一、 過去陸委會說協議監督沒有立法必要，現在為何又推出政院版的監督條例草案？
答：
(一) 過去已有對外說明與國安評估機制
自97年6月，兩岸恢復制度化協商以來，已簽署21項協議；歷次的兩岸協商，政府均向立法院及社會大眾進行說明，各主管機關在兩岸協議簽署之前，也都有嚴謹的國家安全評估。
(二) 回應民意，特將監督機制法制化
政府充分理解各界認為兩岸協商過程應該更公開透明，以及政府應儘速完成兩岸協議監督法制化的訴求，因此陸委會在現行法律架構基礎上（「臺灣地區與大陸地區人民關係條例」），建置「四階段對外溝通諮詢機制」及「國家安全審查機制」，在不破壞憲法架構的前提下，以兼顧保障公眾知情權與維持協商機制正常運作，讓兩岸協議監督機制法制化。
二、 協商前，政院版沒有規定要提締結計畫給立法院審查？
答：
(一) 每個階段都要向國會報告
在行政院版的草案裡，納入四階段溝通機制，區分成議題形成階段、業務溝通階段、協議簽署前階段、協議簽署後階段，協議主管機關與陸委會都要向立法院正副院長、朝野黨團、相關委員會、召集委員與委員等進行報告與說明，也會配合委員會作專案報告，將徵詢到的意見都作為協商的參考。因此，從議題形成到簽署後的每個階段，國會都會參與其中，發揮重要的影響力。
(二) 包括爭點及因應策略等的締結計畫，恐讓談判籌碼與底牌提前外洩
但，尤美女委員版（民間版）要求談判前先提出包括內容、目標、爭點及因應策略等的締結計畫，但提供爭點及因應策略恐讓談判籌碼與底牌提前外洩，未談先輸。
(三) 政院版已參考尤美女委員版(民間版)，做出更符合現實運作需求的設計
政院版有類似締結計畫之設計，政院版草案第6條規定，行政機關於協商議題形成階段，應向立法院說明兩岸已商議納入業務溝通之議題、目標、協商規劃期程、範疇及初步協商規劃，類似締結計畫之設計，但不會預先透露談判細節，才能兼顧協商需要，確保國家利益。
三、 為什麼政院版草案沒有規定國會在簽署前可以修正或保留？
答：
(一) 違反權力分立
依據憲法規定，總統有「締結」條約的權力，立法院則有「議決」條約案的權力。換言之，對外談判是行政權的固有權限，國會無法實質去參與談判。尤美女委員版（民間版）參考美國國會快速授權制度，但卻忽略美國憲法規定國際貿易權限屬於國會，與我國規定不同。
(二) 權責不明
責任政治是民主政治的精神，如果立法委員參與協商，談壞了是立法權還是行政權負責？且若立法院要參與協商，是否協議簽署之後，立法院就可以直接通過？如果不是，立法院參與協商的意義為何？
(三) 談判毫無彈性
如立法院針對締結計畫有修正或保留，之後若是要變更也必須經立法院決議，除了實際運作上難度非常高之外，也會讓談判毫無彈性。民間版締結計畫之概念，源自韓國通商條約締結法，但韓國通商條約締結法，並沒有像民間版本規定國會可對締結計畫修正、附加條款、保留，維持權力分立、權責分明的基本原則。
四、 政院版要到協商幾乎確認後才舉辦公聽會？
答：
政院版的各階段都可舉辦公聽會
(一) 政院版草案第7條明定，行政部門於「協商議題形成階段」、「協商議題業務溝通階段」、「協議簽署前階段」、「協議簽署後階段」四個階段，都可以舉辦公聽會。
(二) 院版草案更進一步規定，在業務溝通大致完成，經國家安全審查機制審查後，「應」舉辦公聽會。此時有協議大致全貌，也確認沒有國安疑慮，向相關產業及社會大眾說明協商議題之重點、影響評估及因應方案，並廣泛蒐集及聆聽意見，才是政府負責任的態度及作法。
五、 政院版沒有「衝擊影響評估」，只交由政府國安會審查？
答：
政院版「國家安全審查機制」，就是嚴謹程序的「衝擊影響評估機制」
(一) 政院版設計的「國家安全審查機制」，是由行政院邀請相關機關及中立的學者專家進行初審；再由國家安全會議召開會議進行複審。（草案第9條）
(二) 審查項目（草案第10條）包括：國防軍事、科技安全、兩岸關係、外交及國際關係、經濟安全、就業安全、社會安全、資訊安全等各個影響層面，協議主管機關也必須提出影響評估報告，以供審查。全面性的國安檢視具有國家的高度，更是有嚴謹程序的「衝擊影響評估機制」。
六、 政院版沒有規定政府有義務提出「受創補救措施」？
答：
政院版有產業的因應方案及補救措施
(一) 協議簽署前，在國安審查機制中，協議主管機關就必須提出影響評估報告及因應方案，以供審查。
(二) 經國家安全審查機制審查後，行政部門應向國會說明影響評估及因應方案（草案第6條），並舉辦公聽會，向相關產業及社會大眾說明影響評估及因應方案，在簽署後也必須落實協議配套措施及執行方案，其中也都包含產業的輔導補救措施。
七、 政院版沒有民眾參與的規定？
答：
政院版的各階段都必須向產業及大眾溝通諮詢，民眾可以充分表達意見
(一) 院版草案（第7條）明定，行政部門需於「協商議題形成階段」、「協商議題業務溝通階段」、「協議簽署前階段」、「協議簽署後階段」四個階段，以出席或辦理各項說明會、座談會、協調會或公聽會等各種方式，多面向強化與社會大眾之溝通諮詢，未來還會設立網路溝通平台。
(二) 院版草案也規定溝通諮詢所得到的意見及資訊，應作為協議協商簽署的參考，民眾有多元的管道可以參與並表達意見。
八、 政院版由行政院決定協議是「大事」或「小事」？
答：
政院版與尤美女委員版（民間版）的規定相同，都是以是否涉及法律修訂區分為送審議或備查。
(一) 兩個版本都同樣規定，協議內容涉及法律修正或應以法律規定，應於簽署後三十日內，報請行政院核轉立法院審議；內容未涉及法律修正、或無須以法律規定者，應於簽署後三十日內，報請行政院核定，並送立法院備查。政院版也規定，立法院可以將備查改為審查，這也是向來國際協定與兩岸協議的議事慣例。
(二) 雙方不同的地方在於，政院版改審查後，三個月內須完成，特殊情形可以展延一次，等於最多六個月，在國會事後監督以及民眾權益上取得平衡；然而，尤美女委員版（民間版）則是規定，備查案經院會交由委員會審查3個月之內未完成，就視為轉成「審議」，恐將混淆送審議及送備查之區別，與釋字第329號解釋意旨未符，且沒有時間限制，則關乎民眾權益的協議就會無限期躺在立院裡面。
九、 政院版中列為備查的案子擺放三個月就算通過？
答：
為避免兩岸協議長期躺在立法院懸而未決，準用立法院職權行使法的規定
(一) 政院版規定，協議送立法院備查，立法院可改為審查，如三個月未完成審查，準用立法院職權行使法的規定，可延長三個月，仍未完成審查，審查程序就完成。這是為避免未涉及法律修定之兩岸協議長期躺在立法院懸而未決，影響人民權益。
(二) 依美國快速授權制度，如果行政部門遵守程序，確保國會的事前及事中參與，後續就須「限時討論、包裹表決」(依據2002年美國貿易促進授權法，國會審議期限最長為90天，且國會只能就接受或不接受該項協定進行表決)。然而，尤美女委員版（民間版）只著重於國會的事前及事中參與，卻未搭配設計後續的「限時討論、包裹表決」，造成立法與行政權力失衡。
(三) 兩岸協議程序比國際協定更加嚴謹
相較於國際協定，如不涉及法律修訂，是於「生效」後，才送立法院查照；兩岸協議則是在完成立法院有關程序後，才會換文生效，更為嚴格慎重，也充分接受國會監督。
十、 簽署後，立法院可以修改兩岸協議的內容嗎？還是只能夠通過或不通過？
答：
可以修正、保留，但協議只要一部分沒有通過，就等於全案否決，必須重啟協商，這是依國際談判慣例
(一) 大法官釋字第391號，大法官認為立法院只能通過或不通過
1.釋字391號解釋理由書：「…此類議案通常為條約或國際書面協定，蓋審議時如對行政院提出之原案作條文之修改或文字之更動，勢將重開國際談判，如屬多邊公約，締約國為數甚多，重新談判殆無可能，立法機關僅有批准與否之權…」。
2.換言之，立法院如果針對個別條文進行修正或予以保留，必然會導致全面重啟協商的結果。因為協商是雙方面的事情，一旦我方要求針對個別條文重新談判，對方也會對於其他條文提出重新談判的要求，或拒絕重新談判，等於過去獲得的也都不算數了。
(二) 即使是部份修改，效果也等同於全部否決
有學者主張，在國際實踐上，條約亦不必然就是進行包裹表決（僅有「全有」或「全無」選項），而是可以針對特定條款提出「保留」，或修改。因此，主張應該要逐條審議，必要時提出相關修改，交付行政部門重新談判。但是，從日本、法國等國的條約審議經驗來看，日、法對於條約審議僅能為同意與否之表示，不能夠逐條審議條約內容，或作成修正內容之決議，否則會被視為國會拒絕承認。
十一、 為何不願意放入人權條款？
答：
(一) 政院版草案已含有維護人權的意義
政院版第4條的協商原則已經提到，「保障人民福祉與權益」，此項規定清楚表達我政府在簽訂兩岸協議時，應該要注意人權問題的立場。如果協商涉及具體人權議題，政府向來也都積極爭取。
(二) 有許多兩岸協議直接處理人權議題
如投保協議的限制人身自由通報、司法互助協議的受刑人接返等，都是以具體條文來落實人權保障。目前協商中的兩岸兩會互設辦事機構，也包含人道探視的人權議題。
(三) 經貿與人權不必掛鉤處理
1993年上半年，柯林頓政府以最惠國待遇與人權議題掛鉤的方式，有條件式地延長給予中國大陸的最惠國待遇，希望迫使中國大陸改善人權，但這項政策在隔年1994年就更弦易轍，柯林頓政府將最惠國待遇與人權問題分離開來，「掛鉤」政策僅僅執行一年，改採其他促進人權措施。根據研究表示，美國當時除了考量經濟利益之外，也認為透過脫鉤處理的方式讓雙方關係緩和，也才能夠在人權議題上對話，並促進中國大陸的人權進展。
(四) 中國大陸與其他國家簽訂的FTA，沒有一個包含人權條款
例如大陸與德國在2005年生效的「『中』德關於促進和相互保護投資協定」；2008年10月23日，大陸與新加坡簽署《中華人民共和國政府和新加坡共和國政府自由貿易協定》；2013年7月6日，大陸與瑞士簽署《『中國』-瑞士自由貿易協定》，這些都沒有人權條款。