自九十七年六月，臺灣地區與大陸地區（以下簡稱兩岸）恢復制度化協商以來，已簽署二十一項協議，涵蓋經貿、金融、交通、社會、衛生及司法互助各層面。兩岸制度化協商為兩岸關係的和平穩定，奠定重要基礎，各項協議內容亦與民眾權益福祉息息相關。歷次兩岸協商以來，在協議簽署前後，協議權責主管機關及行政院大陸委員會均向立法院及社會大眾進行說明，各機關於協議簽署前亦均有嚴謹之國家安全評估，然考量社會大眾對於兩岸協議監督及有無影響國家安全的高度關注，有必要透過更公開透明之程序，以利立法院與社會各界檢視、瞭解協商過程及內容，並確保國家安全，以符合兩岸協議追求民眾福祉，維護兩岸交流秩序，增進社會經濟發展，促進兩岸長遠和平的目標。
為回應各界對兩岸協商過程應更公開透明，及兩岸協議處理及監督法制化之要求，爰在現行臺灣地區與大陸地區人民關係條例規範架構之基礎上，結合行政部門已建置之「四階段對外溝通諮詢機制」及「國家安全審查機制」，並在符合憲法權力分立、權責相符之憲政原則，且衡平保障公眾知情權與協商運作需求之下，建構整體之兩岸協議處理及監督法制。
依我國憲法架構，行政機關負責決策與執行，立法機關職責在立法與議決，而兩岸協議依現行臺灣地區與大陸地區人民關係條例建構之制度，均受立法院之監督；同時基於主權在民之憲政原則，亦應保障人民知的權利。為強化行政機關辦理兩岸制度化協商之對外溝通，提升兩岸協商之公開透明與公眾參與，爰定明行政部門應依「協商議題形成階段」、「協商議題業務溝通階段」、「協議簽署前階段」、「協議簽署後階段」等四個階段，與立法院及社會大眾進行溝通及諮詢，以落實立法院及社會大眾對兩岸協商過程及協議內容之監督，並爭取民眾對兩岸制度化協商之支持。
同時為進一步強化兩岸協商議題之安全評估，以更審慎周延之程序，確保國家安全，保障民眾權益，並消弭外界疑慮，爰定明兩岸協議國家安全審查機制，協議權責主管機關於協商議題之業務溝通有相當進展時，應將協商議題及內容提報行政院及國家安全會議，進行二階段審查，以確保兩岸協議無危害國家安全之虞，始得依兩岸協議制度化協商程序，辦理後續協商及協議簽署事宜。
另，為使協議之簽署程序、立法院審議或備查程序、生效程序、位階效力、文本文字、保存方式等事宜，有明確法制可資遵循，爰參酌司法院大法官解釋意旨，立法院職權行使法、立法院議事前例等法制，及兩岸協議協商簽署之實務，定明相關程序及規定。爰擬具「臺灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例」草案，共計二十五條，其要點如下:
一、兩岸協議協商應恪遵對等、尊嚴、互惠及確保國家安全之原則。(草案第四條)
二、協議權責主管機關應會同行政院大陸委員會及議題相關機關，與立法院及社會大眾進行溝通、諮詢之程序。(草案第六條及第七條)
三、兩岸協議之國家安全審查機制、審查項目及審查結果之處理方式。(草案第九條至第十一條)
四、參與或辦理兩岸協議草擬、協商或簽署人員之保密及利益衝突迴避義務。(草案第十三條)
五、兩岸協議送立法院審議或備查之程序。(草案第十四條至第十六條)
六、兩岸協議經立法院審議未通過或審查未予備查之處理方式。(草案第十七條)
七、兩岸協議於立法院完成有關程序後，應經協議雙方交換文件，始生效力。(草案第十八條)
八、經立法院審議通過之兩岸協議與法律之關係。(草案第二十條)
九、兩岸協議生效後，應定期檢討協議執行情形。(草案第二十三條)
十、兩岸協議之修正、變更或終止，準用本條例之相關規定。但其修正或變更係依協議規定檢討者，得視需要準用其程序之一部或全部。(草案第二十四條)