民國九十三年一月十四日(2004.1.14)
大陸海協會回函海基會，指稱海基會上月協尋的台灣居民傅宏章等七人，均系台灣軍情局派遣至大陸的間諜，負有搜集情報的任務，目前皆被大陸國安部門羈押，同時對其間諜身分和從事間諜 活動的情況供認不諱。海協會函件中還稱，傅宏章等七人身體狀況良好，案件正在審理中。
民國九十三年一月十六日(2004.1.16)
海基會就我方人民七人涉嫌在大陸搜集軍事情報遭拘留審查案復函海協會，希望大陸儘速查明實情，還當事人清白，並對大陸有關方面違反偵查不公開之原則，損及當事人等之權益表示遺憾。
民國九十三年一月十七日(2004.1.17)
海基會再度致函海協會，對近期大陸扣押台商，違反偵查不公開之原則，且未經正當司法程序判決事，重申我方嚴重之抗議與遺憾，並向大陸方面提出保障當事人基本權益及司法協助等六項要求。
民國九十三年一月廿九日(2004.1.29)
海基會發函大陸海協會，要求協助遭扣押臺商的家屬赴大陸探視親人，並盼早日釋放被扣押人員。
民國九十三年二月十二日(2004.2.12)
中共證實在福建仙遊的台灣情侶擋張旭閔、余詩屏，疑因涉嫌蒐集大陸部署飛彈情資被捕。海基會已去函海協會，強調兩人只是單純台商，希望大陸查明；海基會秘書長許惠祐並呼籲中共不要為了政治目的，濫捕無辜的台灣人民。
民國九十三年二月十九日(2004.2.19)
針對海南省台商黃淯誠遇害身亡案，海基會立即函請大陸海協會等有關單位儘速緝捕兇嫌並再次呼籲大陸有關當局應積極偵辦追緝兇嫌，正視各地治安問題，確實保障台商人身安全。
民國九十三年二月廿三日(2004.2.23)
海基會再度去函海協會，希望大陸方面儘速協緝遣返張益松與陳由豪，以利兩岸共同打擊犯罪。
民國九十三年二月廿六日(2004.2.26)
針對東莞宋姓台商遭殺害案件，海基會再度致函海協會並要求大陸方面盡速提供相關情資，以利我方警察機關同步偵辦。
民國九十三年四月廿九日(2004.4.29)
海基會董事長辜振甫發表「辜汪會談」十一週年書面談話指出，當前兩岸政治立場雖然互異，卻因互異才有寬容不同意見，持續對話的必要性。殷盼兩岸本著相互寬容心態，重啟建設性對話，進而開創兩岸互動新局，增進兩岸人民權益，共同締造兩岸和平發展新願景。
民國九十三年四月廿九日(2004.4.29)
海巡署兩名執勤隊員在處理兩岸漁船擦撞糾紛時，遭大陸漁民脅迫，強行載往大陸，海基會立即去函大陸海協會，要求確保兩名海巡隊員安全，並立即安排送回我方，同時要求大陸方面不應再姑息不法份子，以免影響兩岸和諧氣氛。
民國九十三年五月一日(2004.5.1)
大陸海協會就台灣花蓮發生地震，傳真函致海基會，請海基會向地震遇難者家屬轉達慰問之意。
民國九十三年六月十五日(2004.6.15)
陸委會主委吳釗燮到「大陸地區人民新竹處理中心」探視大陸偷渡犯時呼籲，大陸應加強約束大陸人民、嚴加查緝不法偷渡情事，並由兩岸兩會對偷渡犯遣返議題儘速簽訂協議，才能根本解決問題。
民國九十三年六月卅日(2004.6.30)
海基會致函海協會，要求大陸方面儘速派船，接回滯留我方等待遣返的兩千七百名偷渡犯，若大陸調派船隻有困難，我方願租用適當船隻，代為執行遣送任務。
民國九十三年七月二日(2004.7.2)
針對上海市公安局宣布偵破兩岸電話詐騙集團案，陸委會副主委邱太三在例行記者會時表示，兩岸對司法管轄權各有一定程度堅持，但中共當局若堅持對此案有管轄權，情況會更趨複雜，陸委會將會透過管道與對岸溝通，表明台灣嫌犯應遣送回台接受審判，既方便又有效。
民國九十三年七月五日(2004.7.5)
海協會致電海基會，慰問在敏督利颱風中受創的台灣民眾。
民國九十三年七月十三日(2004.7.13)
陸委會發言人邱太三呼籲對岸儘速與台灣簽訂旅遊協議，保障旅客安全，並重申政府希望能盡早恢復制度化協商的意願，希望能就各方關切的民生與經濟相關議題尋求一勞永逸的解決。至於協商形式，各種談判形式都可接受，只要對方有意願，複委託機制相關辦法隨時可以公布，完成複委託。
民國九十三年七月廿九日(2004.7.29)
海基會召開董監事會，通過陸委會副主委劉德勳為新任副董事長兼秘書長。劉德勳並表示，兩岸事務性談判不應預設前提與議題，希望能儘速恢復各項議題的協商。
民國九十三年七月廿九日(2004.7.29)
海基會召開董監事會，董事長辜振甫致詞表示，兩岸之間存在不同的看法與思維，需透過溝通對話來求同化異。因此，以積極的態度促成兩岸早日恢復協商，是當前兩岸應該努力以赴的目標。
民國九十三年八月十三日(2004.8.13)
海基會致函海協會，對於颱風在浙江地區造成民眾生命與財產重大損失，請海協會向災區民眾與家屬表達誠摯慰問。
民國九十三年八月廿五日(2004.8.25)
海協會致函海基會，慰問因「艾利」颱風而受災的臺灣同胞。
民國九十三年八月廿六日(2004.8.26)
對海協會致函慰問因中颱「艾利」侵襲台灣所造成的人員傷亡和財產損失，海基會函覆致謝。
民國九十三年九月七日(2004.9.7)
海基會致函海協會，對四川東北部地區的暴雨災情表達關切，並向受災民眾和家屬表達慰問之意。
民國九十三年十月廿二日(2004.10.22)
海基會致函海協會，河南地區日前發生煤礦爆炸不幸事件，造成人員嚴重傷亡，本會深表關切，請向受災民眾與家屬表達本會誠摯慰問之意。
民國九十三年十月廿六日(2004.10.26)
海協會致函海基會，慰問因「納坦」颱風而受災的臺灣同胞。
民國九十三年十一月廿六日(2004.11.26)
海基會就台商張簡榮坤等命案致函海協會，請該會儘速協調有關單位追緝兇嫌，並對前往處理善後之家屬提供協助。
民國九十三年十二月二日(2004.12.2)
海基會致函海協會：「據新聞報導，貴方陜西、貴州等地區日前發生煤礦爆炸不幸事件，造成人員嚴重傷亡，本會深表關切，請向受災民眾與家屬表達本會誠摯慰問之意。」