民國083年04月11日考試院(82)考臺秘議字第1214號、行政院臺83人政企字第10810號令發布
民國085年01月16日考試院(85)考臺組貳一字第00305號、行政院臺85人政企字第01247號令修正發布第5條條文
民國089年03月01日考試院89考臺組貳一字第01444號、行政院臺89人政力字第190304號令修正發布第5條條文
民國093年04月27日考試院考台組貳一字第09300034511號院授人力字第0930061999號，並自同年3月1日施行
民國096年09月20日考試院考臺組貳二字第09600066212號、行政院院授人力字第09600282243號會同修正發布第6條第5項附表(歷史條文)
民國097年07月30日考試院考臺組貳二字第09700052121號、行政院院授人力字第09700163373號令會銜修正發布第六條第五項附表(歷史條文)
民國101年10月11日考試院考臺組貳二字第10100084931號令、行政院院授人組字第1010053074號令會同修正發布第12條條文及第6條條文之附表；並自101年4月1日施行
民國103年11月21日考試院考臺組貳二字第10300093631號令、行政院院授人組揆字第1030053723號令會同修正發布第12條條文及第6條第5項之附表；並溯自102年11月11日施行
第一條 本辦法依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第四條之一第四項規定訂定之。
第二條 現任公務員經轉任行政院依法委託處理大陸事務之機構或民間團體（以下簡稱受託處理大陸事務機構）專任職務者，於回任公務員時，其轉任方式、回任、年資採計方式、職等核敘及其他應遵行事項，應依本辦法之規定。
第三條 本辦法所用名詞意義如下：
一、公務員：指各機關、公立學校及公營事業機構組織法規中，除民選人員外，定有職稱之專任人員、教育人員及公營事業人員。
二、轉任：指現任公務員經原服務機關、公立學校、公營事業機構（以下簡稱原服務機關）及其主管機關同意，並副知行政院大陸委員會後，轉至第二條所定之受託處理大陸事務機構服務。
三、回任：指轉任人員，自受託處理大陸事務機構離職，回至各機關、公立學校及公營事業機構，依法擔任專任職務。
四、服務成績優良年資：指轉任人員在受託處理大陸事務機構服務期間，依受託處理大陸事務機構有關考核規定，年終考核成績列乙等以上或相當乙等以上年資經受託處理大陸事務機構出具證明者。
第四條 現任公務員以辭職方式轉任至受託處理大陸事務機構服務，自轉任後繼續任職現仍在職者，得向最後任職之原服務機關申請回任；其原服務機關在其提出申請後一年內，如遇有與其回任時所具任用資格相當之職務出缺時，應優先安排其回任。原服務機關無適當職缺安排回任時，應由原服務機關之主管機關協調所屬機關、公立學校或公營事業機構安排其回任。
前項回任職務之安排，如經徵得回任人員同意，得以較低之官等、職等職務回任。
現任公務員以借調方式至受託處理大陸事務機構服務，有關借調期間，不受公務人員留職停薪辦法之限制。
第五條 現任公務員轉任受託處理大陸事務機構者，依其所具公務人員任用法（以下簡稱任用法）所定各官等任用資格，回任各機關職務時，其官等、職等及俸級，依下列規定辦理：
一、回任職務所列官等較轉任前所銓敘審定之官等為低者，敘回任職務所列官等之最高職等；其俸級按依法調任低官等職務人員敘俸規定核敘。
二、回任職務所列官等與轉任前所銓敘審定之官等相同者，敘轉任前之職等，其俸級按依法調任同官等職務人員敘俸規定核敘。
三、回任職務所列官等較轉任前所銓敘審定之官等為高者，敘回任職務所列官等之最低職等；其俸級按有關初任各官等或升任官等人員敘俸規定核敘。但高考及格人員轉任前經銓敘審定薦任官等職等者，回任簡任官等職務時，以轉任前銓敘審定之職等俸級起敘。
第六條 前條各款回任人員，以其所具有任用法所定各官等任用資格回任，其在受託處理大陸事務機構所任職務之等級與其回任職務之官等職等，依第五項之對照表予以認定，其等級與回任之官等職等相當且服務成績優良年資，先按年換算俸級至各該職等本俸最高級，如尚有與該職等相當之積餘年資比照合於公務人員俸給法令規定者，得再按年換算俸級至該職等年功俸最高級為止，其年終考核結果如比照合於公務人員考績法第十一條第一項考績升等之規定者，並得採計取得較高職等之任用資格。但具有簡任官等任用資格人員於其提敘簡任官等之職等時，最高以至簡任第十二職等為限。
回任人員轉任前具有任用法所定薦任官等任用資格者，採計其於受託處理大陸事務機構服務之年資，如依前項規定換算至薦任第九職等後，其考試、學歷、年資及年終考核結果，如比照合於任用法第十七條第二項之規定，得採計提敘官等，積餘年資並得依前項規定，採計提敘簡任相當職等及俸級，最高以至簡任第十二職等為限；回任後應依任用法第十七條第三項之規定辦理補訓，未依規定補訓或補訓成績不合格者，並依任用法第十七條第四項之規定辦理。
依第五項對照表認定轉任職務等級與回任職務官等職等相當之年資，高資可以低採，低資不得高採。但同一年資不得重複採計。
回任人員依第一項及第二項規定換算取得之任用資格，如高於所回任職務最高職等，且在第五項對照表所列職稱比照之職等範圍內者，其任用資格應予保留。
公務員轉任財團法人海峽交流基金會職稱等級與擬回任職務官等職等對照表如附表，如有新增受託處理大陸事務機構時，其職等對照表由考試院會同行政院另定之。
第七條 轉任人員回任後，其轉任受託處理大陸事務機構服務之年資，未經受託處理大陸事務機構依其單行規章核給退休、資遣給與者，得於回任時依規定補繳公務人員退撫基金費用本息。
轉任受託處理大陸事務機構服務之年資，依各有關規定得併資休假，其服務成績優良者，並得作為機關辦理陞任甄審及請頒服務獎章之年資。
第八條 曾任公務員於本辦法中華民國九十三年三月一日修正條文施行前，轉任受託處理大陸事務機構服務現仍在職者，其權益之保障比照前三條及第四條第一項、第二項之規定。
本辦法中華民國九十三年三月一日修正條文施行後，曾任公務員或現任公務員非依第三條第二款規定轉任受託處理大陸事務機構服務者，於再任公務員時，其職等核敘及年資採計比照前三條之規定。
第九條 各級公立學校教育人員及公營事業人員轉任受託處理大陸事務機構服務後，回任行政機關職務者，如轉任與回任前後年資均未中斷，且其轉任前曾任教育人員或公營事業人員之年資，合於行政、教育、公營事業人員相互轉任採計年資提敘官職等級辦法有關規定，得先適用該辦法規定辦理提敘官職等級，再依本辦法採計其在受託處理大陸事務機構服務之年資。
第十條 本辦法施行前，公務員已轉任受託處理大陸事務機構服務者，於回任各機關採計曾轉任年資時，得溯自轉任之日起算。但以受託處理大陸事務機構完成登記之日為限。
第十一條 第三條第一款之公務員，除任用法施行細則第二條所稱之公務人員，得依第四條至第十條之規定外，分別適用回任職務之人事法規，採計其服務年資。
第十二條 本辦法自發布日施行。
本辦法中華民國九十三年四月二十七日修正發布之條文，自九十三年三月一日施行。
本辦法中華民國一百零一年十月十一日修正發布之第六條第五項附表，自一百零一年四月一日施行。
本辦法中華民國一百零三年十一月二十一日修正發布之第六條第五項附表，自一百零二年十一月十一日施行。
附表
公務員轉任受託處理大陸事務機構轉任方式回任年資採計方式職等核敘及其他應遵行事項辦法第六條第五項附表「公務員轉任財團法人海峽交流基金會職稱等級與擬回任職務官等職等對照表」
| 財團法人海峽交流基金會編制職稱 |
比照公務人員官等職等 |
| 秘書長 |
簡任第十四職等 |
| 副秘書長 |
簡任第十二職等至第十三職等 |
| 主任秘書 |
簡任第十二職等 |
| 處長、參事 |
簡任第十一職等至第十二職等 |
| 副處長、室主任 |
簡任第十職等至第十一職等 |
| 科長 |
薦任第九職等 |
| 資深高級專員 |
薦任第八職等至第九職等 |
| 高級專員 |
薦任第七職等至第八職等 |
| 專員 |
薦任第六職等至第七職等 |
| 科員 |
委任第四職等至第五職等 |
| 辦事員 |
委任第三職等至第四職等 |
附註：
一、公務員依具有擬回任職務所適用法規規定之任用資格回任後，其在財團法人海峽交流基金會服務職稱，按本表比照認定與回任職務官等職等相當者，其服務年資始得採計提敘俸級。
二、公務員轉任財團法人海峽交流基金會秘書長後，擔任政務職務時，得依其擔任政務職務之等級適用該職務之人事法規採計服務年資。