（一）近年來兩岸人民往來日漸頻密，為直接、有效、即時地服務在陸國人，保障民眾權益，政府在100年10月於「黃金十年．和平兩岸」國家願景中提出「循序穩健推動兩岸互設辦事機構」。「服務國人、保障權益」係政府推動兩會互設辦事機構的核心目標，也是建構兩岸穩定及制度化的互動模式重要里程碑。
（二）兩岸兩會互設辦事機構之定位為海基、海協兩會的分支機構，係政府授權行使公權力的綜合性辦事機構；政府依據中華民國憲法及兩岸人民關係條例，務實定位兩岸關係，也就是「一個中華民國、兩個地區」，兩岸兩會互設辦事機構是兩岸「互不否認治權」的具體實踐，並未改變憲法對兩岸關係的定位，也不會改變臺海「不統、不獨、不武」現狀。