◆主任委員／副主任委員
本會首長為主任委員，綜理會務；副主任委員3人（其中1人為特任）襄理會務。
◆委員
委員17人至27人，由行政院院長派兼或聘兼之。目前委員包括行政院秘書長、政務委員及內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部、經濟部、交通部、中央銀行、新聞局、衛生署、海岸巡防署、經濟建設委員會、國家科學委員會、農業委員會、勞工委員會、體育委員會、國家安全局、金融監督管理委員會等機關首長。
◆顧問／諮詢委員
本會因業務需要，得遴聘學者、專家為顧問或諮詢委員。目前遴聘之顧問有4人，諮詢委員有20人。顧問列席本會委員會議；本會並每月召開諮詢委員會議。
◆委員會議
本會委員會議每月召開一次，由主任委員召集，必要時得召開臨時會議。討論事項如下： (1) 關於大陸政策工作計畫或方案之研議事項。 (2) 關於大陸工作法規制(修)訂之審議事項。 (3) 關於跨部會大陸工作之協調與聯繫事項。 (4) 其他有關大陸工作之事項。 委員會議審議或決定的事項，並經簽陳行政院院長核定，其重要事項或研（修）訂的法規（草案）並須函報行政院及提院會。
◆諮詢委員會議
以徵詢學者專家對本會推動大陸政策及大陸事務的意見為主，原則上每月召開一次。
◆其他會報
本會為加強與相關機關間之工作溝通與協調，得設置各種協調會報就各機關業務相關事務進行協調研議。
本會在主任委員、副主任委員之下，設主任秘書及企劃、文教、經濟、法政、港澳、聯絡、秘書等七處，暨人事、會計、政風等三室，分別掌理有關業務及行政事項。另為統籌處理香港、澳門事務，設香港事務局及澳門事務處。
◆企劃處
第一科／民意調查及綜合業務
第二科／策略規劃
第三科／大陸情勢研判
第四科／政策研究
資研中心／ 大陸暨兩岸資訊服務及出版業務
◆文教處
第一科／文教相關中介團體督導及綜合業務
第二科／學術、教育交流業務
第三科／藝文、宗教、少數民族、科技及體育交流業務
第四科／大眾傳播交流業務
◆經濟處
第一科／台商輔導、服務及大陸投資業務
第二科／涉外經貿、農林漁牧及環保業務
第三科／總體經貿、財金及綜合業務
第四科／航運、旅行、「小三通」及郵電業務
◆法政處
第一科／衛生、綜合業務
第二科／兩岸涉外及蒙藏業務
第三科／中介團體業務
第四科／法務及大陸法制問題研究
第五科／兩岸社會交流業務之協調處理
◆港澳處
第一科／港澳情勢之蒐集與研判
第二科／港澳居民之聯繫、接待與交流業務
第三科／港澳政策及法規之研究及規劃
第四科／綜合管考工作
◆聯絡處
第一科／國會聯繫及其相關諮詢服務
第二科／新聞發布與聯繫、禮賓
第三科／大陸政策教育、宣導及綜合業務
第四科／海外大陸人士聯繫、政策宣導及資料編譯
◆秘書處
第一科／議事、業務管制及綜合業務
第二科／事務、出納、財產管理
第三科／文書、電務、印信管理
第四科／資訊規劃、發展及管理
第五科／機要業務 第六科／檔案管理
◆人事室
第一科／組織編制、任免、遷調
第二科／考核、獎懲、待遇、福利、退休、撫卹
◆會計室
第一科／概算、預算事項
第二科／會計、決算
◆政風室
政風、機密維護、安全防護業務
◆香港事務局 統籌處理香港事務
◆澳門事務處 統籌處理澳門事務