民國八十九年二月廿日(2000.2.20)
中斷近八個月的「金門協議」海峽兩岸要犯遣返作業，再度在馬祖恢復運作。
民國八十九年三月卅日(2000.3.30)
中共「臺辦」官員表示，雖然兩岸談判已經中斷，但是兩岸交流、臺商保護和接待臺灣人士的功能，仍是由海協會負責，因此，短期內不會裁撤海協會。
民國八十九年六月二日(2000.6.2)
大陸海協會人事有重要調整：海協會副秘書長、國臺辦綜合局副局長李亞飛，升任海協會秘書長及國臺辦綜合局局長；原秘書長、國臺辦綜合局局長張金成專任海協會副會長。
民國八十九年七月十九日(2000.7.19)
總統府秘書長張俊雄緊急發布新聞強調，陳水扁總統及新政府絕對不會出現「密使」的作法。同時強調，「非制度化」的密使，絕不能取代「制度化」的海基、海協兩會。
民國八十九年七月廿日(2000.7.20)
陸委會副主委林中斌表達三點正式聲明，一、有關密使，乃過去政府所為，陸委會不作評論；二、陸委會肯定多方接觸有其功能存在，但應在體制內運作，接受民主制度監督；三、陸委會認為海基、海協兩會應儘速回到正式協商管道。
民國八十九年九月一日(2000.9.1)
行政院長唐飛在立院下會期施政報告中指出，兩岸工作當務之急是促成「辜汪會晤」，在確立風險管理機制下，不排斥第二或第三管道的接觸。
民國八十九年九月八日(2000.9.8)
兩岸首次由馬祖直航大陸福建琯頭碼頭遣返大陸偷渡客，由連江縣警局負責遣返任務；為往後簡化遣返作業跨出重要一步。大陸方面把此次雙向直航遣返稱為對口交換，以地方對地方做為未來遣返作業的推動。