民國80年2月26日董事長核定
民國95年3月3日董事長核定修正第11條至第13條條文
中華民國97年8月7日董事長核定修正第4條條文
中華民國101年1月3日核定修正第1條至第15條，並自101年1月1日施行
中華民國101年3月23日核定修正第7條至第8條，並自101年1月1日施行
中華民國102年11月5日核定修正第11條、第14條，並自102年11月11日施行
第一條 財團法人海峽交流基金會（以下簡稱本會）組織規程（以下簡稱本規程）依本會捐助暨組織章程（以下簡稱本章程）第二十三條第三項規定訂定之。
第二條 本會為辦理捐助章程所定及政府委辦之兩岸事務，設下列各處室：
一、文教處
二、經貿處
三、法律處
四、綜合處
五、秘書處
六、人事室
七、會計室
本會得經主管機關核准設立服務中心、派出服務單位。
第三條 本會為業務需要於海外及大陸地區設置之分事務所，其組織及人員編制另定之。
第四條 文教處掌理下列事項：
一、兩岸教育、藝文、大眾傳播、宗教、科技、交通、旅行之交流、協調、聯繫及處理。
二、兩岸教育、藝文、大眾傳播、宗教、科技、交通、旅行及相關議題協商與研究。
三、兩岸教育、藝文、大眾傳播、宗教、科技、交通、旅行之資訊蒐集及諮詢服務。
四、大陸地區臺商子女、臺商學校教職員、赴大陸就學之臺灣地區人民、來臺灣就學之大陸地區人民之聯繫及服務。
五、臺灣地區人民在大陸地區停留權益保障及兩岸人民往來與人身安全之協調、聯繫及處理。
六、兩岸天然災害賑災協處。
七、其他有關事項。
第五條 經貿處掌理下列事項：
一、兩岸經濟、產業、財稅、金融、農漁業之交流、協調、聯繫及處理。
二、兩岸經濟、產業、財稅、金融、農漁業之議題協商與研究。
三、臺商人身安全與經貿糾紛之協調、聯繫及處理。
四、臺商在大陸地區從事經貿活動及陸資來臺之聯繫與服務。
五、兩岸經貿資訊之蒐集與諮詢服務。
六、其他有關事項。
第六條 法律處掌理下列事項：
一、兩岸文書驗證及查證。
二、兩岸文書送達、調查證據及相關行政、司法協助事項。
三、兩岸民事糾紛、犯罪防制及所涉人身安全之協調、聯繫及處理。
四、兩岸食品安全、醫藥衛生及勞動事項之交流、協調、聯繫及處理。
五、兩岸法律交流與大陸地區法規之蒐集及諮詢服務。
六、兩岸協商與會談規劃、聯繫及處理。
七、其他有關事項。
第七條 綜合處掌理下列事項：
一、大陸情勢與兩岸關係之資訊蒐集、研析、民調、企劃及出版。
二、與國內外研究機構、專家、學者聯繫、交流及合作。
三、國會聯絡及服務。
四、公共關係及外賓之聯繫、接待。
五、文宣規劃執行及國內外宣達。
六、媒體聯繫、新聞發布及輿情反應。
七、資訊之規劃、執行及維護。
八、會務人員研習、訓練。
九、其他有關事項。
第八條 秘書處掌理下列事項：
一、董事會相關事宜。
二、重要會議議事及決議事項管考。
三、辦公廳舍營繕及管理事宜。
四、出納、採購、稽核、財產及其他事務管理。
五、印信、文書、電務、郵務及檔案管理。
六、通訊之規劃、執行及維護。
七、機要事務。
八、本會災害防救之聯繫及安全防護。
九、其他有關事項。
第九條 人事室掌理本會人事事項。
第十條 會計室掌理本會歲計、會計、統計及稅務等事項。
第十一條 各處置處長一人，副處長一至二人。各室置主任一人。
各處室得視業務需要分科辦事，置科長、專員、科員、辦事員、雇員。
第二項專員職稱區分為資深高級專員、高級專員、專員。
第十二條 本會會務人員之員額，另以編制表定之，由秘書長依業務需要，提請董事長核可後報請主管機關核定。
前項人員之任用，由秘書長提請董事長聘任之。
第十三條 本會會務人員之職等、薪級、職掌及編制另定之。
第十四條 本會得聘任有給職顧問一至二人、無給職顧問若干人。
有給職顧問得比照本章程所定會務人員辦理。
第十五條 本規程自董事長核定發布日實施，修正時亦同。