方充分感受到溫暖與善意。陸委會再次表達衷心感謝之意。
民國九十八年八月廿一日(2009.8.21)
馬英九總統接見美國聯邦眾議院外交委員會主席柏曼（Howard Berman）眾議員等一行時表示，兩岸關係的改善使得台灣與美國在安全方面的關係變得相對更為單純。在政府提出不統、不獨、不武的政策下，我們可以同時維持與美國及大陸的友好關係，讓三方都可以在彼此的關係中找到雙贏或多贏的可能性。
民國九十八年九月一日(2009.9.1)
馬英九總統接見美國在台協會台北辦事處新任處長司徒文（William Stanton）時表示，政府一方面改善兩岸關係，同時也改善與美國、日本及歐盟的關係，讓彼此間獲得平衡。一年多來，我們漸漸發現這種平衡的政策符合各方利益。
民國九十八年九月三日(2009.9.3)
行政院大陸委員會劉德勳副主委在例行記者會表示，兩岸交流過程中，我們特別強調民主、自由，這是兩岸交流重要的基礎，也是普世價值，大陸方面應該相當了解。達賴來台為宗教關懷之行，台灣人民接受、認同並感謝其關懷。如此單純的行程，希望不要影響到兩岸好不容易建立的互信基礎。
民國九十八年九月七日(2009.9.7)
馬英九總統出席「八八水災全國追悼大會」致詞時表示，感謝中國大陸對「八八水災」災民提供的捐助、救援與關懷，希望兩岸未來在災難救助與重建方面，能相互學習經驗與合作，共同抵禦自然災害。
民國九十八年九月八日(2009.9.8)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接見比利時國會參眾議員訪問團時表示，政府推動兩岸制度化協商，以溝通協商取代衝突對立，終將為台海永久的和平穩定奠定堅實的基礎。賴主委進一步表示，除了兩岸經貿關係正常化之外，政府「外交休兵」的政策，讓兩岸停止爭奪邦交國的零和遊戲，今年我國更首度以觀察員身分獲邀參與「世界衛生大會」（WHA），顯見兩岸關係的改善，為我國爭取到更寬廣的國際空間。
民國九十八年九月九日(2009.9.9)
馬英九總統接見海地共和國外交部長尼古拉(Alrich Nicolas)時表示，自他上任以來，採取彈性外交策略，使台灣能在互信、尊重與責任的原則下，與世界其他各國相互交往，並與中國大陸改善關係，降低兩岸緊張局勢。總統表示，希望兩岸和解能延伸到國際社會，我國不再反對我們的友邦國家與中國大陸建立經貿往來關係。
民國九十八年九月九日(2009.9.9)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接見美國在台協會台北辦事處新任處長司徒文時強調，兩岸推動制度化協商，以溝通協商取代衝突對立，終將為台海永久的和平穩定奠定堅實的基礎。賴主委表示，兩岸關係是一種動態發展的過程，在過程中難免遭遇若干波動，但在兩岸雙方有智慧、相互理解的溝通、處理下，兩岸關係必然會朝和平、穩定的正確方向繼續發展。
賴主委表示，未來兩岸政策仍舊是以「成熟、穩健、有節奏」的方向循序漸進積極推動，也將符合兩岸、區域及美國的共同利益，她呼籲台美能持續提升雙邊關係，增強兩國堅實的友誼。
民國九十八年九月十七日(2009.9.17)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接受中央社專訪時表示，，ECFA只規範兩岸經濟合作事項，不涉及統獨及主權問題，更不會是「一國兩制」下，大陸與港澳簽署的「建立更緊密經貿關係的安排」（CEPA）。
賴主委表示，在簽署前，陸委會將廣徵民意，並向立法院充分說明，簽署後再依兩岸人民關係條例相關規定，送請立法院審議，落實國會監督，但似乎沒有必要耗費社會資源辦理公投。
賴主委表示，現在兩岸官員可在兩岸兩會的架構下，同坐談判桌進行協商，她不排除有一天與國台辦主任王毅坐下來，共商兩岸關係的良性發展，這也是兩岸關係正常健康發展的一環。
民國九十八年九月十八日(2009.9.18)
行政院吳敦義院長在立法院施政報告時表示，我們將秉持「以臺灣為主，對人民有利」的基本原則，穩健、循序地推展兩岸關係，逐步完成兩岸金融監理合作備忘錄（MOU）及兩岸經濟合作架構協議（ECFA）的簽署；未來任何兩岸重要協議的簽署，也都必須在「國家需要」、「民意支持」及「國會監督」的原則下進行。以國人非常關心的ECFA為例，未來兩岸在協商的過程中，我們所秉持尋求臺灣利益極大化、衝擊極小化的基本立場絕不退讓，同時我們也將透過相關鼓勵與輔導措施，因勢利導，協助相關產業轉型升級，有效降低對特定產業的不利影響。
吳院長表示，我們一向秉持「尊嚴、自主、務實、靈活」的原則，持續推展「活路外交」，促使兩岸和解休兵，務實處理實質議題。未來，我們將加強拓展與非邦交國家的實質關係，並積極參與有助臺灣發展的功能性國際組織。
民國九十八年九月十八日(2009.9.18)
行政院吳敦義院長向立法院提出的書面施政方針報告中表示，將稟持下列原則推動兩岸關係發展：
一、遵循對等尊嚴原則，持續規劃推動兩岸協商互動，鞏固臺灣優勢，厚植臺灣政經實力；擴大凝聚共識，團結內部力量，促進兩岸繁榮發展，維繫臺海和平穩定。
二、秉持「以臺灣為主，對人民有利」原則，持續推動兩岸經貿協商，建立兩岸經貿互動新架構，促進兩岸經貿關係正常化；因應全球經濟環境變化，強化對大陸臺商聯繫與服務。
三、檢討現行法制及規劃推動研修工作，完善配套管理機制，提升交流品質，建立兩岸交流新秩序。
四、強化大陸政策整體文宣作為，增進與社會各界溝通工作，擴大宣導對象與層面，透過多元管道強化國際宣導，爭取海內外認同與支持。
民國九十八年九月廿四日(2009.9.24)
內政部公告：修正大陸地區人民來臺從事觀光活動之數額、實施範圍及實施方式，自即日生效。
民國九十八年九月廿九日(2009.9.29)
馬總統視導金門國軍官兵部隊時表示，兩岸關係愈來愈緩和，但中國大陸對我們的部署並沒有改變，迄今仍有約1000多枚飛彈對準台灣。總統表示，儘管發生戰爭的機率非常小，政府也用一切力量防止戰爭的發生，相關建軍備戰的努力都不能鬆懈，所謂「毋恃敵之不來，恃吾有以待之」，我們必須「料敵從寬、禦敵從嚴」，維持應有的戰備。
民國九十八年九月廿九日(2009.9.29)
馬總統出席世界台灣商會聯合總會第15屆年會時表示，我們不只將大陸視為工廠，應進一步作為產品銷售市場，增加我們的經濟利益，這是政府要和大陸簽訂「兩岸經濟合作架構協議」（ECFA）的原因。總統也指出，改善兩岸關係，不只改善兩岸間的貿易關係，更重要的是，也擴大台灣在國際社會的空間，政府未來仍會繼續努力爭取參與國際組織或活動。
民國九十八年九月卅日(2009.9.30)
行政院大陸委員會公布最新民調指出，六成民眾贊成今年年底前在台灣舉行第四次兩岸協商；有近五成五的民眾支持推動兩岸經濟合作架構協議（ECFA）。此外，台灣國際參與的議題，多數（60%）認為兩岸關係改善有助於擴大台灣的國際空間，而贊成政府優先爭取參與聯合國專門機構的民眾，亦高達七成以上。
民國九十八年十月一日(2009.10.1)
行政院長吳敦義於院會中表示，為搭建兩岸產業合作平台，經濟部自97年12月啟動「搭橋專案」，至今已促成80餘家企業進行合作及簽訂合作意向書，成功促成兩岸產業初步的交流互動。未來應繼續擴大並深化兩岸在市場、標準、技術、法規等面向合作，並視產業需求繼續推動兩岸試點的合作計畫，逐步建立起兩岸經貿合作關係。
民國九十八年十月一日(2009.10.1)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員表示，政府將穩健開展、加速推動，儘量爭取與中國大陸及早完成ECFA協商工作，而在過程中，行政部門將接受「高度國會監督」，就ECFA議題與立法院隨時溝通、隨時磋商，讓國會充份了解協商的進度，等兩岸協商完成，並經立法院完成審查程序後，ECFA才會正式生效及施行。
民國九十八年十月五日(2009.10.5)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員於國立政治大學舉辦的「中共建政60年回顧與展望」研討會中，以英文發表「現階段兩岸關係與政府大陸政策」專題演講。賴主委強調，兩岸彼此間長期累積的問題，有賴雙方擱置爭議、逐步解決。政府推動兩岸協商，始終是秉持「以臺灣為主，對人民有利」的原則，從未在堅持兩岸對等及國家尊嚴上有任何妥協；在協商的優先順序上，也是採取「先易後難」、「先急後緩」、「先經後政」的作法，以推動兩岸經貿關係正常化及維護交流秩序作為最優先的考量。對於建立兩岸軍事互信機制等政治議題，政府各相關單位皆有研究，但兩岸就此談判的條件仍不成熟，我們對兩岸政治談判尚無預設推動的時間表。
民國九十八年十月八日(2009.10.8)
馬英九總統接見「2009年美國新銳政策菁英訪華團」時表示，在兩岸關係上，政府的基本態度是以經濟關係為優先，主要是因為經濟攸關民生，因此政府會優先處理「兩岸經濟合作架構協議」（ECFA）這類議題。
民國九十八年十月八日(2009.10.8)
行政院長吳敦義接見全美臺灣同鄉聯誼會回國訪問團時表示，在朝向兩岸和平發展的同時，臺灣也會與美國、日本、歐洲、東南亞等國家，維繫更好、更密切的關係，並且台灣也會發展小而精、小而強的國軍，以確保捍衛國土，保全人民最基本的國防力量。
民國九十八年十月八日(2009.10.8)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接見美國智庫「新美國安全中心」訪團時表示，目前包括軍事互信機制、和平協議等議題協商的主客觀條件尚未成熟，現階段兩岸需要累積更多的互信，對於政治性議題的協商我們並不排斥，但也未預設時程表。
民國九十八年十月八日(2009.10.8)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接見「全美州檢察長協會」訪問團時強調，兩岸在今年4月簽署「海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議」，雙方在「全面合作、重點打擊」原則下建立制度化的打擊犯罪合作機制，共同維護兩岸的交流秩序。
民國九十八年十月十日(2009.10.10)
馬英九總統主持「中華民國建國98年國慶典禮」時表示，兩岸在「九二共識」的基礎上，簽署了9項協議。將來兩岸關係的和平發展仍需雙方抱持信心，正視現實，循序漸進，以擴大互信，求同化異。如今兩岸關係雖然大幅改善，我們卻從未輕忽對岸的軍事威脅。我們積極尋求海峽和平，但絕不會犧牲臺灣的國防安全。因此，「防衛固守，有效嚇阻」的國防戰略仍是我們的堅持。
民國九十八年十月十四日(2009.10.14)
行政院長吳敦義出席98年行政院「穩健與繁榮」大陸工作研習會時表示，大陸政策應掌握「以台灣為主，對人民有利」原則，不論外交、經貿、文化及國防等政策的推動，均應以維護中華民國，確保臺灣二千三百萬人民的生命財產安全為依歸；政府所推動的兩岸政策，將會稟持和平發展的路線，以確保國家主權的完整。並強調，在與大陸發展兩岸關係的同時，我們也要維持及加強我國與美國、日本、歐洲等全世界愛好自由民主法治國家的關係；台灣也必須要能夠確保自我防衛的能力，絕不能將臺灣人民的安全福祉及國家的安定，完全寄託在兩岸關係的改善上。
民國九十八年十月十六日(2009.10.16)
馬英九總統接見美國智庫「戰略與國際研究中心」（CSIS）大平洋論壇代表團時表示，兩岸休兵的緩和氛圍不僅為兩岸帶來有利發展，也延伸到國際舞台，包括台灣參與亞太經濟合作會議（APEC）、政府採購協定（GPA）、世界衛生大會（WHA）等也有進展。未來台灣的國際參與將優先考慮與台灣安全及便利相關、且不具政治性的聯合國專門機構及其活動，包括「國際民航組織」（ICAO）及「聯合國氣候變化綱要公約」（UNFCCC），對於重返聯合國則採取務實的做法，這也就是「活路外交」中道而務實的精神。
民國九十八年十月十六日(2009.10.16)
行政院長吳敦義出席98年「高階領導研究班」第1期開訓典禮時表示，政府的兩岸政策最重要的就是要能夠掌握「以台灣為主，對人民有利」，以維護中華民國權益，確保臺灣2300萬華人民的生命財產安全。台灣目前出口貿易中有40%是與大陸、香港地區有關，單是從大陸外貿獲得的順差，就高於政府每年總預算，因此必須要審慎處理兩岸關係。
吳院長並強調，在與大陸發展和平關係的同時，我們也要加強與美國、日本、歐洲等愛好和平國家的關係；台灣必須要能夠確保自我防衛的能力，包括小而精、小而強的國軍，我們絕不能將臺灣人民的生命財產及國家安全寄託在兩岸關係的改善上。
民國九十八年十月廿日(2009.10.20)
行政院大陸委員會公佈最新的民調顯示，46.3%民眾贊成與大陸簽訂MOU，60%民眾認為MOU有助於健全兩岸金融交流秩序，53%的民眾認為對台灣的金融業發展將有好的影響。未來與大陸洽談開放金融市場時，有七成的民眾認為應該採取比國外銀行更嚴格的限制。
民國九十八年十月廿一日(2009.10.21)
交通部令：訂定「大陸地區觀光事務非營利法人來臺設立辦事處從事業務活動許可辦法」，自即日施行。
民國九十八年十月廿一日(2009.10.21)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員接見美國堪薩斯州州長柏金森夫婦時表示，目前政府大陸政策是以「溝通協商取代衝突對立」，循序漸進的推動兩岸制度化協商，也透過制度化協商逐步累積互信。推動兩岸協商最重要的基礎，即是擱置爭議，務實面對兩岸現狀，優先解決攸關人民利益的事項，包括兩岸經貿、文化、社會等各層面交流互動所衍生的問題。
民國九十八年十月廿三日(2009.10.23)
行政院新聞局公告：修正「大陸地區影視節目得在臺灣地區發行、映演、播映（送）之數量、類別、時數」，並修正名稱為「大陸地區影視節目得在臺灣地區發行映演播送之數量類別時數」，自即日生效。
民國九十八年十月廿五日(2009.10.25)
馬英九總統在金門參加古寧頭戰役六十週年紀念大會時表示，希望兩岸都能夠為人民著想，為人民找出和平相處之道，也希望金門的建設能夠在兩岸和解之後大幅進步。
民國九十八年十一月一日(2009.11.1)
行政院農委會表示，政府針對兩岸簽署 ECFA， 已多次重申不再進一步開放中國大陸農產品之立場，也未將農產品開放議題納入 ECFA 諮商，因此兩岸簽署 ECFA 並不會衝擊我國農業。另我國亦將在 ECFA 架構下，與中國大陸進一步建立兩岸農業智慧財產權協商機制，以順暢我農產品出口，保護國內農民權益。
民國九十八年十一月二日(2009.11.2)
行政院大陸委員會發言人劉德勳副主任委員指出，四項協議簽署將近一年，為兩岸經貿交流正常化帶來不少實質效益，在野黨的批評與媒體的報導與事實有很大出入，並表示：大陸旅客赴台灣旅遊並未排擠國際觀光旅客；兩岸空運協議簽署增加客運航點及航班，大幅縮短航行時間；兩岸海運協議適用對象亦包括兩岸資本權宜船；兩岸郵政協議有助資金匯回台灣；兩岸已建立制度化食品安全聯繫窗口及常態交流機制；六、兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議：自協議生效迄今，雙方相互提出之各式 請求案件共計2299件。
民國九十八年十一月三日(2009.11.3)
行政院長吳敦義參加「工商建研會」午餐會致詞指出，我國從去年開始將烽火外交修正為活路外交，就是證明政府有心打開台灣的工商業通路，真正為台灣人民謀福利。政府的一切作為都遵循「以台灣為主、對人民有利」的方針，包括簽訂ECFA、MOU等，一定都以此作為依據。
民國九十八年十一月四日(2009.11.4)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員參加「第13屆兩岸新聞報導獎」頒獎典禮致詞時表示，隨著兩岸交流活動的增加，兩岸新聞的範疇也更廣闊。期待不久的將來，大陸的網民們可以透過網路看到台灣記者的報導，對台灣的理解不再是只能透過大陸媒體的報導，而是能從台灣記者的報導中認識台灣，這才是兩岸新聞交流的真諦。
民國九十八年十一月五日(2009.11.5)
馬英九總統接見參加「2009APEC領袖會議」代表團時表示，新政府上任以來，一直積極推動擴大台灣國際空間的外交政策，未來我國除希望繼續維持參與世界衛生大會（WHA）的成果，並盼能參與「國際民航組織」（ICAO）與「聯合國氣候變遷架構公約」（UNFCCC），除可讓國際社會瞭解台灣希望回饋的用心，並可向國人展現新政府改善外交與兩岸關係的各項成果。
民國九十八年十一月十日(2009.11.10)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在花蓮縣的「開創兩岸新局、追求互利雙贏」座談會上表示，政府推動與中國大陸的制度化協商，不僅是要為兩岸經貿活動訂出基本規則，更是要規劃出一條讓台灣與世界接軌的護台路線。而堅守「以台灣為主、對人民有利」是當前兩岸互動的最高指導原則，以台灣為主就是捍衛台灣主體性，中華民國是一個主權獨立的國家，台灣的前途由兩千三百萬人共同決定；對人民有利，就是兩岸協商的成果要為全民共享、對全民有利，而不是只對特定財團有利。
民國九十八年十一月十二日(2009.11.12)
行政院吳敦義院長赴大陸委員會巡視時表示，在兩岸協商過程中，一定要據理力爭，為臺灣2,300萬人民爭取最大的福祉；在規劃與推動大陸政策時，要依據馬總統所提示「以臺灣為主，對人民有利」的原則，作法要嚴謹、要有節奏、要有秩序，行穩才能致遠，要做大陸政策的推動者與把關者，必要時該踩煞車就要踩。兩岸政策國會的支持是很重要的一環，依據憲法所訂行政、立法分際原則，相關機關在重大大陸政策或相關措施的形成與推動上，例如「ECFA」，都應該在適當的時候，充分地接受國會的監督與在野黨的鞭策，並與國會進行溝通及做完整的說明，以爭取支持，落實「國會高度監督」的原則。
民國九十八年十一月十三日(2009.11.13)
行政院大陸委員會副主委高長在「98年度兩岸政策論壇－ECFA南部地區會議」中表示，ECFA是架構性協議，對台灣並沒有立即性的影響，政府會守住不進一步開放大陸農產品及大陸勞工來台的承諾，也會盡力爭取我方最大利益。
民國九十八年十一月十三日(2009.11.13)
行政院大陸委員會劉德勳副主委表示，會在兩岸兩會制度化協商的架構下處理ECFA，劉副主委表示，ECFA將會符合WTO精神，同時兩岸兩會在過去一年已簽署9項協議，ECFA也會在兩岸兩會制度化協商的架構下處理，與過去簽署兩岸協議的處理方式一樣。
民國九十八年十一月十六日(2009.11.16)
行政院金融監督管理委員會（以下簡稱金管會）陳主任委員分別與大陸「銀監會」、「保監會」、「證監會」的正職首長，以互遞方式完成簽署兩岸銀行、保險、證券期貨等三項金融監理合作瞭解備忘錄（MOU）的簽署事宜。
民國九十八年十一月十七日(2009.11.17)
行政院大陸委員會針對「歐胡會」後聯合聲明，發表回應表示：
一、陸委會樂見歐巴馬總統對台海情勢和緩，表達肯定及稱讚，這與一年多來國際間對台海關係的反應是一致的。
二、歐巴馬總統重申在台灣關係法的基礎上，支持兩岸關係進一步發展與聯繫，這是美國長期以來的政策。陸委會表示，政府會在確保台灣安全的基礎上，持續改善兩岸關係。
三、兩岸關係的改善，符合區域及兩岸利益，也與美中加深瞭解與交流的趨勢一致，政府會將繼續推動兩岸制度化協商與交流。
民國九十八年十一月十八日(2009.11.18)
教育部對於開放陸生來台及採認大陸學歷事宜，教育部表示乃是在秉持臺灣優先、維護臺灣整體利益、提升臺灣國際競爭力的前提下，基於「階段性、漸進開放、完整配套」原則，仍以「三限」及「六不」來規劃相關政策及配套措施。
教育部長吳清基表示，將爭取在明年六月前開放台灣的大學院校招收大陸學生，每年名額約為二千人，但大陸生不能參與公務員考試。而台灣也將承認大陸學歷，初期將以北大、清華等「九八五工程」為主的四十一所大學學歷，並擬追溯至一九九七年；不過，中醫和西醫等醫院學歷則不在開放及承認的範圍內。
民國九十八年十一月十九日(2009.11.19)
馬英九總統接見中華民國工業協進會理事長及會員時表示， ECFA還在協商階段，政府一定會秉持「國家需要、民意支持、國會監督」原則，在適當時間公開內容，並向國會報告；簽訂後也會送交立法院審查，如果立法院沒有通過，就不會實施。談判及決策的過程中，政府也一定堅持「以台灣為主、對人民有利」原則，捍衛台灣的利益。
民國九十八年十一月十九日(2009.11.19)
行政院長吳敦義聽取金管會「兩岸簽訂三項金融監理合作暸解備忘錄（MOU）之過程、結果及未來影響」報告後表示，建立兩岸金融監理合作機制，有助於雙方金融業之交流，使金融業者得以佈局大陸市場，並可確保我方有效達成金融監理及維護金融穩定。未來各相關機關處理兩岸協商事務時，應發揮統合互助的力量，並特別注意加強與立法院、相關團體、社會大眾之溝通與宣導工作，爭取民意支持，使相關政策推動更為順利。
民國九十八年十一月十九日(2009.11.19)
行政院大陸委員會中英文全球資訊網全新改版正式上線。新版網站增列「專題報導」，以利重要大陸政策宣導；提供「民意交流」專區，含「民意信箱」、「答客問」、「民意調查」、「討論區」等，增進與各界的意見交流。
民國九十八年十一月廿日(2009.11.20)
馬英九總統接見教宗特使團董高．若瑟樞機主教（JOZEF CARDINAL TOMKO）一行時指出，希望台海和平能持續下去，讓兩岸人民都能在和平環境中追求幸福。我們將繼續促進海峽兩岸和平，除經貿、文化外，與大陸也能在宗教方面進行交流，讓兩岸人民都能同享天主的福音，促使雙方社會繼續向前邁進與發展。
民國九十八年十一月廿三日(2009.11.23)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員會會見美國在台協會理事主席薄瑞光後，發布新聞稿表示，兩岸必須有更多時間互相瞭解、建立互信，國內也必須先建立共識，目前談政治議題並不成熟。賴主委在會見中重申，中華民國是主權獨立的國家，兩岸互不隸屬是現狀。
民國九十八年十一月廿五日(2009.11.25)
馬英九總統出席國軍98年幹部研習會時表示，我們一方面希望能夠化敵為友，但也不能排斥備戰。小而精的精是指品質要高，3S-Super、Strong、Smart是國軍未來的發展方向。這樣做並不是要反攻大陸、攻城掠地，而是要防衛固守，更重要是有效嚇阻。
民國九十八年十二月八日(2009.12.8)
教育部針對研擬大陸高等教育學校採認名冊範圍提出說明，教育部表示，對於研議陸生來臺及大陸學歷採認事宜，教育部係基於「階段性、漸進開放、完整配套」原則，以審慎、嚴謹的方式進行規劃，並組成專案小組審議認可學校名冊，擬採認範圍以大陸較為績優之學校作為採認基準，第一階段將透過大陸高等教育學歷採認審議會研議以985工程之38所學校（扣除國防科學技術大學）及增加北京體育大學、中央音樂學院及中央美術學院等體育、藝術辦學卓著之大學，作為採認範圍之可能性。至於是否擴充認可範圍，將視第一階段辦理情形，審慎評估，目前並無時間表。
民國九十八年十二月九日(2009.12.9)
經濟部國際貿易局就「簽ECFA工作機會增加，本土資金、技術和台商根留台灣並深耕台灣」發布新聞稿表示，政府會以「機會最大化，威脅最小化」的原則，推動洽簽ECFA。由於ECFA為架構協議，其漸進式開放的協議內容，不會有一般FTA立即且全面開放之壓力，未來與中國大陸協商時，將循「先易後難、循序漸進」的方式，對於目前有急迫性、獲共識的議題先處理，其他議題則俟兩岸獲致共識後再逐步推動。
經濟部表示，政府推動洽簽ECFA，主要目的在因應當前嚴峻國際經貿環境，為台灣的經濟競爭力著想，並有助台灣成為外商進入中國大陸市場之優先合作夥伴及門戶，建立以台灣為在東亞地區的生產、行銷、研發與營運的基地，加速台灣發展成為產業運籌中心，並有助於整體供應鏈根留台灣，創造更多就業機會。
民國九十八年十二月十日(2009.12.10)
行政院農業委員會舉行「第四次江陳會談農業議題新聞背景說明會」表示，「兩岸漁船船員勞務合作協議」讓雇用大陸漁工制度化，保障我漁船主的利益，使漁業人力補充和漁工管理更加安全、有效率；此外「兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」建立兩岸未來在動植物疫情通報與食品安全上的機制，對於動植物疫病防治、保障國人健康、拓展我農產外銷市場，以及維護我國生態安全都有重大意義。
農委會也表示，政府保障農民與國人權益，800多項管制的大陸農產品絕對不會開放，而大陸漁工「境外雇用、境外作業、過境暫置」的原則也沒有改變，沒有開放陸勞的問題。
民國九十八年十二月十四日(2009.12.14)
經濟部標準檢驗局就第四次江陳會談將簽署「兩岸標準計量檢驗認證合作」表示，兩岸「共通標準」主要係針對尚未形成國際標準之新興技術領域進行合作，只要技術領先，相關標準自然能引領國際標準發展趨勢，協助產業開拓商機，這是跟時間的競賽，關乎國際新興市場未來版圖分配，機會稍縱即逝，這也是政府積極推動兩岸合作制定共通標準一個很重要的原因。
標準檢驗局進一步指出，兩岸間產品往來因雙方檢驗程序有落差，導致廠商為將產品銷往中國大陸，必須重複檢驗，在金錢或時間成本耗費上均形成嚴重負擔，而「兩岸標準計量檢驗認證合作」即是希望能協助解決上述這些經濟事務技術層面的問題。
民國九十八年十二月十五日(2009.12.15)
經濟部工業局發布「因應貿易自由化，提升產業競爭力之措施」新聞稿表示，政府洽簽ECFA，是兩岸經貿關係朝向自由化發展，台灣朝向國際化之好契機；透過開放或調降關稅，來創造兩岸產業優勢互補互利雙贏。我國除與中國大陸簽訂ECFA外，未來將與其他主要貿易對手國陸續簽訂各項自由貿易協定，故貿易自由化的影響將持續發生。
民國九十八年十二月十五日(2009.12.15)
行政院大陸委員會劉德勳副主委強調，簽署兩岸漁船船員勞務合作協議，並不涉及開放陸勞問題。
民國九十八年十二月十六日(2009.12.16)
經濟部國際貿易局發布新聞稿表示，政府自98年2月宣布推動洽簽兩岸經濟合作架構協議(ECFA)以來，極力爭取民意支持，迄今僅經濟部即已舉辦超過200場次與各界溝通之宣導說明會，對象包括全國工業、商業、服務業等工商協會、各縣市工業會、中小企業協會以及勞工團體等。此外，經濟部亦已建置ECFA官方網站(網址：www.ecfa.org.tw)供各界查詢ECFA之內容及進展。
民國九十八年十二月十七日(2009.12.17)
馬英九總統接見「全加傳統僑團回國參訪團」時指出，推動「活路外交」、「外交休兵」，除了希望改善兩岸關係，也能停止兩岸在國際間不必要的惡鬥，不必為了爭取對方的邦交國進行無謂的內耗。同時，政府也提出「僑務休兵」政策，希望大家以僑社發展繁榮為重，為中華民族和平相處找出解決之道。
民國九十八年十二月十七日(2009.12.17)
行政院大陸委員會公佈民調顯示，有六成的民眾支持透過制度化的協商來處理兩岸交流的問題；針對這次4項協商議題，超過半數的民眾持正面肯定的態度。
民國九十八年十二月十七日(2009.12.17)
經濟部標準檢驗局發布新聞稿表示，兩岸洽談標準計量檢驗認證合作，係順應我產業界的需求。此外，兩岸標準合作重點是在尚未形成國際標準的新興技術領域，希望發揮我產業創新研發的技術優勢搶占國際標準先機，協助我國產業捷足先登深耕大陸，進一步為布局全球新興市場積極備戰。
標準檢驗局重申，兩岸簽署標準計量檢驗認證合作協議，推動兩岸標準、計量、檢驗、驗證認證及消費品安全等5大領域的合作，是為了提升我產業競爭力，以及加強保護國內消費者的權益。政府絕對會堅守國家主權，並秉持「以台灣為主、對人民有利」的原則來推動兩岸事務，請國人安心。
民國九十八年十二月十八日(2009.12.18)
馬英九總統出席「中華民國98年非政府組織國際參與研討會暨成果展」時表示， 1年7個多月推動活路外交與外交休兵政策後，台灣與23個邦交國邦誼穩固，也有機會參與包括亞太經濟合作會議(APEC)、WTO下的重要協定－政府採購協定(GPA)，以及世界衛生組織(WHO)所召開的世界衛生大會(WHA)。希望在兩岸關係改善過程中，對於民間NGO團體的國際參與也能相互尊重，彼此協助，如此兩岸關係才能更平和的發展。
民國九十八年十二月十八日(2009.12.18)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員於「第四次江陳會談」會前記者會，提出兩項呼籲：一、盼國人能在充分保障言論自由下，藉由意見的表達以及尊重他人的過程讓國際社會看到台灣健康成熟的民主法治；二、希望中國大陸可正確了解台灣是一個民主、自由且多元的社會，政府必須保障人民的言論自由。
民國九十八年十二月廿一日(2009.12.21)
行政院大陸委員會副主委趙建民表示，國會與民意的支持，是兩岸制度化協商得以順利運作的關鍵，也是不可或缺的因素，陸委會將在既有基礎上，進一步加強與各界的溝通，希望在包容與和解中尋求最大共識，也期待國內各界對政府推動兩岸兩會制度化協商能理性、務實看待。
民國九十八年十二月廿二日(2009.12.22)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員在台中接見大陸海協會陳雲林會長時表示，台灣人民要有尊嚴的參與國際社會的心聲，尤其NGO活動是民間性質，這類組織參與國際性的活動，如果受到不公平的對待，會讓民眾認為兩岸關係的改善，無助於台灣參與國際空間，並進而否定兩岸這段時間以來，在緩和雙方關係上所做的努力。
賴主委並強調，兩岸的和解絕對不可能在軍事武力威脅的陰影下達成。相信兩岸有足夠智慧審慎地共同面對這個歷史的新局勢，好好掌握，讓兩岸關係向前穩健邁步，走得可長可久。
民國九十八年十二月廿二日(2009.12.22)
第四次「江陳會談」雙方簽署「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作」、「海峽兩岸標準計量檢驗認證合作」、「海峽兩岸漁船船員勞務合作」等3項協議。陸委會新聞稿指出，陸委會高度肯定這次會談的成果。並強調，未來在推動相關政策與協商時，陸委會都將秉持過程透明化、公開化的原則，充分尊重民意、擴大溝通，並且透過各種管道，向社會各界說明具體內涵，讓政府大陸政策的推動能獲得更大共識。
民國九十八年十二月廿四日(2009.12.24)
行政院農業委員會發布新聞稿表示，第四次江陳會談完成「海峽兩岸漁船船員勞務合作協議」及「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」的簽署，最大利益是將來我漁船主可僱用素質高、能適應海上作業之大陸船員，且漁船主與大陸船員有申訴管道處理勞資糾紛，我方之仲介機構由政府自行核准，船員工資及僱用管道明確，使兩岸漁船船員勞務合作朝制度化及正常化發展。
此外，「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」係在務實基礎上，加強農產品檢疫檢驗交流，主要內容包括建立雙方的業務交流機制，強化檢疫檢疫相關訊息的查詢，及時通報重大疫情及安全事件，定期通報不合格案件，建立證明文件查核機制，對重大突發事件進行協處，以及建立農產品安全管理追溯體系，透過考察訪問，實施便捷檢疫檢驗措施等。
民國九十八年十二月廿四日(2009.12.24)
經濟部國際貿易局發布新聞稿表示，政府與中國大陸洽簽兩岸經濟合作架構協議（ECFA），絕對會援引GATT第24條，而非所謂《授權條款》，未來簽署後也會依規定通知WTO。
民國九十八年十二月廿五日(2009.12.25)
馬英九總統接見中國回教協會「98年回教朝覲團」一行時表示，與對岸簽署協議的過程中，都是秉持「以台灣為主，對人民有利」原則。未來雙方將進一步洽商簽訂「兩岸經濟合作架構協議」（ECFA），是為了避免台灣在東亞區域整合的趨勢中被邊緣化，降低我國產品進入中國大陸市場的關稅，以提升我國產業的全球競爭力。
民國九十八年十二月廿五日(2009.12.25)
行政院大陸委員會賴幸媛主任委員協同海基會江董事長赴行政院向吳院長簡報第四次「江陳會談」後向媒體表示，第四次「江陳會談」是自兩岸恢復制度化協商以來，透明度最高的一次。秉持吳院長指示的「國家需要、民意支持、國會監督」原則，這次會談，每星期定期透過記者會的形式，藉由媒體向大眾報告協商的內容，可以說是「兩岸協商到哪裏，政府就向媒體說明到哪裏」；並且還主動向立法院王院長、各黨團報告，同時協議簽署後便立即向大眾公開協議文本，讓民眾一字一句的檢視。未來在兩岸兩會會談協議內容及時程的公布方面，將更有彈性，因時因勢有所調整，以滿足人民知的權利。
民國九十八年十二月廿五日(2009.12.25)
針對大陸當局以「煽動顛覆國家政權罪」判處劉曉波11年徒刑、剝奪政治權利2年乙事。行政院大陸委員會發布新聞稿表示，希望大陸方面能加速推動落實這兩項公約的相關改革；並對以平和方式表達對政治、社會關心的大陸民眾，展現其對人權的尊重及普世價值的保障。
民國九十八年十二月廿八日(2009.12.28)
外交部沈政務次長向駐華使節及代表說明第四次「江陳會談」時指出，兩岸關係改善有助台灣推動外交工作。「活路外交」推動一年多來，兩岸停止長期惡鬥虛耗，使我對外工作可以恢復正常化、專業化，並獲致具體成果；例如「亞太經濟合作組織」(APEC)領袖會議、「世界貿易組織」(WTO)「政府採購協定」(GPA)、以觀察員身份參與「世界衛生大會」(WHA)等，均為突破性的進展。在參與聯合國專門機構活動方面，目前政府推案重點是參與「聯合國氣候變化綱要公約」(UNFCCC)及「國際民航組織」(ICAO)，盼能獲得進展。
民國九十八年十二月廿九日(2009.12.29)
行政院大陸委員會趙建民副主委向駐華使節代表說明「兩岸經濟合作架構協議」(ECFA)時表示，但目前兩岸之間並未累積足夠的互信與經驗，因此無論是就彼此的政治地位、台灣參與國際空間，乃至於軍事安全等議題，雙方進行政治協商的時機都尚未成熟。
民國九十八年十二月廿九日(2009.12.29)
馬英九總統主持「99年上半年陸海空軍將官晉任佈達暨授階典禮」時表示，兩岸關係和解並不代表就可鬆懈建軍備戰的工作，唯有居安思維才能有備無患，要堅持「防衛固守、有效嚇阻」的戰略構想，利用國防戰備的優勢，完成國防轉型的工作，將「固若磐石」的理念徹底發揮。
民國九十八年十二月廿九日(2009.12.29)
行政院大陸委員會民調顯示，民眾對兩岸制度化協商維持高度支持，有68%的民眾認為制度化協商有助於兩岸關係的和平穩定，65%的民眾贊成兩岸要繼續協商；63%的民眾也同意兩岸建立主管部門間的溝通管道，對處理兩岸交流衍生的問題有幫助。
民國九十八年十二月卅一日(2009.12.31)
馬英九總統接受德國「國際政治」（Internationale Politik）期刊書面專訪「國際政治」專訪時表示，現階段兩岸必須先累積互信，並且以「對等、尊嚴」的民主方式來面對及協商解決。兩岸間如何早日建立一個可長可久的和平相處架構，是值得雙方共同重視的課題，惟目前相關的條件還不成熟。我政府堅持國家主權地位及推動和平穩定的兩岸關係立場從未改變，也願就相關議題與中國大陸展開協商。但中國大陸政府必須尊重台灣的民主體制，不否認中華民國存在的事實，放棄預設的政治前提及撤除對台飛彈部署，在「對等、尊嚴、互惠」的原則下，相關協商才有可能進行。
民國九十八年十二月卅一日(2009.12.31)
行政院長吳敦義在行政院會聽取「第四次『江陳會談』成果說明報告」後表示，第四次「江陳會談」簽署的3項協議，都與民眾權益息息相關，陸委會應會同相關機關，完整詳實向大眾公開，讓民眾清楚了解政府簽署這3項協議的理由。特別是下一階段的ECFA議題，除了朝野溝通外，必須強化政策、措施的論述，告訴民眾ECFA的具體內涵及政府堅持的立場，並持續對相關產業、勞工及農民加強說明、溝通與解釋，讓社會各界充分瞭解政府所做的是堅守國家主權、維護國家利益的事。