一、因財政收入短絀及立法院決議要求檢討，中華發展基金自103年度起裁撤：
中華發展基金成立迄今已邁入第20年，推動之業務豐富且多元，成果頗受民間團體及學界肯定，在兩岸交流領域具指標性意義，惟中華發展基金並非營利性質，自90年度起受利率調降之影響，致入不敷出，而遭立法委員質疑基金收入主要來自國庫撥補，無特定收入來源，且連年短絀，應併入本會公務預算。
立法院復於101年12月作成「特別收入基金之財源主要係來自國庫撥補，除依法設置者外，自103年度起請檢討整併並向立法院財政委員會提出報告」之通案決議。該案經行政院主計總處函請相關部會進行檢討、召開會議研商，於陳報後獲行政院以102年5月20日院授主基作字第1020200630號函核定：「中華發展基金自103年度起裁撤，並在不影響其原辦業務推動之前提下，於公務預算額度內覈實編列相關預算。」
二、中華發展基金成立迄今，導引及推動兩岸正向交流：
中華發展基金自83年成立以來，透過委辦及補助方式積極協助及結合民間力量共同推動兩岸交流，截至102年8月底止計推動5,700餘件兩岸交流活動，包括：兩岸學生、學者、藝文工作者、新聞傳媒人員、非營利組織、宗教人士及文教專業人士之互訪交流，有效引領並帶動兩岸交流朝良性互動的方向前進，充分發揮政府主動導引文教交流之功能。
為了解中華發展基金活動成效，經委託中央研究院陳志柔副研究員就近年基金委託或補助來臺交流之大陸人士所做問卷調查進行分析，顯示來訪大陸人士認為相關活動對渠等專業有正面影響，並普遍表達對臺灣社會的人民素質和友善態度具良好印象，顯示基金具有推動兩岸交流之正向功能。
基金轉型經費回歸公務預算後，有關導引及推動兩岸正向交流的功能不受影響，仍由陸委會延續推動，未來除將主動規劃多項兩岸策略性交流計畫，也將積極協助並結合民間力量共同推動兩岸文教交流。
三、因應基金裁撤，辦理各項法規廢止及財務結算等作業：
配合前揭行政院之政策決定，由基金管理會籌備中華發展基金裁撤事宜，包括：
（一）依據行政院所訂法規廢止流程，循行政程序辦理中華發展基金收支保管及運用辦法、中華發展基金管理會受贈捐款處理作業規定、中華發展基金管理會補助辦理兩岸交流活動作業要點等10種法規之公告廢止法制作業。
（二）依據「中央政府特種基金管理準則」第19條規定，以及「中華發展基金收支保管及運用辦法」第14條規定，辦理中華發展基金相關財務結算，將所餘本金解繳國庫。