一、應備文件：
（一）大陸地區人民往來金門馬祖申請書（附最近6個月內拍攝之2吋白色背景照片1張）。
（二）大陸居民身分證影本（貼於申請書上），年齡未達請領身分證規定者，附常住人口登記表影本。
（三）相關證明文件（如附表）。
（四）限時掛號回郵信封（委託他人在臺北署本部代領或在當地發證者免附，團體一團一個）。
（五）證件費：單次證每人新臺幣400元，多次證每人新臺幣800元。
（六）在金馬出生之華僑申請返鄉探視，第二款改附我國、外國或中共護照影本。
二、申請類別、相關證明文件、代申請人資格、停留日數及每日許可數額（必要時入出國及移民署【以下簡稱移民署】可在總人數餘額內調整）：
三、申請地點：移民署各縣市服務站
四、相關事項：
（一）受理時間：星期一至星期五，上午8時至下午17時30分，中午不休息，放假日不受理。
（二）工作天：一般不須送審案件3天須送審案件7天。
（三）發證種類：
１、依第一類申請者，依內政部公告之每日許可數額按排配進度，發入境效期15日或30日，出境效期自入境之次日起6天之個別往來金門、馬祖入出境許可證。申請進入金門者，附記欄載「限停留金門」，申請進入馬祖者，附記欄載「限停留馬祖」。但就讀推廣教育學分班者，於再次申請時，得核發1年效期金門、馬祖專用之多次入出境許可證。大陸地區隨團領隊以帶團旅行事由申請者，得核發1年效期金門、馬祖專用之逐次加簽入出境許可證。
２、依第二類申請者，依內政部公告之每日許可數額按排配進度，發入境效期15日或30日，出境效期自入境之次日起2天之團體往來金門、馬祖入出境許可證，第一張註記本團人數及團號，第二張以後註記「應與○○○等○人整團入出境」。申請進入金門者，加註「限停留金門」，申請進入馬祖者，加註「限停留馬祖」。以旅行事由進入金門、馬祖轉赴澎湖者，停留澎湖期間自抵達澎湖之次日起不得逾2日；停留金門或馬祖期間自入境之次日起算扣除停澎湖期間不得逾2日。
３、前二項之入境效期，每日申請數量未逾公告數額者，入境效期為30日；申請案件須經排配時，入境效期為15日。
（四）除大陸地區隨團領隊（申請書貼大陸地區領隊證件影本）外，其他申請人均應於出境後，始得再申請。
（五）依第二類事由進入金門、馬祖，因故急於個別出境者，應備下列文件，向服務站（港口）申請發給當日效期之個別入出境許可證出境：
１、申請書。
２、團體入出境許可證本人聯影本（正本由港口查驗人員註銷）。
３、證件費新臺幣200元。
（六）大陸地區人民依本須知申請進入金門、馬祖探親或奔喪者，得再依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法之規定辦理。
（七）大陸地區人民申請進入金門、馬祖或經轉赴澎湖旅行，有下列情形之一者，得不予許可；已許可者，得撤銷或廢止其許可：
１、現在中共黨務、軍事、行政或其他公務機關任職者。
２、參加暴力或恐怖組織，或其活動者。
３、涉有內亂罪、外患罪重大嫌疑者。
４、涉嫌重大犯罪或有犯罪習慣者。
５、曾未經許可入境者。
６、曾經許可入境，逾停留期限者。
７、曾從事與許可目的不符之活動或工作者。
８、曾有犯罪行為者。
９、有事實足認為有危害國家安全或社會安定之虞者。
１０、患有足以妨害公共衛生或社會安寧之傳染病、精神病或其他疾病者。
１１、其他曾違反法令規定情形者。
１２、有第五目情形者，其不予許可期間至少為2年；有第六目或第七目情形者，其不予許可期間至少為1年。
五、特別注意事項：
（一）大陸地區人民得同時檢具航空公司包機合約文件或船舶運送業包船合約文件，申請於金門、馬祖旅行後，包機或包船整團轉赴澎湖旅行。其代申請，由經交通部觀光局許可在金門、馬祖或澎湖營業之綜合或甲種旅行社辦理；由金門、馬祖旅行業者代申請者，須另檢附與澎湖旅行業者簽訂之合作文件。
（二）由代申請人擔任保證人，被保證人逾期不離境時，應協助有關機關強制其出境，並負擔因強制出境所支出之費用。
（三）大陸地區人民應持有效往來金門、馬祖入出境許可證及大陸居民身分證或其他足資證明居民身分之文件，經查驗後進入金門、馬祖，或由金門、馬祖經查驗後進入大陸地區。
（四）以旅行事由申請之團體，需5人以上始准進入金門、馬祖，不足5人者，請勿成行。
（五）經許可進入金門、馬祖或經轉赴澎湖旅行之大陸地區人民，需過夜住宿者，應由代申請人檢附經入境查驗之入出境許可證，向當地警察機關（構）辦理流動人口登記。
六、緊急事故：大陸地區人民於金門、馬祖海域，因突發之緊急事故，經救助單位救助上岸者，由救助單位填具申請書附身分證明文件及說明書，向服務站（港口）申請臨時停留許可證。大陸地區人民在金門、馬祖或轉赴澎湖旅行患重病、受重傷、發生天災或其他特殊事故情事，該人民及其必要協處人員，得申請專案許可，往返金門馬祖與大陸地區；該大陸地區人民經許可之停留期間屆滿者，亦同。
七、特殊事故延期：
（一）依第一類或緊急事故進入金門、馬祖或經轉赴澎湖旅行，因受禁止出境處分、疾病住院、突發或其他特殊事故，未能依限出境者，應備下列文件，向服務站申請延期，由服務站予以延期，每次不得逾7日。
１、延期申請書。
２、入出境許可證或臨時停留許可證出境聯。
３、流動人口聯單。
４、相關證明文件。
５、依第一類申請者之證件費新臺幣200元。
（二）依第二類事由進入金門、馬祖或經轉赴澎湖旅行，因受禁止出境處分、疾病住院、突發或其他特殊事故，未能依限隨團出境者，應備下列文件，向服務站申請發給自到期之次日起算7日之個別入出境許可證出境聯。
１、延期申請書。
２、團體入出境許可證本人聯影本（正本由港口查驗人員註銷）。
３、流動人口聯單（當日入境者免附）。
４、相關證明文件。
５、證件費新臺幣200元。
（三）前項人員再次未能依限出境者，申請延期依前款規定辦理。
（四）停留期間之相關費用，由代申請人代墊付。
八、其他事項：
（一）大陸地區人民經依大陸地區人民進入臺灣地區許可辦法或大陸地區人民在臺灣地區依親居留長期居留或定居許可辦法規定許可進入臺灣地區，有下列情形之一者，得持入出境許可證或入境證正本，經服務站查驗後進入金門、馬祖。
１、來臺地址為金門、馬祖或澎湖者。
２、臺灣地區人民之配偶在大陸地區福建設有戶籍者。
３、前款人民之同行子女。
（二）前項第一款及第二款人員，已取得臺灣地區人民身分者，得向移民署申請許可核發入出境證或於護照加蓋章戳，持憑經查驗後由金門、馬祖入出大陸地區。
（三）依大陸地區專業人士來臺從事專業活動許可辦法規定申請許可來臺者，不適用前款規定。
九、違規處理：
（一）大陸地區人民在金門、馬祖或經轉赴澎湖旅行逾期停留、非法工作或過夜未申報流動人口，代申請人之處罰規定如下：
１、依第一類代申請者，大陸地區人民出境前，不受理其代申請案件，已受理尚未許可者，申請案不予許可。其代申請之案件，第2次以後違反規定，1年內不受理其代申請。
２、依第二類代申請者：
（１）1人違規者，該違規人出境前，不受理其代申請案件，已受理尚未許可者，申請案不予許可。其不受理期間最長為1年。
（２）1個月內有2人違規且已出境者，3個月不受理其代申請，3人至5人違規者，6個月不受理其代申請。6人以上違規者，1年不受理其代申請。
３、前項違規案件，由移民署製作處分書，通知代申請人，副知服務站。
（二）進入金門、馬祖或經轉赴澎湖旅行之大陸地區人民，有下列情形之一者，治安機關得以原船或最近班次船舶逕行強制出境。但其所涉案件已進入司法程序者，應先經司法機關之同意。
１、未經許可入境者。
２、經許可入境，已逾停留期限者。
３、從事與許可目的不符之活動或工作者。
４、有事實足認為有犯罪之虞者。
５、有事實足認為有危害國家安全或社會安定之虞者。
６、患有足以妨害公共衛生或社會安寧之傳染病、精神病或其他疾病者。