臺灣地區與大陸地區人民關係條例（以下簡稱本條例）於民國八十一年七月二十一日公布，同年九月十八日施行，在兩岸關係發展上，具有歷史里程碑之意義，對於兩岸交流秩序之建立，及兩岸良性互動關係之推展，已發揮奠定基石之作用。
本條例之檢討修正，行政院一貫秉持主動因應兩岸情勢發展、審酌兩岸交流需求之立場，適時進行，以配合相關政策之調整及解決交流衍生之問題。而本條例自八十一年九月十八日施行以來，迄今已歷八次修正，計增修訂三十九條條文。近期之修正，主要係為落實「經發會」兩岸組共同意見，本院爰擬具本條例第二十四條、第三十五條、第六十九條修正草案，業經立法院三讀通過，行政院已定自本年七月一日施行。另為因應加入世界貿易組織調整兩岸經貿政策，行政院復擬具本條例部分條文修正草案（第二十五條、第二十五條之一、第七十三條、第九十三條之一），送請立法院審議，業於本年四月十五日經立法院內政及民族委員會審查通過。
鑑於兩岸交流已歷十三年餘，雙方在各層面之往來日益頻繁，無論在交往之形式、管道和層次均不斷地擴增及提昇，加上兩岸均已加入世界貿易組織，亦將藉由國際組織及國際規範架構，開展不同層面之互動。因此，在兩岸交流之主客觀環境皆已產生相當變化之情況下，為避免法律規範與現實脫節，大陸事務法制必須與時俱進，本條例當然也必須面對整體情勢，因應國內外及兩岸政經新局，配合作必要之調整與修正，以維持兩岸交流之秩序，提升交流之品質，促進兩岸良性互動之關係。
基於兩岸開放交流初期，許多交流情況尚未具體明確，本條例多僅作原則性之抽象規範，而本次修正時，兩岸交流之態樣，相較於以往，已較具體呈現，因此，可以思考就個別條文，儘量研擬較明確之交流規範，以利兩岸往來互動之明確遵循。但是考量兩岸關係仍有其特殊性存在，應適當賦予行政機關一定之裁量權，以利彈性因應兩岸情勢之變化。此外，本條例涵蓋行政、民、刑事等相關事項之規定，係一全面性、通盤性立法規範，本次修正條文，除檢討現行規定執行問題，及預為因應未來兩岸互動新情勢之需求外，就各條文規定與國內其他法規間如何相互搭配、彼此相容問題，亦一併考量，期法律規範更為周延，不致產生衝突。
兩岸關係邁向正常化，是我們的目標。但是，在邁向正常化過程中，不能忽略，兩岸關係是互動之關係，尤其兩岸在政治上有其複雜度，我們必須適度處理這些政治因素，才能讓兩岸正常化之過程可以進行，特別是中共政權迄今仍不放棄武力犯台，且一向採取否認我國際政治主體地位之作法，因此，在兩岸關係邁向正常化之過程中，要處理之相關問題，不僅具高度技術性，更具高度之政策性。因此，全面檢討修正本條例，並非當然即作全盤性、根本性之翻修，同時，也應體察本條例每一條文所規範之事項，會涉及不同之政策考量，應有不同之立法設計，才能因應政策調整需求，為兩岸關係逐步走向正常化，建構更穩固之法制基礎。
本條例此次在整體檢討與規劃下，主要係就本條例之主管機關、兩岸簽署協議、臺灣地區人民進入大陸地區許可制、兩岸人民身分與居停留制度、臺灣地區人民、法人、團體或其他機構擔任大陸地區職務或為成員、兩岸人民聯合設立法人團體、締結聯盟、為其他合作行為、兩岸通航、大陸地區物品勞務在臺廣告管理、經貿金融往來、大陸地區法人在臺設立分支機構、及大陸地區出版品在臺銷售等事項，加以調整，建構適度開放、強化管理及執行之法律機制。爰復擬具本條例修正草案，其修正要點如次：
一、 |
增訂本條例之主管機關。（修正條文第三條之一） |
二、 |
增訂各該主管機關得委託機構、民間團體或其他具公益性質之法人，處理或協助處理兩岸人民往來有關事務、協商或簽署協議；任職第四條之機構或民間團體人員回任公職或未回任之年資採計等相關權益保障事項；該等民間團體、具公益性質之法人應具備之資格、條件、受託時應遵守事項；兩岸簽署協議應遵行之程序、生效要件；以及違反者之刑罰或行政罰規定。（修正條文第四條至第四條之四、第五條至第五條之二及第七十九條之一至第七十九條之三） |
三、 |
臺灣地區一般人民進入大陸地區，採一般出境查驗程序，並配合修正簡化相關流程，以符合民眾往來需求；規範公務員及具有涉及國家機密之特殊身分人員進入大陸地區之申請程序，及違反者之行政罰規定；另增訂遇有重大突發事件，影響臺灣地區重大利益或於兩岸互動有重大危害情形者，明定得經立法院議決，由行政機關於必要時採行適當之管制，以因應情勢變更需要。（修正條文第九條及第九十一條） |
四、 |
臺灣地區人民在大陸地區設籍或領用大陸地區護照者，喪失臺灣地區人民身分，以明確身分界定，並解決所衍生權利義務衝突或重疊情事；另增訂喪失臺灣地區人民身分者，如註銷大陸地區戶籍或放棄持用大陸地區護照，得申請回復臺灣地區人民身分，並返回臺灣地區定居。（修正條文第九條之一及第九條之二） |
五、 |
增訂大陸地區人民申請來臺團聚、居留或定居，應接受面談及按捺指紋建檔管理之制度。（修正條文第十條之一） |
六、 |
增訂依國際協定開放服務業項目所衍生僱用需求及跨國企業、臺灣地區之企業在臺之營業達一定規模者，其僱用大陸地區人民不受本條前六項及第九十五條相關規定之限制，以符合入會相關承諾及實際需求。（修正條文第十一條） |
七、 |
配合行政程序法施行修正相關文字用語。（修正條文第十四條、第二十六條、第三十九條及第八十條） |
八、 |
落實經發會共識修正相關規定，包括為解決赴大陸地區從事投資或技術合作之臺灣地區人民及其員工子女在大陸地區之就學問題，賦予大陸地區臺商子弟學校設立及輔導之法源依據；配合開放陸資來臺投資檢討修正明定許可及管理配套之相關規定。（修正條文第十六條、第二十二條之一、第二十五條、第二十五條之一、第七十三條及第九十三條之一） |
九、 |
大陸地區人民為臺灣地區人民配偶，得申請進入臺灣地區團聚，符合一定條件得申請依親居留、長期居留，並明定申請定居之要件；增訂大陸地區人民受僱在臺工作或從事商務活動，得申請在臺商務或工作居留；另配合依親居留、長期居留制度之調整，修正大陸配偶來臺有關工作之規定。（修正條文第十七條及第十七條之一） |
十、 |
增訂大陸地區人民涉及刑事案件經法官或檢察官責付於收容處所，並經法院判決確定者之收容日數，得予折抵刑期，以保障人權。（修正條文第十八條） |
十一、 |
配合行政執行法就公法上金錢給付義務，逾期不繳納，由法務部行政執行署所屬行政執行處執行之規定，爰刪除「法院」二字。（修正條文第十九條、第二十條及第九十四條） |
十二、 |
基於兩岸情勢之考量，明定延長大陸地區人民在臺設籍需滿一定之年限，始得擔任國防、情報機關（構）等涉及國家安全及具有特殊性機關（構）之職務。（修正條文第二十一條） |
十三、 |
為因應ＷＴＯ貿易及服務業相關規範，配合於法制上作必要之調整。對於臺灣地區、大陸地區及其他地區人民、法人、團體或其他機構，為大陸地區之教育機構在臺灣地區辦理招生事宜或從事居間介紹行為，授權訂定辦法之法源依據；就擬訂辦法之時程，應經由兩岸協商，且協商時，應經教育主管機關評估對國內教育產業之衝擊，並配合相關教育政策之進程等規劃處理。配合修正違反者之刑罰規定。（修正條文第二十三條及第八十二條） |
十四、 |
支領各種月退休（職、伍）給與之退休（職、伍）軍公教及公營事業機關（構）人員，擬赴大陸地區長期居住，應申請改領一次退休（職、伍）給與，未依規定申請辦理改領一次退休（職、伍）給與，而在大陸地區定居設籍或領用大陸地區護照者，停止領受退休（職、伍）給與之權利，俟其回復臺灣地區人民身分恢復；增訂就養榮民未經核准赴大陸地區定居設籍或領用大陸地區護照者，停止領受就養給付之權利，俟其回復臺灣地區人民身分恢復。（修正條文第二十六條及第二十七條） |
十五、 |
基於人道考量，明定經主管機關審酌之特殊情事，准許大陸地區遺族或法定受益人得不進入臺灣地區領受公法給付。（修正條文第二十六條之一） |
十六、 |
對於中華民國船舶、航空器及其他運輸工具，航行至大陸地區之許可及管理，維持許可制並增訂辦法之擬訂時程；另保留就兩岸直航涉及公權力行使事項，需經兩岸協商處理之規定。（修正條文第二十八條及第八十條） |
十七、 |
增訂境外航運中心設置、管理、貨物運輸作業及其他應遵行事項之授權法源依據。（修正條文第三十條） |
十八、 |
增訂臺灣地區人民、法人、團體或其他機構擔任大陸地區之職務或為成員之禁止、應經許可事項、與審議程序、授權訂定辦法之法源依據，以及違反者之刑罰或行政罰規定。（修正條文第三十三條、第九十條及第九十條之一） |
十九、 |
臺灣地區人民、法人、團體或其他機構、各級地方政府、學校及非營利法人等，與大陸地區聯合設立法人、締結聯盟、為合作行為之限制、許可或申報程序，及違反者之行政罰規定。（修正條文第三十三條之一至第三十三條之三及第九十條之二） |
二十、 |
大陸地區物品、勞務、服務或其他往來事項在臺從事廣告活動之規範，及違反者之行政罰規定。（修正條文第三十四條及第八十九條） |
二十一、 |
因應赴大陸地區投資建立新審查機制，及兩岸貿易往來方式之調整，分項規範投資、從事商業行為與貿易等不同行為態樣，並授權就相關之許可條件、程序、應遵行事項等，得訂定辦法，以及違反者之刑罰或行政罰規定。（修正條文第三十五條及第八十六條） |
二十二、 |
增訂金融保險證券期貨機構與大陸地區往來、設立分支機構之許可、限制，與授權就許可條件、相關應遵守程序及管理事項，得訂定辦法，以及違反者之刑罰或行政罰規定。（修正條文第三十六條及第八十一條） |
二十三、 |
增訂大陸地區資金進出臺灣地區之管理及違反者之行政罰規定。（修正條文第三十六條之一、第八十五條之一） |
二十四、 |
大陸地區出版品、電影片、錄影節目及廣播節目得進入臺灣地區銷售、展覽或觀摩。（修正條文第三十七條） |
二十五、 |
增訂財政部訂定一定限額以下之大陸地區幣券數額得進出入臺灣地區，以及大陸地區幣券進出入臺灣地區之許可、管理，及違反者之行政罰規定。（修正條文第三十八條、第九十二條） |
二十六、 |
輸往大陸地區物品以出口論，並依輸出物品有關法令規定辦理。（修正條文第四十條） |
二十七、 |
增訂大陸地區之公司組織、非營利法人、團體或其他機構在臺灣地區從事業務活動之規範，並授權訂定許可及管理辦法，以及違反者之刑罰或行政罰規定。（修正條文第四十條之一、第四十條之二、第七十條、第九十三條之二及第九十三條之三） |
二十八、 |
調高使大陸地區人民非法進入臺灣地區之刑責並加重意圖營利及首謀者之處罰；增訂對中華民國運輸工具所有人、營運人或船長、機長、駕駛人運送使大陸地區人民非法進入臺灣地區時，對該行為人或運輸工具處以停航或廢止證照之處分；並增訂對於行為人以運送大陸地區人民非法進入臺灣地為主要目的時，得沒入該運輸工具之規定。（修正條文第七十九條） |
二十九、 |
增訂試辦金門、馬祖、澎湖與大陸地區通航、通商及其他相關往來事項之依據。（修正條文第九十五條之一） |
三十、 |
增訂有關大陸事務之行為，不適用行政程序法之程序規定。（修正條文第九十五條之三） |
三十一、 |
增訂本條例施行細則之訂定機關，另依一般法制體例，將本條例施行日期規定移列末條。（修正條文第九十五條之四及第九十六條） |