政府大陸工作體系包括總統、行政院及各相關部會。
一、總統
總統依法對重大之政策行使決策權，國家安全會議承總統指示，負責有關國家安全重大政策之幕僚作業，另總統亦依職權，設置必要的政策諮詢機構。
二、一般政策之決策與執行體系
- 行政院
行政院負責一般性大陸政策之決定與執行，在決策過程中，由各機關依其職權承擔幕僚業務，由陸委會綜合協調、審議；經作成決策後，交由各部會執行。
- 陸委會
負責通盤性大陸政策及大陸工作的研究、規劃、審議、協調及部分跨部會事項之執行工作。
- 各部會
從事與主管業務有關之大陸政策與大陸工作的研究、規劃與執行事項。
- 海基會
接受政府委託，處理兩岸往來涉及公權力之協商、交流與服務事宜。