民國95年04月26日行政院大陸委員會陸法字第0950007568號函發
一、行政院大陸委員會（以下簡稱本會）為辦理有關捐（補）助財團法人海峽交流基金會（以下簡稱海基會）經費支用及考核等相關事宜，依據中央政府各機關對民間團體及個人捐（補）助預算執行應注意事項，特訂定本注意事項。
二、計畫申請時間：海基會所送各項計畫案及請撥年度分配預算數額，應於當年度年度開始前，具函向本會提出申請。但情況特殊或急迫者，應敘明原因報本會核備。
三、計畫申請文件：
（一）計畫書格式應包括以下各項（詳如附件格式）：
1、計畫名稱
2、計畫執行內容
3、計畫實施期程
4、經費預算表
5、其他說明附件
（二）計畫得採區分若干子計畫方式提出。
（三）經費預算表部分，應註明該項計畫經費所支用當年度捐（補）助費之金額，及佔該項計畫經費總數之比例，必要之處另請加附條列式說明。
（四）為經費審查需要，海基會相關經費編列標準應於事前函送本會備查。
四、計畫審核：
（一）本會對申請捐（補）助案件進行審核，根據審查結果執行補助事宜；經核定捐（補）助之活動計畫書，非經本會事前同意，不得任意變更。
（二）本會依各處（室）業務分工，分由各業管處（室）收文並依權責審查，俟本會審查完成函復時，同時副知法政處及會計室（含附件），以確實掌握各項計畫執行進度。
五、經費撥付：
（一）海基會應依其所送每月預算分配數，按月檢具下列文件請款：
1、核准文件影本
2、捐（補）助經費之領據
（二）原計畫如因特殊情事而變更計畫期程或預算者，海基會應於變更前一個月內敘明理由函報經本會同意，得憑領據請款以支付相關費用。
（三）海基會於請撥4、7、10月份分配預算數時，應同時提報截至上季止之各項計畫實際辦理進度、經費支用情形、建議事項及預估完成期限等項目；年終核銷結算時，應於次年元月5日前完成整體經費結報作業，倘捐（補）助款有結餘時，應依規定於期限內繳回。
六、經費核銷：
（一）海基會各項計畫捐（補）助款核銷作業應於活動結束後一個月內檢具下列文件（惟最遲須於計畫當年會計年度結束前），辦理核銷手續：
1、計畫執行績效成果報告
2、費用支出明細表
3、原核准文件影本
（二）如屬情況特殊或急迫無法如期核銷者，應敘明原因報本會核備，以配合辦理政府相關會計程序。
（三）憑證之處理，原則採就地審計方式，由海基會留存原始憑證，並妥善保管以備日後審計部查核作業。
七、計畫執行監督與考核：
（一）為有效監督各計畫能如期進行，本會於年度中舉行會議，以瞭解各項計畫執行進度及經費使用情形，會議並得邀海基會派員出席說明。
（二）年度終了，本會得由各相關處室代表赴海基會進行實地查核。
（三）海基會應於年度總結報告，內容應包含計畫執行績效成果、經費運用情況及建議事項等項目。
八、採購事項監督：
（一）依政府採購法第4條規定，海基會辦理捐（補）助金額占採購金額半數以上，且捐（補）助金額在公告金額以上之採購案件時，應適用政府採購法相關規定，由本會加以監督。上開採購依法包含工程之定作、財物之買受、定製、承租及勞務之委任或僱傭等項。
（二）海基會依政府採購法第4條規定辦理採購案件時，應依政府採購法第18條決定適當之招標方式，並於辦理招標（採購）、開標、比價、議價、決標及驗收前通知本會，俾依採購法規定進行監督。
（三）海基會得先向行政院公共工程委員會申請政府採購資訊公告系統之帳號及密碼，俾於採公開招標等招標方式辦理上述採購案時，將相關採購資訊公開於該政府採購資訊公告系統。
（四）依政府採購法施行細則第2條第2項規定，採購法規定上級機關行使之事項，由採購法第4條所定監督機關為之。海基會遇有「政府採購法規定須報上級機關核准核定同意備查事項上級機關權責一覽表」之採購案應函報本會，其中對於擬依採購法第56條第3項採最有利標決標之案件，並應提出採最有利標之理由及針對該採購之異質性詳加分析，報經本會核准。
九、海基會執行計畫時，如有違反相關法令、申請宗旨及本注意事項之規定，本會得撤銷全部或一部之捐（補）助，並請求退還已捐（補）助之經費。