民國八十八年一月八日(1999.1.8)
大陸海協會副秘書長楊曉明率團來臺參加研討會。
民國八十八年一月九日(1999.1.9)
大陸海協會會長汪道涵在上海會見日本自民黨成員時表示，為進一步促進海峽兩岸的交流，他今年準備訪問臺灣。
民國八十八年一月十日(1999.1.10)
大陸海協會會長汪道涵在「兩岸關係」雜誌發表「光輝的文獻、歷史的篇章」為名的文章，呼籲兩岸展開政治對話。
民國八十八年一月十一日(1999.1.11)
海基會去函大陸海協會，要求大陸方面依人道、安全、便利原則，安排遣返滯留臺灣的九名大陸劫機犯及兩名子女。大陸海協會元月廿日函覆海基會表達歡迎之意。
民國八十八年一月十二日(1999.1.12)
大陸海協會派團分往美、日、新加坡、泰國進行政策宣達。
民國八十八年一月十五日(1999.1.15)
大陸海協會致海基會函，邀請海基會副秘書長於二月底或三月初率團訪問大陸，主要就兩會對話交換意見。
民國八十八年一月廿二日(1999.1.22)
海基會去函大陸海協會，表達歡迎大陸海協會會長汪道涵在本年春季來臺進行建設性對話，以及邀請海協會副秘書長於二月底先行來臺磋商。
民國八十八年一月廿九日(1999.1.29)
大陸海協會顧問林麗韞率「大陸少數民族藝術家訪問團」來臺訪問，預計在台停留十天。
民國八十八年二月一日(1999.2.1)
大陸海協會函覆海基會，提出兩會進行政治、經濟對話。
民國八十八年二月四日(1999.2.4)
大陸海協會顧問林麗韞於清水參拜紫雲巖觀音佛祖並會晤親友時，發生「國旗」風波。
民國八十八年二月五日(1999.2.5)
針對大陸海協會顧問林麗韞的「國旗」風波，行政院大陸委員會主任委員蘇起表示，類似事件將不利兩岸交流與良性互動。政府對於大陸專業人士來的行為本就有法令規範，以往未嚴格執行，往後將不會再讓相同情況重演。
民國八十八年二月九日(1999.2.9)
海基會與大陸紅十字會人員在金門簽署「交接書」，將近年劫機來臺並服刑期滿之劉保才、羅昌華、王玉英、鄒維強、李向譽等五名大陸劫機犯交由大陸紅十字會人員接回。
民國八十八年二月十二日(1999.2.12)
海基會致函大陸海協會祝賀禧，並望儘速派員前磋商汪道涵來訪事宜。
民國八十八年二月十三日(1999.2.13)
大陸海協會覆函海基會，表示願意派遣副秘書長率團前來臺灣，就有關問題包括汪道涵會長於適當時間訪臺事宜與海基會交換意見。
民國八十八年二月廿六日(1999.2.26)
海基會函覆大陸海協會，建議海協會副秘書長於三月十五日至十七日來臺。
民國八十八年三月二日(1999.3.2)
大陸海協會函覆海基會，表示該會副秘書長李亞飛將於三月十七日至十九日率團來臺磋商。
民國八十八年三月十七至十九日(1999.3.17-19)
大陸海協會副秘書長李亞飛來臺，與海基會就去年十月「辜汪會晤」所達成之四項共識，安排海協會會長汪道涵訪臺事宜進行磋商。雙方原則確定汪道涵今年秋天訪臺，時間五至六天左右。
民國八十八年三月廿八日(1999.3.28)
大陸「中國國際貿易促進委員會」會長俞曉松率領經貿訪問團來臺，參加「海峽兩岸流通領域合作研討會」。
民國八十八年三月廿九日(1999.3.27)
中共中央統戰部和中央臺辦在北京人民大會堂舉行「對臺工作形勢政策報告會」。
民國八十八年四月二日(1999.4.2)
海基會致函大陸海協會，希望四月底兩會副秘書長、處長層級在北京進行雙軌協商，盡速安排海協會會長汪道涵今秋訪問臺灣，同時就劫機犯遣返等議題進行事務性協商，以此加強兩岸對話。
民國八十八年四月十六日(1999.3.16)
大陸海協會回覆海基會四月二日函表示，同意海基會人員「適當時候」到大陸就汪道涵詢問臺灣事宜繼續交換意見；指出兩會當前接觸的基礎是落實「汪辜會晤」四項共識，希望海基會對落實兩岸對話安排事宜早日回應。
民國八十八年四月十六日(1999.3.16)
大陸海協會來函說明拒絕海基會副秘書長張良任赴大陸桂林、福州等地參加台商高爾夫球賽的理由。
民國八十八年四月廿三日(1999.4.23)
海基會函覆大陸海協會，表示兩會對話之相關意見，可於汪會長來訪時進行建設性對話；並再建議於五月中旬就汪道涵來訪及劫機犯、偷渡犯遣返等議題進行商談。
民國八十八年四月廿八日(1999.4.28)
海基會舉辦紀念「辜汪會談」六週年茶會，邀請行政院大陸委員會主任委員蘇起共同主持這次活動，辜振甫也發表談話表達六年來對兩岸關係的看法，並鄭重呼籲大陸，嚴格遵守六年前新加坡辜汪會談的協議恢復制度化協商，雙方進行制度化協商的同時，海基會不會迴避在「分治對等」的政治現實基礎上，就雙方關切的重要問題交換意見。
民國八十八年六月至廿七至廿九日(1999.6.27-29)
海基會副秘書長詹志宏率團前赴大陸，協商安排大陸海協會會長汪道涵來臺訪問事宜。隨詹志宏前往北京的人員，包括海基會法律服務處處長謝福源、科長何武良、專員高富月、劉慧玲、王正磊、盧正愷、組員張峰青，以及陸委會科長張志宇等人。
民國八十八年七月十五日(1999.7.15)
海基會致函海協會，要求儘速協調中共有關單位，安排專案遣返非法來臺的大陸人犯。海基會同時發布新聞稿指出，根據我方主管機關統計，截至十四日止，大陸非法來臺等待遣返的人民仍有五百餘人，且其收容時間大多已逾四個多月，不但造成我方管理上諸多問題，且多年來已付出龐大的社會成本與人力物力，其中收容中心偷渡人犯的生活費用支出已超過新臺幣六億多元。
民國八十八年七月卅日(1999.7.30)
海基會董事長辜振甫就李登輝總統所提「兩岸關係是特殊的國與國關係」舉行說明會，強調「特殊的國與國關係」就是兩岸一九九二年所達成「一個中國、各自表述」共識中，我方立場的表達。海基會在辜振甫談話的同時，將談話稿傳給海協會，惟海協會在二個小時內，即以辜振甫談話稿「嚴重違背一個中國原則」為由，傳真退回給海基會。
民國八十八年七月卅日(1999.7.30)
大陸海協會以負責人名義發表談話表示，海基會董事長辜振甫談話「不倫不類」，並重提「兩會交流對話基礎不復存在」。
民國八十八年八月三日(1999.8.3)
大陸海協會協辦的第七屆「促進中國現代化學術研討會」在臺北召開。
民國八十八年八月四日(1999.8.4)
海基會副董事長兼秘書長許惠祐表示，海協會會長汪道涵應有四分之三的訪臺機率。
民國八十八年八月四日(1999.8.4)
大陸海協會副秘書長李亞飛表示，海協會會長汪道涵是否訪臺，目前無法答覆，大陸方面等待臺灣下一步行動。
民國八十八年九月八日(1999.9.8)
中共國家主席江澤民表示，要實現汪道涵訪臺，必須要做到以下兩條件：一是李登輝公開收回「兩國論」；二是李登輝只能以國民黨主席的身份接待汪道涵。
民國八十八年九月九日(1999.9.9)
陸委會主任委員蘇起表示，江澤民所提汪道涵訪臺兩條件，係製造人為障礙。
民國八十八年九月十日(1999.9.10)
大陸海協會常務副會長唐樹備表示，只要李登輝一天不收回「兩國論」，汪道涵就一天不能去臺灣。
民國八十八年九月十一日(1999.9.11)
大陸海協會常務副會長唐樹備表示，希望臺灣大選後，新的領導人會拋棄「兩國論」，並表示汪道涵訪臺明年三月後有機會。
民國八十八年九月十四日(1999.9.14)
大陸海協會常務副會長唐樹備表示，臺灣當局只有公開收回「兩國論」，真正回到「海峽兩岸均堅持一個中國原則」的承諾上來，兩岸政治經濟對話才能進行。
民國八十八年九月十七日(1999.9.17)
中共臺辦官員表示，汪道涵訪臺之門仍未完全關閉。
民國八十八年九月廿三日(1999.9.23)
大陸海協會致函海基會表示，願對我集集大地震進行捐款及派遣專業人士來臺，海基會副秘書長詹志宏指出，我方對於大陸的心意表示感謝，並接受捐款，但物資及專業人員部分，則要進一步評估是否需要後再通知大陸。
民國八十八年九月廿四日(1999.9.24)
大陸海協會再度來函詢問我方是否要「通過大陸」要求聯合國啟動救援行動，海基會對此極度挑釁的作為，立即覆函表示：「謝謝，不用了」。
民國八十八年九月廿九日(1999.9.29)
大陸海協會常務副會長唐樹備接受「美國之音」訪問時表示，臺灣一定要收回「兩國論」，兩岸關係才能恢復正常。
民國八十八年十月十四日(1999.10.14)
陸委會主任蘇起表示，海基會與海協會是兩岸政府部門授權的談判機制，其協商功能不宜輕言中斷。
民國八十八年十月十四日(1999.10.14)
海基會董事長辜振甫在辜汪上海會晤一周年會上發表談話指出，我們竭誠歡迎大陸海協會會長汪道涵適時來臺訪問，如果有必要，他願前往北京、上海，再次當面邀請汪道涵訪臺。
民國八十八年十月廿七日(1999.10.27)
大陸海協會常務副會長唐樹備表示，中共對臺灣正式收回「兩國論」的要求，並不會因為李總統明年任滿離職而放鬆。並表示「兩國論」已經破壞汪道涵今年秋天的訪臺計畫，北京方面也不能接受改由辜振甫往訪大陸的提議。
民國八十八年十月廿八日(1999.10.28)
陸委會呼籲中共當局，應儘早恢復兩岸兩會協商，就偷渡犯遣返議題達成協議。
民國八十八年十月卅日(1999.10.30)
海基會召開「兩岸地震交流與合作學術研討會」籌備會議。
民國八十八年十一月二日(1999.11.2)
海基會改選第四屆董監事成員，除少數董監事因原代表職務有所變動因而調動外，成員結構與代表性大致維持不變。
民國八十八年十一月三日(1999.11.3)
內政部警政署入出境管理局七月已開放大陸人士來臺可在澳門領取入臺證，但大陸邊防官員仍沒收到上級指示。海基會表示考慮向海協會發函，轉告大陸有關部門，我方此項新規定。
民國八十八年十一月三日(1999.11.3)
大陸海協會常務副會長唐樹備表示，澳門回歸時辜汪會面日，不排除這種作法。
民國八十八年十一月九日(1999.11.9)
中共對臺工作部門人士接受專訪時表示，「兩岸關係在短期內不會有樂觀發展」，期望辜振甫與汪道涵在澳門會面，都不能使兩岸關係在短期內回暖。
民國八十八年十一月十六日(1999.11.16)
行政院院長蕭萬長表示，我方對於兩岸會談一向積極主動，如果外傳屬實，大陸也有此意願，可以考慮讓辜振甫至澳門與汪道涵會晤。
民國八十八年十一月廿九日(1999.11.29)
汪道涵的智囊學者章念馳，最近在香港中國評論月刊撰文建議中共中央，成立國家統一委員會。同時，他也認為在世紀之交，兩岸關係的首務之一，是兩岸簽署終止敵對狀態條約，並共同起草「臺灣基本法」。
民國八十八年十二月一日(1999.12.1)
陸委會主任委員蘇起表示，無需再發函邀請汪道涵訪臺。
民國八十八年十二月一日(1999.12.1)
大陸海協會陸續發函邀請臺灣各界人士參加在澳門舉行的政權交接儀式，以及「中華人民共和國澳門特別行政區」成立大典暨特區政府宣誓就職儀式等相關活動。
民國八十八年十二月二日(1999.12.2)
海基會董事長辜振甫表示，兩岸加入世界貿易組織提供雙方協商合作的契機；而在入會之後，海基會也將調整功能，以因應兩岸關係的新局面。希望兩岸的入會能成為促成汪道涵來臺的契機。
民國八十八年十二月二日(1999.12.2)
海陸兩會表示，針對大陸釋放新華輪與部分船員發表聲明，希望仍遭扣押的船員儘早獲得釋放，對於我方人員遭不合理對待，表示不滿與遺憾，並認為接船方式不涉直航問題。
民國八十八年十二月二日(1999.12.2)
海基會高層人事改選，辜振甫第四度獲得連任，許惠祐續兼秘書長。
民國八十八年十二月十七日(1999.12.17)
海基會去函大陸海協會，就臺商李宗白在昆明遇害案，促請重視被害者家屬提出希望大陸方面釐清案情的疑點與要求。
民國八十八年十二月十七日(1999.12.17)
大陸海協會復函對海基會邀大陸地震專家表示樂觀其成。
民國八十八年十二月廿一日(1999.12.21)
大陸海協會副會長唐樹備表示，澳門的回歸，再次證明解決臺灣問題大的框架還是「一國兩制」。
民國八十八年十二月廿三日(1999.12.23)
大陸海協會常務副會長唐樹備表示，臺灣與港澳的兩制不同，兩岸是在「一個中國」下的特殊關係。
民國八十八年十二月廿三日(1999.12.23)
大陸海協會會長汪道涵盼儘速訪臺，對今秋無法成行表示遺憾。
民國八十八年十二月廿八日(1999.12.28)
海基會南區服務處在高雄成立。