有關陸續傳出武漢滯留民眾返臺後續事宜，大陸委員會表示，此事只是單方面的訊息，並未經雙方商討及協調，更無所謂「2月5日即要運送第二批民眾返臺」之事。由於2月3日第一批武漢返臺247位旅客當中，已有一個確診病例，政府高度關切滯留當地國人健康，希望對岸配合適當檢疫工作，不要因為檢疫的不確實而讓搭機的民眾在機上或旅途中被感染，因此我政府接續處理原則如下：
一、有鑒於247位返臺旅客中，已有一名確診病例，因此，後續的工作推動，必須提升防檢疫工作的確實度。因此，我方將與對岸協調如何強化防檢疫作業的執行方式。
二、首批人員運送前，我方已預先告知對方，須以於武漢短暫出差者、有慢性病患者、有長期特殊用藥與密切醫療照顧需要者（如：血友病等重大傷病），或老人、小孩等抵抗力較弱者為優先，也獲對方同意；但查對旅客資料，上述人員多數並未在列。故接續執行的優先旅客名冊，對岸務須與我方協商並達成一致。同時，完整旅客名冊也希望於啓航前一日交給我方，俟審查入境資格無誤後再予執行。
三、有鑒於隔離收容場所容量有一定限度，接回者須隔離14天，在執行下次任務前，須做好充足準備，以確保返臺人員都能夠得到妥適的照顧。目前相關部會都在積極進行整備，務必落實完整安置與隔離工作。
陸委會強調接返任務都要以「人員健康安全第一，防疫第一」為目標，上述三原則必須得到滿足，不能便宜行事。這次包機返臺後續的工作，需要有充分的協調與準備，目前陸續在溝通協調中，完成後再執行後續作業，今明兩天不會再有加班機返臺。
陸委會表示，政府關心滯留武漢國人的安全與健康，將會在兼顧國內防疫與國人權益、國內執行能量的前提下，積極依上述原則洽商協助滯留武漢國人的返臺事宜。