行政院大陸委員會於日前舉行第254次諮詢委員會議，主題為「從李明哲案看臺灣NGO從事兩岸交流的認識與挑戰」，與會諮詢委員發言及討論重點摘錄如次：
1. 與會學者引言報告指出，李明哲案發生迄今，關於其遭關押地點、健康情況，及偵訊期間當事人相關權利保障等問題，到現在外界都不清楚；這事件對臺灣NGO在中國大陸從事交流活動，造成很大衝擊。引言也提到，陸方「境外非政府組織境內活動管理法」於今年1月實施後，任何境外NGO均須在陸方經過合法登記獲得許可後，始得在其境內活動，且大陸方面早在成立國家安全委員會後，就已經逐步加強對境外NGO的控管，這使得境外NGO團體在大陸進行交流活動時，面臨更多的不確定性及風險。
2. 與會委員表示，或許各界對於如何營救李明哲所提出之解決方案不盡相同，但期盼李明哲能早日平安、尊嚴返臺之心意是一致的；有委員認為，李明哲家屬強調人權及拒絕私了的主張，應是陸方第一次遭遇此種家屬的回應方式，使得本案具有其獨特性；部分委員則建議，面對陸方強勢態度，我方應採取較為沉穩的作為，更有技巧的處理應對，且李明哲可能不是最後的案例，未來仍有可能會有其他案件再發生，政府對此應有較長遠的因應與規劃。
3. 部分與會委員指出，臺灣NGO非常多元且具有活力，是我方在進行兩岸交流時的優勢；但目前陸方對境外NGO在陸活動之監控程度加強，除了慈善救援、扶貧、社區營造等NGO活動較能為陸方接受外，從事其他活動之風險相對較高，此種狀況，有人臆測在中共十九大後，會不會對管控比較放鬆，但因陸方近年國安法網絡已經形成，未來可能仍會嚴格執行，對此臺灣NGO應提高警覺並加強合作，共同面對因應這樣的情勢。
4. 與會委員也提醒李明哲案突顯兩岸彼此之間對民主、自由存在很大差距，建議政府應統整目前臺灣NGO赴陸交流面臨之問題及風險，並定期告知NGO團體相關訊息；且政府應更重視兩岸社會面的交流，在兩岸三通後，兩岸社會交流已擴及至民間團體及個人，政府於相關政策及規範上，也要做好因應，讓兩岸社會面的交流更有序進行；此外，政府也要透過適當方式提醒國人，赴陸交流的風險及應注意的事項。