本會擬具「臺灣地區與大陸地區人民關係條例(下稱兩岸條例)第五條之3修正草案」(下稱本草案)，刻於立法院進行審議中。針對近來有論者指陳本草案合憲性相關問題，特予補充說明如下：
一、兩岸協議並非憲法所稱之「條約」，兩岸協議處理程序有其特殊性
(一)司法院釋字第329號解釋理由書已明確指出，憲法第38條、第58條、第63條所稱之「條約」，係指我國與其他國家或國際組織所締結之國際書面協定，而兩岸協議尚非此所稱之國際書面協定。此外，立法者制定條約締結法，規範條約與協定之締結程序及其法律效力，但兩岸協議並不適用該法之規定。
(二)憲法增修條文第11條規定，立法者對於兩岸事務之處理，得依此授權以法律「為特別之規定」，此係基於兩岸關係之特殊性，兩岸條例即為規範兩岸往來及處理衍生事件之特別立法。為因應「習五條」後之兩岸情勢變化，兩岸條例針對兩岸政治議題協議之處理程序予以嚴謹規範，應符合憲法規定。依此，有認為兩岸協議處理程序至多只能比照條約，不能增加更多要件，尚屬無據。
二、國會高門檻審議，是考量議題重要性，須尋求更高的社會共識，無違憲法規定及民主原則
(一)按多數決的投票表決方式，可約略分為相對多數決(不須過半數)、絕對多數決(須過半數)、特別多數決(須達一定之門檻)，三者均為民主制度之下的多數決方式。至於制度上應採擇前開何種表決方式，僅係民主原則採擇之不同，仍須由制憲者或立法者，考量事務本質差異及重要性而定。憲法既無限制之規定，難謂立法者採擇何種多數決方式，即屬違反憲法規定。有認為特別多數決之高門檻將破壞民主政治的多數統治，或認為係賦予少數否決多數的權力而違背多數決之民主原則，應屬嚴重誤解。
(二)已有學者指出，參諸外國立法例，對於涉及主權或具重大憲政影響之事項，亦設定特別高度或等同修憲程度之國會審議門檻，如德國基本法、芬蘭憲法規定應以等同修憲門檻議決，丹麥憲法規定更以須經國會6分之5高門檻同意。
(三)憲法增修條文針對領土變更、修憲等事項，規定須經立法委員4分之3之出席、出席委員4分之3之決議的高門檻審議，惟憲法並未限制立法院不得以高門檻審議其他重要事項；且憲法增修條文第11條明定，兩岸事務得為特殊之處理。本草案鑒於兩岸情勢變化，考量政治議題具憲政及重大政治影響，應尋求更高社會共識，其性質及重要性與修憲程度相當，設定特別多數決之高門檻，自非憲法所不許。
三、主權國家地位與自由民主憲政秩序不容協商，以守護中華民國主權及憲法基本價值
(一)司法院釋字第499號解釋揭示，自由民主憲政秩序(即憲法上具有本質上重要性之規範，如民主共和國原則、國民主權原則、保障人民權利、以及有關權力分立與制衡之原則)，是現行憲法賴以存立之基礎，凡憲法設置之機關均有遵守之義務，即便是修憲亦有其界限。本草案爰參諸此意旨，明定主權國家地位與自由民主憲政秩序之毀棄或變更，不應作為兩岸政治議題談判及協議之項目。換言之，此類議題是兩岸政治談判的「禁區」，行政部門自始即不得提出。
(二)「主權」是國家存廢之基礎，是國家對其管轄區域所具有排他性的至高政治權力，其內涵包括對內之立法權、司法權、行政權，以及對外之外交權及國防軍事權等。各個國家在國際組織之談判，例如關稅、貨幣等，是國家基於主權地位行使其國家主權之行為，並非將其主權割讓或放棄，不應將國家行使主權之行為與國家主權地位混為一談。
四、提高國會參與比例，並未侵犯總統及行政部門之憲政權能，有利於減少行政立法差異性
(一)本草案規定，兩岸政治議題協議協商，須由行政院提出協議締結計畫及影響評估報告，程序的發動權能仍在總統及行政部門；協商開啟後，也是由行政部門主導協商進行，協議草案並須報請總統核定，尚無侵犯總統及行政部門之憲政權能。有認為本草案之規定侵犯總統及行政部門之「協議參與權」，應屬誤解。
(二)基於國會監督原則，國會對於協議本有審議之決定權，本草案則考量兩岸政治議題之特殊性，特於協商前階段導入國會參與，並規定協商時負責協議之機關應適時向立法院報告，亦有利減少行政立法權責互動上的差異，使後續協議處理程序更為順暢。
五、兩岸政治議題協議具有重大憲政或政治影響性，政治議題須依協議具體內容個別判定
(一)現行兩岸條例有3個條文（第4條之2、第5條之1及第18條）規範「政治議題」，但並未具體定義。鑒於兩岸政治議題具高度敏感性，具體類型如兩岸和平協議、建立軍事互信機制、結束敵對狀態、安排階段性或終局性政治解決，以及其他具有重大憲政或政治影響性，可能影響我國主權之各項協議，需要更多社會共識，相關處理程序須受更嚴謹的規範。
(二)兩岸間涉及經濟性、事務性、功能性等一般公權力行使或主權行使行為之協議，原則上非屬政治議題協議，應依一般兩岸協議處理程序辦理。惟兩岸條例第5條之3修正草案所規範的「政治議題協議」，仍應依協議具體內容有無涉及政治性意涵，個別判定。例如，兩岸租稅協議處理兩岸重複課稅之問題，原則上非屬政治議題協議；但協議內容如涉有「一個中國原則」或「一國兩制臺灣方案」等政治性意涵，就必須要依照草案規定之監督程序處理。
六、協商結果須經公投，以落實國民主權原則，並為國家安全、利益及人民福祉設下更堅實的防線
(一)中共「習五條」積極推動「一國兩制臺灣方案」的「民主協商」進程，強加其政治框架於臺灣，未來兩岸談判協商可能被迫在陸方片面設定的政治前提下進行。當前民調顯示，絕大多數臺灣人民不贊成中國大陸「一國兩制」主張，也不接受「一個中國原則的九二共識」。考量政治議題對於國家安全、利益及人民福祉影響甚鉅，本草案爰規定，協商的結果經國會高門檻審議後，還必須經過公投，由全民做最後的檢視及把關，俾符憲法國民主權原則之精神。
(二)參諸丹麥及法國等外國立法例，對於影響主權及憲政之事項，亦規定須交付人民公投，均在落實國民主權原則。
七、協議草案交付公投之規定，是公投法的特別規定，法制上已有前例可循
(一)兩岸政治議題協議草案交付公投，是屬於特別類型的公投，也就是公投法第2條所定3種類型(法律之複決、立法原則之創制、重大政策之創制或複決)以外的特別類型。按中央法規標準法第16條規定，法規對其他法規所規定之同一事項而為特別之規定者，應優先適用之。爰本草案有關公投之規定應優先於公投法適用。
(二)現行法制上已有以其他法律規定應交付公投事項之立法例(如離島建設條例第10條之2、低放射性廢棄物最終處置設施場址設置條例第11條)，該等規定有排除公投法部分規定之適用，但程序上仍依公投法之規定辦理，與本草案之立法體例尚無不同。
(三)有論者依公投法第1條之規定：「本法未規定者，適用其他法律之規定」，即認本草案已違反公投法法理原則，應有謬誤。