民國079年11月21日第1屆第01次董監事會議通過
民國082年03月11日第1屆第10次董監事會議修正通過第7條條文
民國082年08月31日第1屆第12次董監事會議修正通過第14條條文
民國085年11月20日第2屆董監事臨時聯席會議通過刪除第19條條文
民國091年11月01日第4屆董監事臨時聯席會議修正通過第7條第1項及第16條條文
民國094年08月11日第5屆董監事第01次臨時聯席會議修正通過第7條第1項及第16條條文
民國097年08月22日第6屆董監事第12次聯席會議修正通過第7條第1項、第8條第3項、第11條第2項、3項及第17條條文
民國100年10月14日第7屆董監事第12次聯席會議修正通過第3條至第5條、第10條、第13條至第17條、第19條至第23條條文
民國101年09月27日第8屆董監事第04次聯席會議修正通過第7條第2項、第3項、第4項條文
民國109年10月30日第十屆董監事第十二次聯席會議修正通過第7條第1項、第2項及第11條第2項、第3項條文
【第一章】 總 則
第一條 本財團法人定名為「財團法人海峽交流基金會」（以下簡稱本會）。
第二條 本會以協調處理臺灣地區與大陸地區人民往來有關事務，並謀保障兩岸人民權益為宗旨，不以營利為目的。但提供服務時，得酌收服務費用。
第三條 本會為達成前條所定之宗旨，辦理及接受政府委託辦理下列業務：
一、臺灣地區與大陸地區人民入出境案件之收件、核轉及有關證件之簽發補發事宜。
二、兩岸文書之查驗證、司法互助及共同打擊犯罪事宜。
三、兩岸投資貿易和經貿交流有關之聯繫服務、臺商投資權益保障與經貿研究事宜。
四、兩岸文教及交流交往之聯繫服務、協調處理與研究事宜。
五、協助保障臺灣地區人民在大陸地區停留期間之合法權益事宜。
六、兩岸人民往來有關諮詢服務事宜。
七、兩岸相關資訊之蒐集、研究與出版事宜。
八、大陸政策之宣導與推廣事宜。
九、兩岸協商與會談事宜。
十、章程所定及政府委託辦理之其他事項。
第四條 本會之主事務所設於臺北市，並得視業務需要，在海外及大陸地區設置分事務所。
第五條 本會基金來源，由捐助人五十三人共捐助新臺幣陸億柒仟萬元成立之。
本會經費之來源如下：
一、基金運用之孳息。
二、委託收益。
三、政府或民間捐贈。
四、提供服務之收入。
五、其他收入。
【第二章】 組 織
第六條 本會設董事會，為本會之決策機構，掌理基金之籌募、保管及運用，秘書長之任免，工作方針之核定，業務計劃及預算之審議等事宜。
第七條 本會董事會置董事四十三人至五十三人；二分之一以上應由本會之主管機關大陸委員會遴聘，其中應有政府代表十二人以上。第一屆董事由捐助人選聘之。
本會董事以下列方式產生者，其人數計入主管機關遴聘之人數：
一、由主管機關之上級機關遴聘。
二、由政府機關（構）特定職務之人員擔任。
三、主管機關或其上級機關指派或同意之人選，經董事會選任。
本會置董事長一人，綜理會務，對外代表本會，得為有給職。置副董事長一至三人，襄助董事長處理會務。均由董事互選之
本會置名譽董事長一人，由董事會敦聘德高望重之人士擔任。
名譽董事長、副董事長及董事，均為無給職，但得酌支交通費。
第八條 董事任期三年，連選得連任。
董事長、副董事長、董事在任期內，遇有辭職或其他原因出缺時，得由本屆董事會補選之。其任期以補足原任期為限。
董事有下列各款情形之一者，得由董事會決議解任之。
一、因刑事犯罪經判刑確定，未獲緩刑宣告者。
二、破產宣告尚未復權者。
三、受監護宣告尚未撤銷者。
四、因故無法執行職務者。
五、違反法令或章程，足以危害公益或本會利益者。
第九條 每屆董事會於任期屆滿前一個月，推選次屆董事人選。
新任董事會於上屆任滿之日成立，並依第七條第二項規定選舉董事長及副董事長。
第十條 董事會每三個月召開會議一次，由董事長召集並為主席。董事長因故缺席，由副董事長代理之。董事長、副董事長均缺席時，由董事互推一人代理之。
董事長認為必要或經董事三分之一以上提議，得召開臨時董事會。
第十一條 董事會之決議，須經二分之一以上董事出席，並以出席董事過半數同意行之。
下列重要事項之決議應有董事名額三分之二以上之出席，出席董事四分之三以上同意，並陳報主管機關許可後行之：
一、章程或捐助目的變更之擬議。
二、基金之動用。
三、以基金填補短絀
四、不動產之處分或設定負擔。
五、董事長及董事之選任及解任。
六、法人之解散。
七、其他經主管機關指定之事項。
前項重要事項，應於會議十日前通知各董事及主管機關，並不得以臨時動議提出。
第十二條 董事因故不能出席前條所定之會議時，得委託其他董事代行職務。但每一董事以受一人委託為限。
第十三條 本會置監事六人，其中政府代表三人以上，由捐助人選聘之，掌理基金、存款之稽核，財務狀況之監督及決算表冊之查核等事宜。
第十四條 監事之任期、缺任、給與及次屆監事之產生等，均準用本章程有關董事之規定。
第十五條 本會置秘書長一人，由董事長提名，經董事會同意聘任之；解任時亦同。
秘書長承董事會之命，綜理本會事務。
第十六條 本會置副秘書長一至三人，主任秘書一人，由秘書長提請董事長同意聘任之；解任時亦同。
第十七條 本會設下列各處室：
一、文教處
二、經貿處
三、法律處
四、綜合處
五、秘書處
六、人事室
七、會計室
各處置處長一人，視業務繁簡，得置副處長一至二人。各室置主任一人。各處室置會務人員若干人。
本會置參事一至二人。
第二項及第三項所定會務人員，由秘書長提請董事長聘任之。
本會會務人員之員額，另以編制表定之，由秘書長依業務需要，提請董事長核可後報請主管機關核定。
第十八條 本會得因業務需要，由秘書長提請董事長同意聘任顧問若干人。
【第三章】 基金之管理
第十九條 本會之會計年度，與政府之會計年度同。
第廿條 本會應於會計年度開始前擬定業務計畫及預算，提報董事會審議通過，報請主管機關辦理。
第廿一條 本會基金之保管及運用，應於會計年度終了後編製基金保管及運用報告、暨全年度決算，經監事查核，提報董事會審議通過，報請主管機關辦理。
【第四章】 附 則
第廿二條 本會因情勢變更，致不能達捐助目的時，得依法報經主管機關許可後，解散之。
本會解散後，應依法辦理清算。其剩餘財產，歸屬國庫。
第廿三條 本章程未規定事宜，依有關法令規定辦理之。
本章程於中華民國七十九年十一月廿一日經董事會通過訂定，於報請主管機關核備後施行。修正時亦同。
本會組織規程另定之。